目的:對比外顯子組測序（whole exome sequencing,WES）和目標序列靶向捕獲測序檢測中國遺傳性視網(wǎng)膜變性（inherited retinal dystrophies,IRDs）患者致病基因變異的差異。方法:收集182例IRDs家系,所有先證者均接受系統(tǒng)的眼科檢查和必要的全身檢查,采集患者及家屬血樣并提取基因組DNA。按照就診的時間順序?qū)⒒颊咂骄譃閮山M,一組91例接受WES,另一組91例應用本課題組設計并定制的"遺傳性眼病基因診斷芯片"（hereditary eye disease enrichment panel,HEDEP）進行IRDs致病基因外顯子區(qū)域靶向捕獲測序。對候選致病基因用Sanger測序進行驗證,并對家系成員進行共分離分析,使用多重連接依賴的探針擴增技術(shù)對拷貝數(shù)變異進行驗證,針對二代測序捕獲效率低的區(qū)域如RPGR ORF15區(qū),應用Sanger測序補充檢測。根據(jù)美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會和分子病理學協(xié)會（American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for... 

【文章來源】：北京大學學報(醫(yī)學版). 2020,52(05)北大核心CSCD

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182例IRDs家系的臨床資料

檢測到81例家系攜帶了29個IRDs基因的致病或可能致病的基因突變

在HEDEP診斷陽性的51例IRDs家系中，攜帶復合雜合突變的家系有32例，攜帶純合突變和半合子突變的各8例，攜帶雜合突變的3例。此次共檢測到20個IRDs致病基因上的83個致病的及可能致病的突變，最常見的3個致病基因為ABCA4(11例)、USH2A(8例)和RPGR(7例)。由HEDEP初次發(fā)現(xiàn)的致病突變共29個(34.94%)。值得一提的是，HEDEP檢測到ABCA4基因的一個CNV，提示HEDEP具有更優(yōu)越地檢測CNVs的潛力�；颊�1，女性，11歲，臨床診斷為Stargard病，HEDEP發(fā)現(xiàn)患者攜帶ABCA4基因雜合突變c.2909C>T(p.T970I)，同時患者在外顯子38～44(E 38～44)靶向捕獲測序覆蓋度較其他樣本明顯增加，懷疑存在E 38～44大片段插入突變。Sanger測序驗證發(fā)現(xiàn)患者攜帶父源ABCA4基因c.2909C>T雜合突變;MLPA驗證顯示患者攜帶母源ABCA4基因E 38～44 dup突變(圖3);HEDEP制備的目標基因捕獲探針可準確捕獲并富集基因，覆蓋441個遺傳性眼病基因的全部外顯子區(qū)(包含291個IRDs致病基因)，獲得的測序數(shù)據(jù)更具有針對性。目標區(qū)域平均測序深度(91例先證者)為414.60;99.44%目標區(qū)域≥10×覆蓋度，99.04%目標區(qū)域≥20×覆蓋度，97.90%目標區(qū)域≥50×覆蓋度(圖4)。2.3.2 WES檢測


本文編號：3322630