目的:煙霧病是以雙側(cè)頸內(nèi)動脈末端慢性狹窄或閉塞、繼發(fā)顱底異常血管網(wǎng)形成為特征的腦血管病。病因及發(fā)病機(jī)制尚不明確。為了解煙霧病微小RNA(microRNA,miRNA)表達(dá)譜特征,我們應(yīng)用lllumina-Seq技術(shù)對煙霧病患者全血進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組深度測序。為了構(gòu)建差異表達(dá)miRNA的可能調(diào)控網(wǎng)絡(luò),我們對高通量測序結(jié)果得到的miRNA差異表達(dá)譜進(jìn)行了進(jìn)一步的篩選、驗(yàn)證及生物信息學(xué)分析,并結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。為深入認(rèn)識miRNA在煙霧病發(fā)生及發(fā)展中的分子生物學(xué)機(jī)制奠定基礎(chǔ),從而為煙霧病的早期篩查,最大程度預(yù)防新病例的發(fā)生以及通過早期治療減緩疾病進(jìn)程等提供可能的研究方向。方法:1、應(yīng)用lllumina-Seq技術(shù)對5例煙霧病患者及5例正常對照者的全血樣本進(jìn)行sRNA和轉(zhuǎn)錄組深度測序,對miRNA差異表達(dá)譜進(jìn)行分析并篩選;2、應(yīng)用RT-qPCR的方法對7條差異表達(dá)miRNA在用于高通量測序階段的5個病例及5個對照中進(jìn)行結(jié)果一致性的驗(yàn)證,同時進(jìn)一步擴(kuò)大樣本量在獨(dú)立的7例煙霧病患者及8例正常對照中檢測3條目的miRNA表達(dá)水平;3、應(yīng)用生物信息學(xué)方法及相關(guān)分析軟件對差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行靶...

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略語
1 前言
2 材料與方法
    2.1 研究對象
    2.2 煙霧病入選標(biāo)準(zhǔn)
    2.3 主要試劑與儀器
    2.4 實(shí)驗(yàn)方法
        2.4.1 血樣制備
        2.4.2 全血總RNA提取及質(zhì)量監(jiān)控
        2.4.3 文庫構(gòu)建及質(zhì)量檢測
        2.4.4 上機(jī)測序
    2.5 煙霧病高通量測序及miRNA差異表達(dá)譜分析
        2.5.1 miRNA原始數(shù)據(jù)測序質(zhì)量控制
        2.5.2 mRNA、lncRNA測序數(shù)據(jù)整理及數(shù)據(jù)量統(tǒng)計
        2.5.3 miRNA表達(dá)及差異分析
    2.6 差異表達(dá)miRNA的 RT-qPCR驗(yàn)證
        2.6.1 全血Total-RNA提取
        2.6.2 RNA濃度及純度測定
        2.6.3 反轉(zhuǎn)錄合成c DNA
        2.6.4 PCR引物的合成
        2.6.5 熒光實(shí)時定量PCR
    2.7 差異表達(dá)miRNA靶基因預(yù)測和功能富集分析
        2.7.1 miRNA靶基因預(yù)測
        2.7.2 差異表達(dá)miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    2.8 差異表達(dá)miRNA與轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
    2.9 ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
3 結(jié)果
    3.1 樣品總RNA質(zhì)量檢測
    3.2 高通量測序的結(jié)果及數(shù)據(jù)分析
    3.3 miRNA差異表達(dá)分析
    3.4 煙霧病及其對照組全血中miRNA實(shí)時定量PCR驗(yàn)證結(jié)果
    3.5 擴(kuò)大樣本量驗(yàn)證差異miRNA在煙霧病患者與對照組中的表達(dá)水平
    3.6 差異表達(dá)miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    3.7 聯(lián)合分析
    3.8 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA關(guān)系對分析結(jié)果和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖
4 討論
5 結(jié)論
本研究創(chuàng)新性的自我評價
參考文獻(xiàn)
綜述 煙霧病的基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究進(jìn)展
    參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間獲取的研究成果
致謝
個人簡介



本文編號：3916315