單核苷酸多態(tài)性與乳腺癌新輔助化療療效的關(guān)聯(lián)研究
發(fā)布時間：2021-07-08 11:56
目的利用甘肅省腫瘤醫(yī)院乳腺科甘肅省乳腺病診治中心和甘肅省醫(yī)學科學院腫瘤組織和淋巴細胞庫資源,用Taq Man Open Array基因分型系統(tǒng)聯(lián)合檢測與乳腺癌新輔助化療密切相關(guān)的基因及其SNPs。通過以下方面進行深入研究:1.探討甘肅漢族婦女乳腺癌患者新輔助化療密切相關(guān)的基因的基因型分布。2.通過基因及其SNPs的研究,篩選新輔助化療方案療效和毒性相關(guān)的基因型分布。3.篩選與乳腺癌新輔助化療方案療效及預后相關(guān)的遺傳標志物。方法依據(jù)不同的新輔助化療方案遴選符合入組條件的乳腺癌病例,化療前采集患者外周靜脈血2 m L,利用北京百泰克公司DNA提取試劑盒提取基因組DNA;提取的DNA,采用ND 2000超微量分光光度計檢測其濃度,要求所有DNA樣本濃度為20~80ng/μL,OD值在1.7~2.0之間;分裝于1.5 m L Eppendorf(EP)管中,-80℃冰箱保存?zhèn)溆?用美國應(yīng)用生物系統(tǒng)(Applied Biosystems,AB)的Taq Man技術(shù),采用Taq Man Open Array基因分型系統(tǒng)實施SNPs分析;所有患者按照RECIST標準評價療效;隨機選取5%的DNA樣本送金維智公司進行PCR測序分析,以驗證Taqman Openarray基因分型結(jié)果的可靠性;采用χ2檢驗比較各基因型化療效果差異及療效關(guān)系,分析基因型分布頻率。結(jié)果1.MDR1 rs1045642各基因型頻率分別為AA(18.1%),AG(41.8%),GG(40.1%);MDR1 rs1128503各基因型頻率分別為AA(38.1%),AG(46.9%),GG(15.0%);CD44 rs187115各基因型頻率分別為CC(8.6%),CT(29.8%),TT(61.6%)。2.186例乳腺癌新輔助化療患者中,化療受益(CR+PR)為82例,總有效率為44.1%;TNM分期中,II期患者比例為44.6%,III期患者比例為53.2%,IV患者比例為2.2%�？ǚ綑z驗顯示,患者年齡、TNM分期與化療療效均無明顯相關(guān)性(p0.05)。3.在MDR1基因型rs1045642位點中,野生型(AA)、雜合型(AG)、突變型(GG)的受益率分別占總受益率的10.7%、17.5%、16.4%;AG型與AA型比較,差異無統(tǒng)計學意義(p=0.098),GG型與AA型比較,差異無統(tǒng)計學意義(p=0.081)。在MDR1基因型rs1128503位點中,野生型(AA)、雜合型(AG)、突變型(GG)的受益率分別占總受益率的21.1%,17.1%,5.4%;AG型與AA型比較,差異有統(tǒng)計學意義(p=0.032),提示AA型的化療效果優(yōu)于AG型,GG型與AA型比較,差異無統(tǒng)計學意義(p=0.131)。在CD44基因型rs187115位點中,野生型(CC)、雜合型(CT)、突變型(TT)的受益率分別占總受益率的4.0%,11.9%,28.5%;CT型與CC型比較,差異無統(tǒng)計學意義(p=0.692),TT型與CC型比較,差異無統(tǒng)計學意義(p=0.996)。4.MDR1 rs1045642 GG基因型與中性粒細胞減少癥相關(guān),III-IV度的發(fā)生率為2.8%(2/71),明顯低于AA(9.4%)和AG型(20.3%),χ2=7.188,p=0.027。未發(fā)現(xiàn)MDR1 rs1045642多態(tài)性與血紅蛋白減少、白細胞減少及血小板減少之間的關(guān)系。MDR1 rs1128503 GG基因型與中性粒細胞減少癥相關(guān),III-IV度的發(fā)生率為4.5%(1/22),明顯低于AA(10.8%)和AG型(27.5%),χ2=9.077,p=0.011。未發(fā)現(xiàn)MDR1 rs1128503多態(tài)性與血紅蛋白減少、白細胞減少及血小板減少之間的關(guān)系。CD44 rs187115 TT基因型與白細胞減少癥相關(guān),III-IV度的發(fā)生率為2.2%(2/93),明顯低于CC(23.1%)和CT型(6.7%),χ2=10.194,p=0.006。未發(fā)現(xiàn)CD44 rs187115多態(tài)性與血紅蛋白減少、中性粒細胞減少及血小板減少之間的關(guān)系。結(jié)論基因芯片檢測方法簡單快速且高通量,適用于大規(guī)模樣本SNP調(diào)查;MDR1rs1045642位點、CD44 rs187115與化療敏感性無關(guān)、MDR1 rs1128503位點AA型的化療效果優(yōu)于AG型,可能作為乳腺癌新輔助化療敏感性的預測因子。
本文編號：1706539
甘肅中醫(yī)藥大學甘肅省
頁數(shù)：44
【學位級別】：碩士
文章目錄
中文摘要
ABSTRACT
縮略詞表
前言
立題依據(jù)
實驗研究
1. 材料與試劑
1.1 外周血
1.2 主要試劑
1.3 主要儀器和設(shè)備
2. 實驗方法
2.1 樣本的收集與保存
2.1.1 研究對象
2.1.2 入組標準
2.1.3 排除標準
2.1.4 化療前評估的指標
2.1.5 化療方案及療效評價
2.1.6 研究步驟
2.1.7 毒性反應(yīng)
2.2 基因組DNA提取
2.3 DNA濃度的測定和分類
2.4 SNPs的選擇
2.5 基于TaqMan OpenArray基因分型系統(tǒng)進行SNPs分型分析
2.5.1 TaqMan OpenArray基因分型系統(tǒng)SNPs分型原理
2.5.2 TaqMan OpenArray基因分型步驟
2.5.3 SNP分型的質(zhì)控
2.6 數(shù)據(jù)的統(tǒng)計學處理
3. 結(jié)果
3.1 SNP選擇結(jié)果
3.2 乳腺癌患者樣本基本信息
3.3 測序驗證分析基因分型結(jié)果
3.4 實驗結(jié)果
3.4.1 基因多態(tài)性分布
3.4.2 非遺傳因素與化療療效的關(guān)系
3.4.3 基因型與化療療效的關(guān)系
3.4.4 基因多態(tài)性與血液毒性的關(guān)系
4. 討論
4.1 關(guān)于SNP
4.2 MDR1 基因、CD44 基因與腫瘤的關(guān)系
4.3 基因芯片的應(yīng)用
結(jié)語
1. 結(jié)論
2. 問題與展望
參考文獻
致謝
附錄：在學期間成果
期刊論文
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本文編號：1706539
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