目的通過搜集數(shù)據(jù)庫,進(jìn)行生物信息學(xué)(甲基化組學(xué))分析,確定過敏性鼻炎患者與健康對照的差異甲基化基因(DMGs),進(jìn)而探討DMGs中關(guān)鍵基因及富集通路在過敏性鼻炎發(fā)病中可能的重要機(jī)制和作用。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中獲取過敏性鼻炎患者和健康對照者的甲基化組學(xué)數(shù)據(jù)集(GSE100386,GSE50222),然后進(jìn)行一系列生物信息學(xué)分析。首先利用R語言進(jìn)行PCA分析,篩選差異甲基化位點(diǎn)DMCs及DMGs(閾值:Δβ=0.1,P<0.05)。利用STRING(10.0)進(jìn)行蛋白互作分析,最后利用基因集富集分析(GSEA)對關(guān)鍵基因及其相關(guān)通路進(jìn)行富集分析。結(jié)果經(jīng)過PCA分析,GSE100386數(shù)據(jù)不顯著被排除。GSE50222中花粉季外過敏性鼻炎患者和對照組相比共有2847個差異甲基化CpGs,對應(yīng)1594個DMGs,花粉季中過敏性鼻炎患者和對照組相比共有950個差異甲基化CpGs,對應(yīng)530個DMGs,Venn圖顯示其中重疊基因共458個。經(jīng)過PPI分析得到STAT3、IL5、TP53、HDAC9、SMAD3等hub基因。GSEA分析發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵DMGs所富集的Th17 cell differe...

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【文章目錄】：
1資料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)庫選擇。
    1.2 主成分分析。
    1.3 差異甲基化位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)。
    1.4 蛋白互作分析。
    1.5 差異基因通路富集分析。
    1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。
2結(jié)果
    2.1 數(shù)據(jù)篩選及主成分分析。
    2.2 差異甲基化位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)。
    2.3 PPI揭示關(guān)鍵Hub基因。
    2.4 差異甲基化基因通路富集分析。
3討論



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