【摘要】：目的:以高通量測(cè)序技術(shù)(high-throughput sequencing)篩選銀屑病病人皮損組織和正常人皮膚組織中l(wèi)nc RNA和m RNA差異表達(dá),再以生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)性分析與lnc RNA共表達(dá)的靶基因、lnc RNA的生物學(xué)功能聚類(lèi)、以及其參與的信號(hào)通路;運(yùn)用q RT-PCR技術(shù)驗(yàn)證其中具有代表性的差異表達(dá)lnc RNA,為研究銀屑病發(fā)病機(jī)制及發(fā)病過(guò)程中的調(diào)控因素提供理論支持。方法:選取3例銀屑病患者皮損組織(男2例,女1例)以及2例健康對(duì)照正常皮膚組織(男1例,女1例),提取總RNA之后反轉(zhuǎn)錄為c DNA,構(gòu)建文庫(kù)成功后使用Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)篩選出lnc RNA和m RNA(篩選標(biāo)準(zhǔn):差異倍數(shù)2倍,P0.05);通過(guò)計(jì)算皮爾森相關(guān)系數(shù)和P值篩選出lnc RNA和m RNA關(guān)系對(duì),構(gòu)建lnc RNA-m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),運(yùn)用基因本體論(Gene Ontology,GO)分析及KEGG信號(hào)通路分析進(jìn)一步了解Lnc RNA和m RNA在銀屑病發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮的生物學(xué)功能。挑選出差異倍數(shù)高的4個(gè)lnc RNA用q RT-PCR進(jìn)行高通量測(cè)序驗(yàn)證(12例銀屑病患者皮損組織,10例健康對(duì)照組)。結(jié)果:1.與銀屑病相關(guān)的差異表達(dá)的lncRNA共有1187個(gè),其中388個(gè)上調(diào)的lncRNA和799個(gè)下調(diào)的Lnc RNA(篩選標(biāo)準(zhǔn):P0.05,且差異倍數(shù)改變不小于2倍);與銀屑病相關(guān)的差異表達(dá)的m RNA共篩選出2787個(gè),其中上調(diào)的有1121個(gè),下調(diào)的有1666個(gè)(篩選標(biāo)準(zhǔn):P0.05且倍數(shù)改變大于2倍)。2.通過(guò)生物信息學(xué)分析,GO分析顯示差異表達(dá)的mRNA主要富集在中性粒細(xì)胞聚集、趨化因子產(chǎn)生、免疫反及T細(xì)胞活化的正調(diào)控。KEGG富集分析結(jié)果提示,差異表達(dá)明顯的m RNA主要富集在自身免疫、炎癥反應(yīng)和脂質(zhì)代謝等相關(guān)的通路中。根據(jù)pearson系數(shù)建立lnc RNA和m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),GO分析結(jié)果顯示與lnc RNA相關(guān)的m RNA主要富集在細(xì)胞代謝以及脂代謝等過(guò)程等細(xì)胞生物學(xué)進(jìn)程,細(xì)胞組件方面主要作用為構(gòu)成細(xì)胞內(nèi)部分、細(xì)胞質(zhì)以及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜等,分子功能方面主要富集在氧化還原活性分子結(jié)合、核苷酸組成等。KEGG通路分析顯示與lnc RNA相關(guān)的m RNA主要富集在代謝通路、PPAR等炎癥通路。3.隨機(jī)選取4個(gè)差異明顯的lncRNA(TINCR、NEAT1、H19、MALAT1)進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證,其結(jié)果與高通量測(cè)序得出的結(jié)果具有一致性,故可進(jìn)一步證明高通量測(cè)序結(jié)果可信有效。結(jié)論:該研究通過(guò)高通量測(cè)序系統(tǒng)的篩選鑒定了與銀屑病發(fā)病機(jī)制相關(guān)差異表達(dá)的lnc RNA和m RNA,通過(guò)構(gòu)建lnc RNA-m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,篩選出了與銀屑病相關(guān)的潛在具有調(diào)控功能的lnc RNA,有效的提供了銀屑病發(fā)病機(jī)制中的新的研究切入點(diǎn)。
【學(xué)位授予單位】：石河子大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：R758.63
【圖文】：

差異表達(dá)lncRNA和mRNA篩選火山圖

lncRNA類(lèi)型統(tǒng)計(jì)圖

差異表達(dá)lncRNA和mRNA聚類(lèi)圖

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前5條

1 高謙;周暉;李文靜;;超保守區(qū)非編碼RNA在銀屑病外周血單個(gè)核細(xì)胞中差異表達(dá)的初步研究[J];皮膚性病診療學(xué)雜志;2014年05期

2 周華;張新;劉騰云;余發(fā)新;;高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析與基因發(fā)掘[J];江西科學(xué);2012年05期

3 彭武建;王紅蕾;歐陽(yáng)昕;戴勇;;系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者長(zhǎng)鏈非編碼RNA差異性表達(dá)研究[J];中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)學(xué)雜志;2012年11期

4 丁曉嵐;王婷琳;沈佚葳;王曉艷;周城;田珊;劉盈;彭光輝;周俊娥;薛樹(shù)旗;王仁利;唐英;孟雪梅;裴廣德;白云花;劉青;李航;張建中;;中國(guó)六省市銀屑病流行病學(xué)調(diào)查[J];中國(guó)皮膚性病學(xué)雜志;2010年07期

5 許文嶸;范衛(wèi)新;;Micro RNA與皮膚[J];臨床皮膚科雜志;2010年07期

本文編號(hào)：2747408