【摘要】：目的:以高通量測序技術(shù)(high-throughput sequencing)篩選銀屑病病人皮損組織和正常人皮膚組織中l(wèi)nc RNA和m RNA差異表達(dá),再以生物信息學(xué)軟件預(yù)測性分析與lnc RNA共表達(dá)的靶基因、lnc RNA的生物學(xué)功能聚類、以及其參與的信號通路;運用q RT-PCR技術(shù)驗證其中具有代表性的差異表達(dá)lnc RNA,為研究銀屑病發(fā)病機(jī)制及發(fā)病過程中的調(diào)控因素提供理論支持。方法:選取3例銀屑病患者皮損組織(男2例,女1例)以及2例健康對照正常皮膚組織(男1例,女1例),提取總RNA之后反轉(zhuǎn)錄為c DNA,構(gòu)建文庫成功后使用Illumina高通量測序平臺篩選出lnc RNA和m RNA(篩選標(biāo)準(zhǔn):差異倍數(shù)2倍,P0.05);通過計算皮爾森相關(guān)系數(shù)和P值篩選出lnc RNA和m RNA關(guān)系對,構(gòu)建lnc RNA-m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),運用基因本體論(Gene Ontology,GO)分析及KEGG信號通路分析進(jìn)一步了解Lnc RNA和m RNA在銀屑病發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮的生物學(xué)功能。挑選出差異倍數(shù)高的4個lnc RNA用q RT-PCR進(jìn)行高通量測序驗證(12例銀屑病患者皮損組織,10例健康對照組)。結(jié)果:1.與銀屑病相關(guān)的差異表達(dá)的lncRNA共有1187個,其中388個上調(diào)的lncRNA和799個下調(diào)的Lnc RNA(篩選標(biāo)準(zhǔn):P0.05,且差異倍數(shù)改變不小于2倍);與銀屑病相關(guān)的差異表達(dá)的m RNA共篩選出2787個,其中上調(diào)的有1121個,下調(diào)的有1666個(篩選標(biāo)準(zhǔn):P0.05且倍數(shù)改變大于2倍)。2.通過生物信息學(xué)分析,GO分析顯示差異表達(dá)的mRNA主要富集在中性粒細(xì)胞聚集、趨化因子產(chǎn)生、免疫反及T細(xì)胞活化的正調(diào)控。KEGG富集分析結(jié)果提示,差異表達(dá)明顯的m RNA主要富集在自身免疫、炎癥反應(yīng)和脂質(zhì)代謝等相關(guān)的通路中。根據(jù)pearson系數(shù)建立lnc RNA和m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),GO分析結(jié)果顯示與lnc RNA相關(guān)的m RNA主要富集在細(xì)胞代謝以及脂代謝等過程等細(xì)胞生物學(xué)進(jìn)程,細(xì)胞組件方面主要作用為構(gòu)成細(xì)胞內(nèi)部分、細(xì)胞質(zhì)以及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜等,分子功能方面主要富集在氧化還原活性分子結(jié)合、核苷酸組成等。KEGG通路分析顯示與lnc RNA相關(guān)的m RNA主要富集在代謝通路、PPAR等炎癥通路。3.隨機(jī)選取4個差異明顯的lncRNA(TINCR、NEAT1、H19、MALAT1)進(jìn)行qRT-PCR驗證,其結(jié)果與高通量測序得出的結(jié)果具有一致性,故可進(jìn)一步證明高通量測序結(jié)果可信有效。結(jié)論:該研究通過高通量測序系統(tǒng)的篩選鑒定了與銀屑病發(fā)病機(jī)制相關(guān)差異表達(dá)的lnc RNA和m RNA,通過構(gòu)建lnc RNA-m RNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,篩選出了與銀屑病相關(guān)的潛在具有調(diào)控功能的lnc RNA,有效的提供了銀屑病發(fā)病機(jī)制中的新的研究切入點。
【學(xué)位授予單位】：石河子大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R758.63
【圖文】：

差異表達(dá)lncRNA和mRNA篩選火山圖

lncRNA類型統(tǒng)計圖

差異表達(dá)lncRNA和mRNA聚類圖

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前5條

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本文編號：2747408