溫?zé)峒盁嵝菘说鞍讓?duì)人角質(zhì)形成細(xì)胞抗HPV感染的作用研究
【學(xué)位單位】:中國(guó)醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:R759
【部分圖文】:
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果1 溫?zé)岽碳は?HaCaT 細(xì)胞蛋白質(zhì)譜表達(dá)變化及生物信息學(xué)分析1.1 HaCaT 細(xì)胞受溫?zé)岽碳ず笕值鞍踪|(zhì)譜變化檢測(cè)HaCaT 細(xì)胞分別分組為實(shí)驗(yàn)組(44℃)和對(duì)照組(37℃),根據(jù)實(shí)驗(yàn)方法所程完成三次獨(dú)立質(zhì)譜檢測(cè)。質(zhì)譜結(jié)果搜庫(kù)后共鑒定到 6670 個(gè)蛋白質(zhì),其中可蛋白質(zhì)共 5307 個(gè)。以實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞質(zhì)譜表達(dá)量/對(duì)照組細(xì)胞質(zhì)譜表達(dá)量計(jì)算差異倍數(shù),設(shè)定閾值為 1.3 倍(大于 1.3 或小于 0.769),且三次獨(dú)立實(shí)驗(yàn)進(jìn)行獨(dú)立 t 檢驗(yàn),規(guī)定統(tǒng)計(jì)學(xué)差異閾值為 p<0.05。最終,獲得滿足上述篩選條件的可定白 630 個(gè),其中上調(diào)蛋白質(zhì) 251 個(gè),下調(diào)蛋白質(zhì) 379 個(gè)。差異蛋白質(zhì)豐度與置如圖 1 所示。
相對(duì)比對(duì)照組 HaCaT 細(xì)胞,溫?zé)崽幚碓斐闪藢?shí)驗(yàn)組細(xì)胞核糖體生物合成、RNA 代謝、蛋白質(zhì)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)定位、病毒核酸調(diào)控、細(xì)胞周期調(diào)控等生物學(xué)過程(BiologicalProcess, BP)的改變。如圖 2A 所示,這些生物學(xué)過程主要涉及了 RNA 結(jié)合、核糖體結(jié)構(gòu)、輔酶結(jié)合以及細(xì)胞骨架蛋白結(jié)合等關(guān)鍵分子功能(Molecular Function, MF),從而影響了核糖體、胞內(nèi)質(zhì)膜系統(tǒng)、剪切體以及染色體等主要的細(xì)胞結(jié)構(gòu)(CellularComponent, CC)。同時(shí),對(duì)受溫?zé)岽碳じ淖兊娜w蛋白質(zhì)進(jìn)行 KEGG(KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes)富集分析發(fā)現(xiàn)(圖 2B),近似于 GO 富集分析的結(jié)論,44℃溫?zé)岽碳ぴ?HaCaT 細(xì)胞中造成了對(duì)應(yīng)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路改變。具體地,溫?zé)岽碳ぴ斐闪颂即x、糖酵解與糖異生及氨基酸合成等代謝通路分子的變化;病毒致癌、人乳頭瘤病毒感染在內(nèi)的多種病毒感染相關(guān)生理通路分子的改變;同時(shí)也造成了諸如緊密連接在內(nèi)的細(xì)胞間粘附通路,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)處理在內(nèi)的細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)定位等通路分子的變化。由此可見,總體上 44℃溫?zé)岽碳ぴ?HaCaT 細(xì)胞中主要造成了細(xì)胞代謝、蛋白質(zhì)處理、細(xì)胞間相互作用、以及病毒生理相關(guān)的部分分子及其對(duì)應(yīng)功能的改變。
17圖 3 44℃溫?zé)嵯?HaCaT 細(xì)胞上調(diào)差異蛋白的聚類分析與生理功能A 為上調(diào)蛋白質(zhì)的層次聚類結(jié)果,Group1、2、3 分別表示三次獨(dú)立重復(fù)試驗(yàn)中實(shí)驗(yàn)組/對(duì)照組的蛋白質(zhì)差異表達(dá)量。B 為上調(diào)蛋白質(zhì) K 均值聚類的結(jié)果,坐標(biāo)軸代標(biāo)不同蛋白質(zhì)表達(dá)量數(shù)值距離差異,不同顏色代表不同的聚類群。C 為上調(diào)蛋白按照 K 均值聚類分組后 GO-BP 聚類分析結(jié)果,不同顏色代表對(duì)應(yīng)的聚類群,Gene Count 代表參與到不同條目的基因個(gè)數(shù),Enrichment Score 代表不同條目的富集程度。相似地,對(duì)下調(diào)差異蛋白進(jìn)行聚類分析,由 gap statistic 法與 WSS 法聯(lián)立計(jì)算可推測(cè)最佳聚類數(shù)目為 5。依次對(duì)分層聚類進(jìn)行對(duì)應(yīng)剪枝(圖 4A),對(duì) K 均值聚類取 K 值為 5(圖 4B)所得聚類結(jié)果近似。選取魯棒性更好的 K 均值聚類結(jié)果進(jìn)行GO-BP 富集分析,可以發(fā)現(xiàn)下調(diào)蛋白的 5 個(gè)亞群分別參與到了核糖體生物合成、RNA 代謝與病毒核酸調(diào)控、核酸轉(zhuǎn)運(yùn)和穩(wěn)定性調(diào)控、物質(zhì)代謝、細(xì)胞周期調(diào)控等生物學(xué)過程之中(圖 4C)。
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