基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)分析缺血性腦卒中腦細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組表達(dá)差異
發(fā)布時間:2022-07-12 17:47
目的缺血性腦卒中(ischemic stroke,IS)發(fā)病率高、死亡率高。本實驗利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探索IS腦細(xì)胞的基因表達(dá)差異情況,嘗試為IS的治療提供一個新的思路。方法分別選取去骨瓣減壓術(shù)切除大面積腦梗死患者和顱腦創(chuàng)傷患者的腦組織各2g作為實驗組和對照組,進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序,對測序結(jié)果進(jìn)行差異表達(dá)基因的GO注釋和KEGG通路分析。結(jié)果 (1)本實驗共檢測出有效細(xì)胞實驗組1635個,對照組627個,上述細(xì)胞依據(jù)表達(dá)情況可以分出7個細(xì)胞群;(2)在兩組之間鑒定到30個具有表達(dá)差異的轉(zhuǎn)錄本。實驗組與對照組比較,表達(dá)上調(diào)的差異轉(zhuǎn)錄本有13個,表達(dá)下調(diào)的差異轉(zhuǎn)錄本有17個;(3)共有23個基因注釋到GO系統(tǒng)的84個功能類別(P <0.05),注釋到細(xì)胞組成的基因有15個;注釋到生物過程的基因有10個;注釋到分子功能大類的基因有8個。KEGG通路分析結(jié)果顯示這些差異表達(dá)基因中有4個富集到核糖體的形成通路。結(jié)論 (1)用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對IS腦細(xì)胞進(jìn)行基因表達(dá)分析是可行的;(2) IS患者的腦細(xì)胞基因表達(dá)對比顱腦創(chuàng)傷患者存在差異。
【文章頁數(shù)】:7 頁
【文章目錄】:
材料與方法
1. 病例選擇
2. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
3. 單細(xì)胞懸液密度&活力檢測、單細(xì)胞分離、裂解及RNA的捕獲(圖A)
4.c DNA文庫建立(圖B)
5.生物信息學(xué)分析
結(jié)果
1.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果(圖C、D)
2.差異表達(dá)基因分析
3. top10特征表達(dá)基因在CI組和Normal組的差異表達(dá)和分布情況(圖E)
4. 差異表達(dá)基因聚類熱圖(圖F)
5. 差異表達(dá)基因的GO注釋和KEGG分析(圖G、H)
討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]早產(chǎn)兒腦白質(zhì)損傷大鼠模型海馬組織差異多肽譜分析[J]. 鳳爾翠,蔣犁. 中國當(dāng)代兒科雜志. 2019(11)
[2]簇集蛋白在急性腦梗死中的表達(dá)及其臨床意義[J]. 徐艷,李輝華. 重慶醫(yī)學(xué). 2016(21)
[3]清熱化瘀Ⅱ號方對腦缺血預(yù)處理大鼠MAP1B表達(dá)的影響[J]. 王琳,祝美珍,肖艷芬,楊仕權(quán),吳志敏,劉向陽. 中西醫(yī)結(jié)合心腦血管病雜志. 2013(02)
本文編號:3659573
【文章頁數(shù)】:7 頁
【文章目錄】:
材料與方法
1. 病例選擇
2. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
3. 單細(xì)胞懸液密度&活力檢測、單細(xì)胞分離、裂解及RNA的捕獲(圖A)
4.c DNA文庫建立(圖B)
5.生物信息學(xué)分析
結(jié)果
1.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果(圖C、D)
2.差異表達(dá)基因分析
3. top10特征表達(dá)基因在CI組和Normal組的差異表達(dá)和分布情況(圖E)
4. 差異表達(dá)基因聚類熱圖(圖F)
5. 差異表達(dá)基因的GO注釋和KEGG分析(圖G、H)
討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]早產(chǎn)兒腦白質(zhì)損傷大鼠模型海馬組織差異多肽譜分析[J]. 鳳爾翠,蔣犁. 中國當(dāng)代兒科雜志. 2019(11)
[2]簇集蛋白在急性腦梗死中的表達(dá)及其臨床意義[J]. 徐艷,李輝華. 重慶醫(yī)學(xué). 2016(21)
[3]清熱化瘀Ⅱ號方對腦缺血預(yù)處理大鼠MAP1B表達(dá)的影響[J]. 王琳,祝美珍,肖艷芬,楊仕權(quán),吳志敏,劉向陽. 中西醫(yī)結(jié)合心腦血管病雜志. 2013(02)
本文編號:3659573
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