【摘要】：目的:研究非動脈炎性前部缺血性視神經(jīng)病變(non-arteritic anterior ischemic optic neuropathy,NAION)患者外周血中環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)表達譜的改變,運用生物信息學手段分析差異表達的circRNA,預(yù)測circRNA在致病機制中的作用。方法:應(yīng)用高通量測序方法測定6例NAION實驗組和5例健康對照組研究對象外周血中RNA的表達譜,原始數(shù)據(jù)質(zhì)控得到高質(zhì)量數(shù)據(jù)用于分析差異表達的基因,利用聚類分析,火山圖,共表達網(wǎng)絡(luò),基因本體論(Gene ontology,GO)分析和京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析數(shù)據(jù)。采用實時定量聚合酶鏈式反應(yīng)(Quantitative real-time Polymerase Chain Reaction qRT-PCR)技術(shù)對12例NAION和12例對照組進一步驗證差異表達的circRNA,對其進行生物信息學分析和預(yù)測。結(jié)果:高通量測序結(jié)果顯示NAION患者外周血中有49個circRNA和1161個mRNA明顯差異表達。其中有個24circRNA表達上調(diào),25個circRNA表達下調(diào)(變化倍數(shù)2倍且P0.05)。經(jīng)實時定量PCR驗證,hsa_circ_0005583,hsa_circ_0003922,hsa_circ_0002021和hsa_circ_0000462在NAION患者外周血中顯著下調(diào)(變化倍數(shù)2倍且P0.05),尤其是hsa_circ_0005583下調(diào)最顯著(P0.001),通過生物信息學預(yù)測,這些差異的circRNA可能與神經(jīng)變性、氧化應(yīng)激、免疫和代謝等過程相關(guān)。結(jié)論:NAION患者外周血中circRNA表達譜發(fā)生顯著變化,差異表達的circRNA可能為NAION病因的研究提供新的思路。
【學位授予單位】：中國醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：R774.6
【圖文】：

而差異基因中發(fā)現(xiàn) 630個基因表達上調(diào)和 776 個基因表達下調(diào)�；鹕綀D (圖 2A, 2B) 和聚類分析 (圖2C,2D) 顯示兩組人群中差異表達的轉(zhuǎn)錄本和基因。其中圖片中的每個點代表一個轉(zhuǎn)錄本(A) 和一個基因(B), 橫坐標表示兩組中轉(zhuǎn)錄本（A）和基因（B）表達的倍數(shù)數(shù)值以 log2 表示，縱坐標表示轉(zhuǎn)錄本（A）和基因（B）變化以 P 值的-log10表示。橫坐標的絕對值越大，兩組之間表達量的差異越大；縱坐標值越大，差異越顯著。 紅點突出顯示上調(diào)的轉(zhuǎn)錄本（A）和基因（B），藍點反映下調(diào)的轉(zhuǎn)錄本（A）和基因（B）。 聚類分析表明在 NAION 患者（AION）和健康對照（NC）之間差異表達的轉(zhuǎn)錄本（C）和基因（D）。紅色和綠色陰影分別代表所有樣品中相對表達之上和之下的表達水平。 聚類分析使用表達差異倍數(shù) 2 倍以上，P<0.05 的轉(zhuǎn)錄本繪制。

圖 3 差異表達的基因的火山圖及聚類分析 3 火山圖中的每個點代表 circRNA（A）和 mRNA（B），橫坐標表示兩組中 circRNA（A mRNA（B）表達倍數(shù)數(shù)值以 log2 表示，縱坐標表示 circRNA（A）或 mRNA（B）變 P 值的-log10 表示。橫坐標的絕對值越大，兩組之間表達量的差異越大; 縱坐標值越大異越顯著。 紅點突出顯示上調(diào)的 circRNA（A）和 mRNA（B），藍點反映下調(diào)的 circRNA）和 mRNA（B）。分層聚類分析表明在 NAION 患者（AION）和健康對照（NC）差異表達的 circRNA（C）和 mRNA(D)。紅色和綠色陰影分別代表所有樣品中相對表上和之下的表達水平。聚類分析使用表達差異倍數(shù) 2 倍以上，P <0.05 的轉(zhuǎn)錄本繪制。.3 構(gòu)建共表達網(wǎng)絡(luò)通過共表達網(wǎng)絡(luò)預(yù)測差異的 circRNA 的功能，進行基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析據(jù)轉(zhuǎn)錄本的表達來表述 circRNA 和 mRNA 之間的關(guān)系。我們選擇顯著差異達轉(zhuǎn)錄本以構(gòu)建非編碼-編碼共表達網(wǎng)絡(luò)（圖 4）�？偣灿� 7 個 circRNA 和 1

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本文編號：2715591