本文關(guān)鍵詞： 前列腺癌 基因芯片 差異基因 生物信息學(xué)　出處：《中國(guó)癌癥雜志》2017年03期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：背景與目的:基因芯片技術(shù)是利用雜交測(cè)序方法,可大規(guī)模高通量地檢測(cè)不同組織、細(xì)胞中的基因表達(dá)水平的技術(shù)。該研究采用基因芯片技術(shù)篩選前列腺癌及前列腺炎癥穿刺組織中差異表達(dá)的基因并對(duì)其進(jìn)行生物學(xué)信息分析。方法:采用美國(guó)Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表達(dá)譜芯片,按一步法分別抽提惡性程度較高的前列腺癌及前列腺炎癥組織的總RNA,并分離純化這兩種組織的m RNA。經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄合成摻入生物素標(biāo)記的c DNA合成探針,與芯片雜交和嚴(yán)格洗片后,用熒光掃描儀掃描芯片熒光信號(hào)圖像。用生物信息學(xué)方法分析前列腺癌及前列腺炎癥組織中差異表達(dá)基因。結(jié)果:按照表達(dá)差異倍數(shù)大于等于2,P0.05的篩選條件,篩選出差異基因1 819條,其中上調(diào)表達(dá)基因1 025條和下調(diào)表達(dá)基因794條。采用GO富集分析發(fā)現(xiàn)這些差異基因主要涉及細(xì)胞周期、分子代謝等分子功能以及生物學(xué)過(guò)程;KEGG信號(hào)通路分析發(fā)現(xiàn),這些差異基因主要涉及嘌呤核苷酸代謝等代謝通路。STING在線工具分析對(duì)差異基因編碼的蛋白質(zhì)間的相互作用進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這些基因編碼的蛋白間的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20個(gè)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)基因。最后對(duì)重要節(jié)點(diǎn)基因進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘,發(fā)現(xiàn)CEP55和ANLN基因可能與前列腺癌的發(fā)生和轉(zhuǎn)移有關(guān)。結(jié)論:在前列腺癌的發(fā)生、發(fā)展中,促使細(xì)胞進(jìn)入增殖周期的相關(guān)基因的活化、代謝相關(guān)酶類基因活性的異常、細(xì)胞黏附功能相關(guān)基因的抑制以及細(xì)胞移行相關(guān)基因的激活等因素發(fā)揮了重要的作用。系統(tǒng)的分析這些基因發(fā)現(xiàn),CEP55和ANLN基因與前列腺癌的發(fā)生和預(yù)后關(guān)系密切,為下一步研究實(shí)驗(yàn)提供有價(jià)值的線索。進(jìn)一步研究相關(guān)差異基因?qū)⒂型l(fā)現(xiàn)新的早期診斷指標(biāo),為建立個(gè)體化治療方案和預(yù)后評(píng)估系統(tǒng)提供幫助。
[Abstract]:Background & objective: gene chip technology is a large scale high-throughput detection of different tissues by hybridization and sequencing. Techniques for gene expression levels in cells. Gene microarray techniques were used to screen differentially expressed genes in prostate cancer and prostatic inflammatory puncture tissues and to analyze their biological information. Affymetrix Human U133 plus 2.0 gene expression microarray was used. Total RNA was extracted from prostate cancer and prostatic inflammatory tissues with high malignancy by one step method. The mRNAs of the two tissues were isolated and purified. The biotin labeled c DNA synthesis probe was synthesized by reverse transcription and then hybridized with the microarray and washed strictly. Fluorescence scanner was used to scan the microarray fluorescence signal image and bioinformatics method was used to analyze the differentially expressed genes in prostate cancer and prostatic inflammation. The screening conditions of P0.05, screening out the difference gene 1,819. Among them, 1025 up-regulated genes and 794 down-regulated genes were found to be involved in cell cycle, molecular metabolism and biological processes by go enrichment analysis. KEGG signaling pathway analysis showed that these differentially expressed genes were mainly involved in metabolic pathways such as purine nucleotide metabolism. The results showed that the interaction between the proteins encoded by these genes was mainly concentrated in TPX2ANLNNN Nu SAP1 MELKN DLGAP5KIF11. There are 20 key node genes such as TOP2A and RRM2. Finally, the important node genes are mined. It is found that CEP55 and ANLN genes may be related to the occurrence and metastasis of prostate cancer. Conclusion: during the occurrence and development of prostate cancer, the activation of genes related to the cell into the proliferative cycle. The abnormal activity of metabolism-related enzymes, the inhibition of genes associated with cell adhesion and the activation of genes associated with cell migration play an important role. CEP55 and ANLN genes are closely related to the occurrence and prognosis of prostate cancer, which provides valuable clues for further research. To provide assistance for the establishment of individualized treatment regimen and prognosis evaluation system.
【作者單位】： 復(fù)旦大學(xué)附屬公共衛(wèi)生臨床中心醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)科;上海交通大學(xué)附屬第六人民醫(yī)院南院泌尿外科;復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院泌尿外科;復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院病理科;復(fù)旦大學(xué)附屬公共衛(wèi)生臨床中心感染控制科;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目(81372318) 上海市2014年度“科技創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃”實(shí)驗(yàn)動(dòng)物研究領(lǐng)域科技支撐項(xiàng)目重點(diǎn)項(xiàng)目(14140901400) 上海市自然科學(xué)基金項(xiàng)目(13ZR1435000)
【分類號(hào)】：R737.25
【正文快照】： 前列腺癌在許多歐美國(guó)家是男性最常見的關(guān)的差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選分析。本實(shí)驗(yàn)應(yīng)用惡性腫瘤之一,其死亡率僅次于肺癌,居男性基因芯片技術(shù)檢測(cè)了惡性程度較高的前列腺癌腫瘤的第二位[1]。雖然我國(guó)前列腺癌的發(fā)病率和前列腺炎癥穿刺組織中基因表達(dá)的不同,初較低,但隨著我國(guó)人口

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 吳義超,劉志紅,曾彩虹,蘇健,陳朝紅,黎磊石;糖尿病腎病患者腎小球基因表達(dá)譜及其與病情進(jìn)展的關(guān)系[J];腎臟病與透析腎移植雜志;2004年06期

2 李艷紅;張偉;朱少君;楊瑛;尹國(guó)武;;捕獲顯微切割及基因芯片技術(shù)對(duì)前列腺病變基因表達(dá)譜的分析[J];陜西醫(yī)學(xué)雜志;2006年06期

3 王豐;田毓華;陳霞芳;黃倩;;基因表達(dá)譜分析小鼠膀胱癌VEGF信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的作用[J];腫瘤;2007年11期

4 盧建中;吳恭瑾;楊寧強(qiáng);崔勇;宋峻巖;岳中瑾;;腎癌細(xì)胞株786-O中CD133~+細(xì)胞分選及基因表達(dá)譜研究[J];現(xiàn)代泌尿生殖腫瘤雜志;2012年05期

5 朱鐳;倪國(guó)新;張政希;程培;徐學(xué)敏;林標(biāo)揚(yáng);李偉;;NKX3.1基因沉默對(duì)LNCaP細(xì)胞基因表達(dá)譜的影響[J];山東醫(yī)藥;2009年01期

6 王秋菊;呂長(zhǎng)坤;陶佳;杜紅飛;范硯茹;宋學(xué)東;羅春麗;;肝細(xì)胞黏附分子對(duì)膀胱移行癌細(xì)胞基因表達(dá)譜的影響[J];中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào);2013年02期

7 孟金萍;王艷蓉;孫淑華;楊旭;劉云波;;體外鉛染毒對(duì)人膀胱細(xì)胞基因表達(dá)譜的影響[J];環(huán)境與健康雜志;2010年07期

8 張彤,徐勇,湯華,劉民,任大林,牛遠(yuǎn)杰;前列腺癌與良性前列腺增生差異表達(dá)基因的研究[J];中華男科學(xué)雜志;2004年12期

9 張守波;肖耀軍;廖賢平;;腎癌的基因表達(dá)譜及其臨床意義的研究進(jìn)展[J];醫(yī)學(xué)綜述;2012年14期

10 陳冠培;金玲麗;周亞青;施月春;李紅偉;張曉威;劉振華;趙永平;;利用高通量基因芯片建立與分析單側(cè)隱睪癥睪丸基因表達(dá)譜[J];中華男科學(xué)雜志;2013年02期

相關(guān)會(huì)議論文 前1條

1 趙永平;陳曦;林典梁;沈浣;;隱睪癥患者睪丸基因表達(dá)譜的建立及分析[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第六次全國(guó)生殖醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議專刊[C];2012年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前1條

1 解放軍總醫(yī)院全軍腎臟病研究所教授 吳鏑邋王繼榮 劉泉 整理;推進(jìn)腎病科研的四大利器[N];健康報(bào);2008年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 張舜欣;前列腺外腺癌與外腺增生組織的基因表達(dá)譜差異分析[D];中國(guó)人民解放軍軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院;2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 李濤;缺血后處理對(duì)腎缺血再灌注損傷保護(hù)作用的基因表達(dá)譜研究[D];青島大學(xué);2014年

，

本文編號(hào)：1473486