目的:探討膀胱癌的發(fā)病機(jī)制,找到與膀胱癌預(yù)后和分期相關(guān)的關(guān)鍵基因。方法:從GEO數(shù)據(jù)集下載基因芯片GSE31684,再由Brb-Arraytools進(jìn)行處理,過濾得到13222個表達(dá)基因,將這些基因和臨床的癥狀用“WGCNA”R包進(jìn)行分析,找到與膀胱腫瘤分期相關(guān)性最強(qiáng)的模塊,構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),并用分子復(fù)合物檢測技術(shù)(MCODE)對關(guān)鍵基因進(jìn)行了檢測,最后用TCGA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗證。結(jié)果:通過分析,獲得10個基因表達(dá)模塊,在Pearson的相關(guān)性檢驗中,藍(lán)色模塊與腫瘤分期(cor=0.49),分級(cor=0.29))和盆腔淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)(cor=0.25)),將該模塊選出作進(jìn)一步研究。鑒定出16個關(guān)鍵基因:CDH11、COL3A1、COL6A3、COL5A1、AEBP1、COL1A2、NTM、COL11A1、THBS2、COL8A1、COL1A1、BGN、MMP2、PXDN、THY1和TGFB1I1。這些基因與細(xì)胞外膠原纖維組織形成和血管發(fā)育等過程有關(guān),經(jīng)TCGA數(shù)據(jù)庫驗證,THY1、AEBP1、CDH11、COL1A1、COL1A2、C0L11A1、MMP2、PXDN、BGN、COL5A...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
1. 前言
2. 材料和方法
    2.1 數(shù)據(jù)下載和加工處理
    2.2 WGCNA分析
    2.3 關(guān)鍵模塊的選擇和基因功能注釋
    2.4 關(guān)鍵基因預(yù)測和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    2.5 TCGA數(shù)據(jù)下載和生存分析
    2.6 使用Cmap數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)潛在的藥物
3. 結(jié)果
    3.1 WCGNA分析和模塊顯著性計算
    3.2 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和關(guān)鍵基因的鑒定
    3.3 關(guān)鍵基因生存分析
    3.4 關(guān)鍵基因在TCGA數(shù)據(jù)庫中不同膀胱腫瘤分期的表達(dá)
    3.5 人類蛋白質(zhì)圖譜(Human Protein Atlas)與關(guān)鍵基因的蛋白表達(dá)水平分布
    3.6 通過Connectivity map發(fā)現(xiàn)潛在的藥物
4 討論
5. 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
碩士期間所做實驗內(nèi)容部分 經(jīng)睪丸輸出小管注射慢病毒對Wistar大鼠生殖系統(tǒng)的影響
    參考文獻(xiàn)
附錄1: 致謝
附錄2. Sepresa網(wǎng)站使用方法
附錄3: 碩士期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
學(xué)位論文評開及答辯情況表



本文編號：3768662