發(fā)布時(shí)間：2020-12-26 15:05

　　研究背景:隨著二代測序技術(shù)的興起及各項(xiàng)基因組計(jì)劃的制定與完成,基因組數(shù)據(jù)呈現(xiàn)迅速增長的趨勢。生物信息挖掘?qū)⒔y(tǒng)計(jì)學(xué)與基因組學(xué)及臨床信息聯(lián)系起來,從海量的信息中篩選出最有意義的基因及通路,從而成為學(xué)者們的一大利器。而前列腺癌作為男性排名第二位的惡性腫瘤,極大的危害著男性患者的健康。除了手術(shù)外,內(nèi)分泌治療及化療也是前列腺癌治療的重要手段。但是在臨床工作中,我們發(fā)現(xiàn)有部分患者的內(nèi)分泌治療效果不佳,疾病進(jìn)展較快,對于這類患者,及時(shí)的鑒別診斷至關(guān)重要。但是就目前的檢驗(yàn)方法而言,仍無法對這類患者進(jìn)行辨別。所以我們使用生物信息挖掘技術(shù)來分析基因組數(shù)據(jù),探索有效的生物標(biāo)記物來辨別這類上述患者,并對其深入挖掘,包括其下游通路及靶基因,調(diào)控差異基因的miRNA等,為基礎(chǔ)研究提供一條切實(shí)可行的研究方向。研究方法:我們從TCGA數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)下載所有前列腺癌患者的臨床信息及RNA測序數(shù)據(jù)。然后使用Perl語言和R 3.4.3語言對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理找出差異基因(Fold change>2且P<0.05)。最后運(yùn)用cBioPortal(http://w... 

【文章來源】：南方醫(yī)科大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異基因火山圖

HOXDS基因的生存分析曲線

?頌士學(xué)位論文???４．５差異基因的基本信息??為了了解ＳＣＵＢＥ３和Ｈ０ＸＤ８這兩個(gè)基因在各個(gè)組織中的基本信息，我們??在ＵＣＳＣ?（ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／）對其進(jìn)行檢索，得知ＳＣＵＢＥ３位于６號染色體，??長３６４２０個(gè)堿基對，其編碼產(chǎn)物是一種轉(zhuǎn)錄因子，通過作用于ＴＧＦＢ通路來發(fā)??揮作用。而ＨＯＸＤ８位于２號染色體，長２９５６個(gè)堿基對，其編碼的產(chǎn)物也是一??種轉(zhuǎn)錄因子，調(diào)控細(xì)胞的生長、發(fā)育。另外，我們還得知這２個(gè)基因在各個(gè)組織??中的表達(dá)情況，如圖４－５和４－６：??ＳＣＵＢＥ３?Ｇｅｎｅ?Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｆｒｏｍ?ＧＴＥｘ?（Ｒｅｌｅａｓｅ?Ｖ６?）??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]HOX基因的受體信號改變在腫瘤中作用的研究進(jìn)展[J]. 劉夢玲,查運(yùn)紅.  廣東醫(yī)學(xué). 2014(21)
[2]HOX基因在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的作用[J]. 牛苗苗,戰(zhàn)軍,張宏權(quán).  解剖學(xué)報(bào). 2014(03)
[3]Immunocytochemical detection of HoxD9 and Pbx1 homeodomain protein expression in Chinese esophageal squamous cell carcinomas[J]. De-Bin Liu, Zhen-Dong Gu, Hong Liu, Department of Thoracic Surgery, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital, Beijing Institute for Cancer Research, Beijing 100036, China Xiao-Zhe Cao, Department of Pathology, Lanzhou General Hospital of PLA, Lanzhou 730030, Gansu Province, China Ji-You Li, Department of Pathology, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital, Beijing Institute for Cancer Research, Beijing 100036, China.  World Journal of Gastroenterology. 2005(10)



本文編號：2939932