本文關(guān)鍵詞：人肌球蛋白7A基因非同義單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)潛在致聾突變的預(yù)測(cè)分析

  更多相關(guān)文章： 人肌球蛋白A 非同義單核苷酸多態(tài)性 遺傳性耳聾 基因型 表型

【摘要】：目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遺傳性耳聾分子篩查的候選基因之一。從已知的MYO7A非同義單核苷酸多態(tài)性(ns SNPs)位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選可能與致病表型相關(guān)的ns SNPs位點(diǎn),以提高M(jìn)YO7A基因耳聾分子診斷的有效性和準(zhǔn)確率。方法:首先,從NCBI數(shù)據(jù)中心的db SNP數(shù)據(jù)庫(kù)(db SNP)和Deafness Variation Database數(shù)據(jù)庫(kù)獲得MYO7A基因的SNPs數(shù)據(jù)和基因的相關(guān)信息;然后,通過(guò)SIFT、Poly Phen-2、PANTHER、Ph D-SNP、Mutation Taster、SNPGO和Mut Pred軟件進(jìn)行ns SNPs表型致病性分析,預(yù)測(cè)潛在致病位點(diǎn);接著,應(yīng)用Clustal X2和Gene Doc軟件進(jìn)行同源氨基酸序列比對(duì),分析潛在致病的ns SNPs位點(diǎn)保守性;最后,應(yīng)用Swiss Model平臺(tái)選擇性地對(duì)某些突變蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行建模,并分析結(jié)構(gòu)域的變化。結(jié)果:預(yù)測(cè)出MYO7A的104個(gè)高風(fēng)險(xiǎn)致病的ns SNPs位點(diǎn),包括25個(gè)已報(bào)道的耳聾相關(guān)ns SNPs位點(diǎn);高風(fēng)險(xiǎn)致病的ns SNPs位點(diǎn)中,有42個(gè)位于肌球蛋白馬達(dá)(myosin motor)結(jié)構(gòu)域,其中12個(gè)預(yù)測(cè)有致病風(fēng)險(xiǎn)的ns SNPs位點(diǎn)與MYO7A基因致聾的突變研究報(bào)道一致。肌球蛋白馬達(dá)結(jié)構(gòu)域中包含30個(gè)新預(yù)測(cè)的潛在致病性ns SNPs位點(diǎn),其中僅L366P位點(diǎn)在7個(gè)預(yù)測(cè)軟件中具有高度一致性。通過(guò)對(duì)L366P位點(diǎn)位點(diǎn)突變前后的三維模型構(gòu)建,發(fā)現(xiàn)存在蛋白結(jié)構(gòu)的改變,且同源性比對(duì)結(jié)果顯示了該位點(diǎn)的高度保守性。結(jié)論:MYO7A的L366P為潛在高風(fēng)險(xiǎn)致病性ns SNP位點(diǎn),推測(cè)該基因突變可能與耳聾表型相關(guān)。本研究所采用的分析篩選方法對(duì)MYO7A基因突變的臨床篩查及其他致病基因的ns SNPs篩選具有重要的參考價(jià)值。
【作者單位】： 南京醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院生物技術(shù)系;
【關(guān)鍵詞】： 人肌球蛋白A 非同義單核苷酸多態(tài)性 遺傳性耳聾 基因型 表型
【分類(lèi)號(hào)】：R764.43
【正文快照】： 人肌球蛋白7A(myosinⅦA,MYO7A)基因是人類(lèi)較常見(jiàn)的致聾基因,包含55個(gè)外顯子。MYO7A蛋白由2215個(gè)氨基酸殘基構(gòu)成,包含多個(gè)復(fù)雜的結(jié)構(gòu)域[肌球蛋白馬達(dá)(myosin motor)結(jié)構(gòu)域、IQ1~IQ5結(jié)構(gòu)域、SH3結(jié)構(gòu)域、2個(gè)My TH結(jié)構(gòu)域和2個(gè)FERM結(jié)構(gòu)域]。免疫定位法發(fā)現(xiàn)MYO7A蛋白存在于內(nèi)耳毛細(xì)

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本文編號(hào)：643631