目的:對(duì)比外顯子組測(cè)序（whole exome sequencing,WES）和目標(biāo)序列靶向捕獲測(cè)序檢測(cè)中國(guó)遺傳性視網(wǎng)膜變性（inherited retinal dystrophies,IRDs）患者致病基因變異的差異。方法:收集182例IRDs家系,所有先證者均接受系統(tǒng)的眼科檢查和必要的全身檢查,采集患者及家屬血樣并提取基因組DNA。按照就診的時(shí)間順序?qū)⒒颊咂骄譃閮山M,一組91例接受WES,另一組91例應(yīng)用本課題組設(shè)計(jì)并定制的"遺傳性眼病基因診斷芯片"（hereditary eye disease enrichment panel,HEDEP）進(jìn)行IRDs致病基因外顯子區(qū)域靶向捕獲測(cè)序。對(duì)候選致病基因用Sanger測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證,并對(duì)家系成員進(jìn)行共分離分析,使用多重連接依賴的探針擴(kuò)增技術(shù)對(duì)拷貝數(shù)變異進(jìn)行驗(yàn)證,針對(duì)二代測(cè)序捕獲效率低的區(qū)域如RPGR ORF15區(qū),應(yīng)用Sanger測(cè)序補(bǔ)充檢測(cè)。根據(jù)美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)和分子病理學(xué)協(xié)會(huì)（American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for... 

【文章來源】：北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2020,52(05)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

182例IRDs家系的臨床資料

檢測(cè)到81例家系攜帶了29個(gè)IRDs基因的致病或可能致病的基因突變

在HEDEP診斷陽(yáng)性的51例IRDs家系中，攜帶復(fù)合雜合突變的家系有32例，攜帶純合突變和半合子突變的各8例，攜帶雜合突變的3例。此次共檢測(cè)到20個(gè)IRDs致病基因上的83個(gè)致病的及可能致病的突變，最常見的3個(gè)致病基因?yàn)锳BCA4(11例)、USH2A(8例)和RPGR(7例)。由HEDEP初次發(fā)現(xiàn)的致病突變共29個(gè)(34.94%)。值得一提的是，HEDEP檢測(cè)到ABCA4基因的一個(gè)CNV，提示HEDEP具有更優(yōu)越地檢測(cè)CNVs的潛力�；颊�1，女性，11歲，臨床診斷為Stargard病，HEDEP發(fā)現(xiàn)患者攜帶ABCA4基因雜合突變c.2909C>T(p.T970I)，同時(shí)患者在外顯子38～44(E 38～44)靶向捕獲測(cè)序覆蓋度較其他樣本明顯增加，懷疑存在E 38～44大片段插入突變。Sanger測(cè)序驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)患者攜帶父源ABCA4基因c.2909C>T雜合突變;MLPA驗(yàn)證顯示患者攜帶母源ABCA4基因E 38～44 dup突變(圖3);HEDEP制備的目標(biāo)基因捕獲探針可準(zhǔn)確捕獲并富集基因，覆蓋441個(gè)遺傳性眼病基因的全部外顯子區(qū)(包含291個(gè)IRDs致病基因)，獲得的測(cè)序數(shù)據(jù)更具有針對(duì)性。目標(biāo)區(qū)域平均測(cè)序深度(91例先證者)為414.60;99.44%目標(biāo)區(qū)域≥10×覆蓋度，99.04%目標(biāo)區(qū)域≥20×覆蓋度，97.90%目標(biāo)區(qū)域≥50×覆蓋度(圖4)。2.3.2 WES檢測(cè)


本文編號(hào)：3322630