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特應(yīng)性皮炎患者血漿中差異表達miRNA的篩選研究

發(fā)布時間:2020-07-16 10:49
【摘要】:背景與目的: miRNA(microRNA)是一類長度為20~25個核苷酸的非編碼小分子RNA,通過影響其靶基因的穩(wěn)定性或抑制其翻譯轉(zhuǎn)錄水平來調(diào)控細胞的分化、增殖和凋亡。目前現(xiàn)有的研究資料已證明miRNA在某些皮膚病的發(fā)生、發(fā)展起著重要作用,但是對其在特應(yīng)性皮炎發(fā)病機制中所起作用的研究很少。本課題采用Exiqon公司的miRCURYLNATM芯片技術(shù)篩選特應(yīng)性皮炎(Atopic dermatitis,AD)患者和正常人血漿差異表達的miRNA;然后通過RT-qPCR驗證芯片檢測結(jié)果的準確性,尋找與AD相關(guān)的血漿中特異性miRNA,冀望作為AD疾病診斷的標志物,研究結(jié)果為探明miRNAs調(diào)控特應(yīng)性皮炎發(fā)生的機制,及今后研究其臨床診斷、病情評估、治療評價提供理論指導(dǎo)和實驗依據(jù)。 材料與方法: 收集9例AD患者及6例正常人外周靜脈血5ml,無酶污染條件下提取總RNA,利用Exiqon公司的miRCUPY LNATM基因芯片對血漿中的miRNA進行篩查、分析。對特應(yīng)性皮炎中的差異表達miRNA進行篩選,初步建立特應(yīng)性皮炎患者miRNA異常表達譜,找出明顯上調(diào)或下調(diào)表達的miRNA進行進一步的PCR驗證和分析。 結(jié)果: 1.在特應(yīng)性皮炎患者血漿中篩選出上調(diào)表達的miRNA基因105個,下調(diào)表達的miRNA基因225個。 2.其中Fold chang上調(diào)大于2倍的為61個,上調(diào)大于3倍小于5倍為17個,上調(diào)大于5倍的為5個; Fold chang下調(diào)小于0.5倍的為170個(P<0.05)。 結(jié)論: 1.初步建立特應(yīng)性皮炎患者血漿中的miRNA基因的異常表達譜,與正常健康人比較,初步篩選出61個上調(diào)表達的miRNA基因和170個下調(diào)表達的miRNA基因。 2.通過查閱文獻結(jié)合本研究實驗,最后選取在特應(yīng)性皮炎血漿中顯著性差異表達的miR-142-5p、miR-1237-3p和miR-4275、miR-5047進行后續(xù)RT-qPCR驗證、分析。
【學(xué)位授予單位】:瀘州醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2013
【分類號】:R751
【圖文】:

電泳圖,電泳圖,樣品,質(zhì)量


樣品 1、2 的電泳圖RNA electrophoresis of example1 anp ND-1000 驗證的 RNA 質(zhì)量與數(shù)量報告單le 1 sample quality control data260/230atioConc(ng/μl)Volum(μl)Quantity(ng)QCpas.65 40.35 10 403.50 pas.76 49.13 10 490.31 pas.84 41.07 10 410.70 pas.70 64.45 10 644.50 pas.65 32.66 10 326.60 pas.76 46.66 10 466.60 pas.68 47.28 10 472.80 pas

箱線圖,修正值


45a1 1.78 1.77 43.28 10 432.80 pass47a1 1.82 1.81 45.09 10 450.90 pass2 miRNA 的數(shù)據(jù)分析首先我們選取一批次實驗中在每張芯片上修正值都>=30 的非control 探針做標準化,以這部分探針中值(median)作為標準化因子對整張芯片的點做標準化處理,即各個 miRNA 修正值/median=Normalized Data(標準值)。

散點圖,散點圖,樣品,樣本


23圖 3 樣品散點圖Fig 3 scatter-plots備注:scatter plot 以圖形方式,表明了 2 樣本之間 miRNA 表達差別。2 樣本差異越大,其散點圖距離 X=Y 這條直線越遠,分散程度越大。

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本文編號:2757913


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