本文關(guān)鍵詞：長(zhǎng)鏈非編碼RNA在鼻咽癌患者中差異表達(dá)的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的全基因組關(guān)聯(lián)分析鼻咽癌與慢性鼻咽炎組織中長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)表達(dá)水平的改變,探討lnc RNA的表達(dá)改變?cè)诒茄拾┌l(fā)生發(fā)展中的作用及其潛在的分子機(jī)制。方法收集42例鼻咽組織標(biāo)本,包括21例鼻咽癌組織和21例慢性鼻咽炎組織。首先進(jìn)行基因芯片雜交實(shí)驗(yàn):選擇其中6例鼻咽癌組織和6例慢性鼻咽炎組織作為基因芯片雜交實(shí)驗(yàn)的材料,分離提取總RNA并檢測(cè)其質(zhì)量,將RNA制備成雙鏈c DNA,用單色熒光標(biāo)記雙鏈c DNA,與8×60K芯片雜交,用Agilent Scanner G2505C掃描儀掃描,將掃描圖像輸入Agilent Feature Extraction(version 11.0.1.1)軟件和Agilent Gene Spring GX(version11.5.1)軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析并輸出芯片雜交結(jié)果,得到差異表達(dá)的lnc RNA和m RNA。然后利用GO(Gene Ontology,基因本體論)和Pathway分析進(jìn)一步研究。最后,進(jìn)行實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR),對(duì)部分基因芯片雜交實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)并驗(yàn)證其可靠性。結(jié)果在鼻咽癌與慢性鼻咽炎組織中,共有856條lnc RNAs差異表達(dá)(2倍以上變化且P0.05),其中425條lnc RNAs表達(dá)上調(diào),431條lnc RNAs表達(dá)下調(diào);共有767條m RNAs差異表達(dá),其中426條m RNAs表達(dá)上調(diào),341條m RNAs表達(dá)下調(diào)。聚類(lèi)分析法將所有l(wèi)nc RNA分成3類(lèi):基因間lnc RNA,HOX基因簇,增強(qiáng)子型lnc RNA。GO分析法將m RNA分成3類(lèi):生物學(xué)過(guò)程類(lèi)、細(xì)胞組分類(lèi)、分子功能類(lèi)。Pathway分析顯示差異表達(dá)m RNA共參與28條信號(hào)通路,其中表達(dá)上調(diào)的信號(hào)通路1 8條,下調(diào)的1 3條,有3條信號(hào)通路(Cytokine-cytokine receptor interaction,Chemokine signaling pathway,Neuroactive ligand-receptor interaction)同時(shí)參與了表達(dá)上調(diào)和下調(diào)。上調(diào)m RNA富集度較高的10條信號(hào)通路中,細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用(cytokine-cytokine receptor interaction)信號(hào)通路的富集度最高,為5.428282。第一次CNC基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(coding-non-coding gene co-expression network)分析結(jié)果顯示46個(gè)差異表達(dá)的lnc RNAs與3個(gè)參與JAK-STAT信號(hào)通路的m RNAs相互關(guān)聯(lián)。q RT-PCR實(shí)驗(yàn)證明11個(gè)lnc RNAs和8個(gè)m RNAs的表達(dá)水平與基因芯片結(jié)果一致。第二次CNC構(gòu)圖結(jié)果表明23個(gè)差異表達(dá)的m RNAs與3個(gè)經(jīng)驗(yàn)證的lnc RNAs之間相互作用。結(jié)論與慢性鼻咽炎組織相比,鼻咽癌組織中l(wèi)nc RNA的表達(dá)水平明顯改變,表明差異表達(dá)的lnc RNA可能通過(guò)某些分子機(jī)制參與鼻咽癌的發(fā)生發(fā)展過(guò)程。
【關(guān)鍵詞】：鼻咽癌 長(zhǎng)鏈非編碼RNA 長(zhǎng)鏈非編碼RNA芯片 實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)
【學(xué)位授予單位】：福建醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：R739.63
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-8
• 英文縮略詞8-9
• 引言9-10
• 材料與方法10-25
• 一、材料和試劑10-13
• 1. 研究對(duì)象10
• 2. 實(shí)驗(yàn)材料10-11
• 3. 主要試劑及試劑盒11-12
• 4 主要實(shí)驗(yàn)儀器12-13
• 二、實(shí)驗(yàn)方法13-25
• 1 標(biāo)本預(yù)處理13
• 2 總 RNA 抽提13-14
• 3 RNA 質(zhì)量檢測(cè)14-15
• 4 芯片檢測(cè)15-21
• 5 生物信息學(xué)技術(shù)分析21-22
• 6 qRT-PCR（quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction，，實(shí)時(shí)定量 RT-PCR）對(duì)芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證22-25
• 7 CNC 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)圖分析25
• 三、統(tǒng)計(jì)學(xué)方法25
• 實(shí)驗(yàn)結(jié)果25-36
• 1 組織樣本抽提總 RNA 的定量及質(zhì)量檢測(cè)25-26
• 2 基因芯片雜交結(jié)果26-27
• 3 火山圖(Volcano plot)及散點(diǎn)圖(Scatter-Plot)分析結(jié)果27-29
• 4 聚類(lèi)分析29
• 5 差異表達(dá) m RNA 的 GO 富集分析結(jié)果29-31
• 6 差異表達(dá) m RNA Pathway 分析31-32
• 7 qRT-PCR 驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果32-36
• 討論36-38
• 結(jié)論38-40
• 參考文獻(xiàn)40-43
• 綜述43-54
• 參考文獻(xiàn)50-54
• 致謝54-55
• 附錄55

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 宋倫,沈倍奮;Jak/STAT信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑研究新進(jìn)展[J];免疫學(xué)雜志;2000年01期

  本文關(guān)鍵詞：長(zhǎng)鏈非編碼RNA在鼻咽癌患者中差異表達(dá)的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：267098