目的:我們擬通過生物信息學(xué)分析以及體內(nèi)實驗的驗證,揭示Roux-en-Y胃旁路術(shù)（Roux-en-Y gastric bypass,RYGB）后皮下脂肪組織（Subcutaneous adipose tissue,SCAT）改變的主要分子機(jī)制。方法:我們從公共基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫（NCBI-GEO）中獲得肥胖大鼠分別行RYGB手術(shù)和假手術(shù)3個月后SCAT轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)。隨后對這個轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）分析,DEGs相關(guān)的功能富集分析,如基因本體論（gene ontology,GO）分析和京都基因與基因組百科全書（kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析,以及構(gòu)建差異表達(dá)基因的蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò)等。進(jìn)一步我們構(gòu)建肥胖大鼠RYGB手術(shù)的動物模型,驗證生物信息學(xué)結(jié)果。結(jié)果:通過生物信息學(xué)分析,我們篩選到602個在RYGB手術(shù)組和假手術(shù)組SCAT有差異表達(dá)的基因。GO分析顯示DEG... 

【文章來源】：重慶醫(yī)科大學(xué)重慶市

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)預(yù)處理前及預(yù)處理后的基因表達(dá)數(shù)據(jù)

重慶醫(yī)科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文6_at -2.07 0.00069564 Dclk1 doublecortin-like kinase 14_at -2.86 0.00070636 Aspn asporin8_at -2.48 0.00070934 Plac9 placenta-specific 94_at -2.77 0.00075383 Fn1 fibronectin 1DEGs 的聚類分析顯示 RYGB 組和 SHAM 組樣本重復(fù)性好建 DEGs 的熱圖，RYGB 組與 SHAM 組各個樣本、各個差異表達(dá)基量如圖所示（圖 2）。對樣本的聚類分析（上方樹形圖）顯示，RYG體表達(dá)模式與 SHAM 組存在很大的差異：在 RYGB 組中，多數(shù)基因達(dá)模式（綠色條帶），而 SHAM 組則正好相反，多數(shù)基因為上調(diào)模GB 組的三個樣本的表達(dá)模式相似，屬于 SHAM 組的三個樣本的表達(dá)明 RYGB 組及 SHAM 組的樣本重復(fù)性較好。

蛋白（collagen type V alpha 1 chain，COL5A1、collagen type V alpha 2 chain，COL5A2和 collagen type V alpha 3 chain，COL5A3）、VI 型膠原蛋白（collagen type VI alpha1 chain，COL6A1、collagen type VI alpha 2 chain，COL6A2 和 collagen type VI alpha3 chain，COL6A3）、XIV 膠原纖維（collagen type XIV alpha 1 chain，COL14A1）XVIII 膠原纖維（collagen type XVIII alpha 1 chain，COL18A1）、纖維連接蛋白（fibronectin 1，F(xiàn)N1）、層粘連蛋白（laminin alpha 2，LAMA2 和 laminin gamma 1，LAMC1）、玻連蛋白（vitronectin，VTN）、富含半胱氨酸的分泌型酸性蛋白（Secretedprotein acidic and cysteine rich，SPARC）及原纖維蛋白 1（Fibrillin 1，F(xiàn)BN1）均明顯下調(diào)；與 SHAM 組相比，RYGB 組中編碼 ECM 交聯(lián)的基因（如賴氨酸氧化酶（lysyl oxidase，LOX）、類賴氨酸氧化酶 1（lysyl oxidase-like 1，LOXL1）、類賴氨酸氧化酶 2（lysyl oxidase-like 2，LOXL2）表達(dá)顯著下調(diào)。編碼 ECM 降解的基因，如基質(zhì)金屬蛋白酶（matrix metallopeptidases，MMPS）和組織金屬蛋白酶抑制劑（tissue inhibitor of metalloproteases，TIMPS）在兩組間有差異表達(dá)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]皮下脂肪組織創(chuàng)傷后脂肪細(xì)胞的變化[J]. 錢雄,林煒棟,江萬里,劉偉偉,原博,陳向芳.  同濟(jì)大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2012(05)



本文編號：3575108