本文關(guān)鍵詞：中國漢族人群6個(gè)SNPs交互作用與特應(yīng)性皮炎易感相關(guān)性研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景 特應(yīng)性皮炎(Atopic Dermatitis,AD)是一種常見的慢性、炎癥性、瘙癢性皮膚病,環(huán)境、基因、感染等因素在其發(fā)病中起到了重要作用。其中,遺傳因素在AD的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮了重要作用�；�-基因或環(huán)境-基因間交互作用在如銀屑病、SLE等常見病的發(fā)生中扮演著非常重要的角色。目前已有許多基因-環(huán)境因素交互作用對(duì)AD發(fā)病影響的相關(guān)研究,但基因-基因交互作用在AD發(fā)病機(jī)制中所扮演的角色目前尚少有相關(guān)研究對(duì)其進(jìn)行揭示。本研究選取了以往我們研究團(tuán)隊(duì)AD全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome Wide Association Study,GWAS)中報(bào)道的最顯著的6個(gè)SNP(single nucleotide polymorphism)點(diǎn)(P10E-05)。通過使用廣義多因子降維法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)或多因子降維法(multifactor dimensionality reduction,MDR)和Plink1.07軟件對(duì)它們的交互作用進(jìn)行研究來尋找這6個(gè)SNP點(diǎn)相對(duì)應(yīng)的基因之間可能的交互作用機(jī)制與AD易感性之間的相關(guān)性。研究目的研究我們AD課題組既往報(bào)道的中國漢族人群AD中最顯著的6個(gè)SNP位點(diǎn)的遺傳模型及其相對(duì)應(yīng)的基因之間交互作用對(duì)特異性皮炎易感性的影響。實(shí)驗(yàn)材料和方法所有入選樣本來均自以往我們研究團(tuán)隊(duì)GWAS研究的漢族人群,包括4,636例AD患者(男性2,766例,女性1,870例,平均年齡5.45歲)和13559例正常對(duì)照(男性7,159例,女性6,400例,平均年齡28.01歲)。在本研究中,所選樣本均來源于全國多家醫(yī)院,病例的診斷都由至少兩名經(jīng)驗(yàn)豐富的皮膚科醫(yī)生根據(jù)Hanifin-Rajka AD診斷標(biāo)準(zhǔn)診斷。所有樣本臨床資料在經(jīng)過全身的臨床檢查后收集而其他所有病例與對(duì)照的一般資料都是通過結(jié)構(gòu)化的調(diào)查問卷收集。所有對(duì)照都是健康人群,沒有特應(yīng)性皮炎、其他特應(yīng)性疾病、系統(tǒng)性疾患或特應(yīng)性皮炎家族史(包括一級(jí)、二級(jí)和三級(jí)血緣親屬)。6個(gè)P值(均小于10E-05)最顯著的SNPs rs3126085(FLG/1q21.3),rs12085366(ATP6V1G3/1q31.3),rs7701890(TMEM232-SLC25A46/5q22.1),rs17173197(PRKAG2/7q36.1),rs2393903(ZNF365/10.21.2),and rs6010620(TNFRSF6B-ZGPAT/20q13.33)在多階段的GWAS中均顯示與AD相關(guān)。我們對(duì)這6個(gè)SNPs進(jìn)行了基因-基因交互作用研究。并用卡方檢驗(yàn)、Fisher’確切概率法(當(dāng)理論頻數(shù)小于5時(shí))對(duì)基因型頻率進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。這6個(gè)SNP位點(diǎn)的遺傳模型(疊加模型、顯性模型和隱性模型)的判斷是基于相關(guān)的顯著性水平的最大值(通過統(tǒng)計(jì)學(xué)比較時(shí)的P值大小決定)。用多因子降維法(Multifactor dimensionality reduction,MDR)評(píng)價(jià)相對(duì)應(yīng)的變異基因之間的交互作用與AD易感性之間的關(guān)系。交互作用各模型之間的評(píng)價(jià)是基于測試平衡精確度(Testing balanced accuracy,TBA)、交叉驗(yàn)證的恒定性(Cross-validation consistency,CVC)和交互作用模型的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。TBA測量的是以病例/對(duì)照比值大小來準(zhǔn)確分組的概率,CVC評(píng)價(jià)的是個(gè)體分組的恒定性。其中TBA〉0.50,P10E-08,CVC取最大值。結(jié)果遺傳模型分析結(jié)果提示,顯性模型最適合用于描述的SNP為rs3126085,與AD相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性為3.21E-12;此外,顯性模型也最適合用于描述SNP rs12085366和rs7701890,與AD的相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性分別為5.27E-04和9.23E-08。隱性模型最適于描述的SNP為rs17173197,相關(guān)的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性為4.39E-20;累加模型適于描述SNP rs6010620和rs2393903,相關(guān)統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性分別為2.24E-07和1.10E-09。AD易感基因-基因交互作用分析結(jié)果表明兩位點(diǎn)模型PRKAG2×FLG SNPs(rs17173197×rs3126085,Pcombined=1.11E-15),PRKAG2×TMEM232-SLC25A46 SNPs(rs17173197×rs7701890,Pcombined=2.22E-15),PRKAG2 and TNFRSF6B-ZGPAT SNPs(rs17173197×rs6010620,Pcombined=6.66E-16)以及三位點(diǎn)模型PRKAG2×TMEM232-SLC25A46×TNFRSF6B-ZGPAT(rs17173197 x rs7701890 x rs6010620,Pcombined=5.99E-15)基因間存在交互作用。結(jié)論本研究表明交互作用兩位點(diǎn)模型PRKAG2×FLG,PRKAG2×TMEM232-SLC25A46,PRKAG2×TNFRSF6B-ZGPAT以及交互作用三位點(diǎn)模型PRKAG2×TMEM232-SLC25A46×TNFRSF6B-ZGPAT增加中國漢族人群AD患者的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。
【關(guān)鍵詞】：特應(yīng)性皮炎 交互作用 全基因組關(guān)聯(lián)研究 多因子降維法
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R758.2
【目錄】：

• 英文縮略詞表6-7
• 中文摘要7-10
• 英文摘要10-13
• 1.引言13-19
• 2.實(shí)驗(yàn)材料與方法19-29
• 2.1 研究對(duì)象基本資料19
• 2.2 問卷調(diào)查表設(shè)計(jì)19-21
• 2.3 臨床資料與樣本收集21-22
• 2.4 實(shí)驗(yàn)試劑22
• 2.5 實(shí)驗(yàn)器材22-23
• 2.6 分析軟件23
• 2.7 實(shí)驗(yàn)方法與步驟23-28
• 2.8 數(shù)據(jù)分析28-29
• 3.結(jié)果29-35
• 3.1 研究對(duì)象基本信息29-30
• 3.2 各研究基因遺傳模型分析30
• 3.3 遺傳變異的交互作用分析30-35
• 4.討論35-38
• 4.1 各研究基因的生物學(xué)功能35-36
• 4.2 基因交互作用模型與AD易感性可能的生物學(xué)機(jī)制分析36-38
• 4.2.1 PRKAG2 xFLG交互作用與AD的關(guān)系36-37
• 4.2.2 PRKAG2 xTMEM232-SLC25A46交 互作用與AD的 關(guān)系37
• 4.2.3 PRKAG2 xTNFRSF6B-ZGPAT交互作用與AD的關(guān)系37
• 4.2.4 PRKAG2 x TMEM232-SLC25A46xTNFRSF6B-ZGPAT交互作用與AD的關(guān)系37-38
• 5.結(jié)論38-39
• 5.1 遺傳模型分析38
• 5.2 基因-基因交互作用分析38-39
• 6.參考文獻(xiàn)39-47
• 附錄47-49
• 致謝49-51
• 課題綜述51-57
• 參考文獻(xiàn)55-57

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

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  本文關(guān)鍵詞：中國漢族人群6個(gè)SNPs交互作用與特應(yīng)性皮炎易感相關(guān)性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：386984