本文關(guān)鍵詞：2013～2015年浙江人感染H7N9禽流感病毒流行病學(xué)特征及基因組序列分析

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【摘要】：研究目的:分析2013～2015年浙江人感染H7N9禽流感疫情及基因組序列,探討該病毒的流行病學(xué)及遺傳變異特征。研究方法:對2013年1月至2015年12月浙江8家哨點醫(yī)院納入的符合急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,ARI)定義的病例進(jìn)行流行病學(xué)和臨床信息調(diào)查,采集呼吸道標(biāo)本進(jìn)行流感病毒核酸檢測。按檢測結(jié)果將病例分為人感染H7N9陽性組和流感陰性組,分析兩組病例流行病學(xué)和臨床特征。應(yīng)用RT-PCR的方法擴(kuò)增15個代表株,測序并拼接出基因組序列,從GenBank或GISAID數(shù)據(jù)庫中下載中國各地區(qū)H 7N9流感病毒的代表序列,采用Me g a6.0軟件對其進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建和氨基酸比對分析。同時應(yīng)用DNAStar軟件中的Protean模塊預(yù)測HA、NA蛋白的B淋巴細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位。并利用Phymol軟件對病毒HA和NA編碼的氨基酸序列變異情況進(jìn)行蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)模擬。研究結(jié)果:1.2013～2015年浙江8家哨點醫(yī)院共納入7602例嚴(yán)重急性呼吸道感染,其中實驗室確診人感染H7N9禽流感病例106例(占1.4%),2013年4月及2014年1～2月分別為2個發(fā)病高峰,其余月份多散發(fā)為主。病例年齡中位數(shù)M為59(QR:50～67)歲,男性占66%,死亡30例,其中男性20例,女性10例。慢性基礎(chǔ)性疾病(包括慢性心臟、腎臟、肝臟、神經(jīng)系統(tǒng)疾病)在H7N9陽性病例的比例高于流感陰性病例,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05)。2.H7N9陽性病例較流感陰性病例更易出現(xiàn)黃痰、咯血、中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀、X線/CT表現(xiàn)異常和肺部聽診異常,而實驗室檢查中較陰性組更易出現(xiàn)白細(xì)胞總數(shù),淋巴細(xì)胞及血小板的下降,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05)。3.2013～2015年浙江人H7N9流感病毒與同時期國內(nèi)的參考毒株(包括禽源性參考株)具有高度同源性,HA和NA氨基酸系統(tǒng)進(jìn)化樹大致可分成3個組,同一年份分離的病毒株同源關(guān)系較近,而不同年份的病毒株的基因序列存在一定的差異,表明該病毒在不斷的變異中。氨基酸變異情況顯示15株代表株的HA蛋白均發(fā)生了226位(Q226L/I)和186位(G186V)受體結(jié)合位點的突變,且2015年分離株出現(xiàn)A134V突變;有2株在NA蛋白出現(xiàn)了 R294K耐藥位點的變異;9株在PB2蛋白發(fā)生了 E627K突變,1株發(fā)生D701N突變;M2蛋白均發(fā)生了 S31N突變;PB1蛋白均發(fā)生了 I368V。HA的裂解位點均為PEIPKGR↓GLF,仍為低致病性毒株,同時未發(fā)現(xiàn)HA和NA蛋白糖基化位點的變異。4.應(yīng)用DNAStar軟件中的Protean模塊預(yù)測HA蛋白的B淋巴細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位區(qū)段為:172-183,214-220,313-322,374-381,393-399,466-473,492-505。NA蛋白的B細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位區(qū)段為:46-52,206-210,220-225,323-328,332-345,366-373,380-387。研究結(jié)論:1.冬春季是浙江地區(qū)H7N9禽流感疫情的高發(fā)期,老人尤其是慢性基礎(chǔ)疾病患者是H7N9禽流感病毒感染的高危人群。2.H7N9患者易出現(xiàn)重癥及白細(xì)胞總數(shù),淋巴細(xì)胞及血小板的下降。3.浙江地區(qū)人感染H7N9禽流感病毒與同時期國內(nèi)的參考毒株具有高度同源性,病毒氨基酸隨著時間推移存在一定的差異,表明該病毒在不斷的變異中。4.本實驗應(yīng)用DNAStar軟件初步預(yù)測了人感染H7N9禽流感病毒的抗原表位,在接下來的研究工作中,我們將聯(lián)合多種生物信息學(xué)工具進(jìn)一步分析,并驗證預(yù)測表位的抗原性及特異性等。
【關(guān)鍵詞】：H7N9禽流感病毒 流行病學(xué)特征 基因組 序列分析 進(jìn)化樹
【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R511.7;R181.3
【目錄】：

• 致謝4-5
• 中文摘要5-8
• 英文摘要8-11
• 中英文縮寫11-14
• 1 引言14-17
• 2 材料與方法17-26
• 2.1 實驗材料17-19
• 2.2 實驗方法與步驟19-26
• 3 結(jié)果26-49
• 3.1 流行病學(xué)分析26-30
• 3.2 測序結(jié)果及進(jìn)化樹構(gòu)建30-38
• 3.3 病毒蛋白關(guān)鍵位點變異分析38-46
• 3.4 病毒疫苗表位預(yù)測46-47
• 3.5 同源建模47-49
• 4 討論49-54
• 5 結(jié)論54-55
• 參考文獻(xiàn)55-62
• 綜述62-80
• 參考文獻(xiàn)71-80
• 作者簡歷及在學(xué)期間所取得的科研成果80

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 謝健屏;禽流感病毒[J];中國臨床醫(yī)生;2000年04期

2 郭志儒;香港再次發(fā)生禽流感病毒感染人[J];中國獸醫(yī)學(xué)報;2003年02期

3 周鴻飛;禽流感病毒真面目[J];光明中醫(yī);2004年01期

4 ;禽流感對我們威脅有多大[J];肉品衛(wèi)生;2004年01期

5 ;禽流感究竟是什么?[J];天津中醫(yī)藥;2004年01期

6 周祖華;加強(qiáng)禽流感的監(jiān)測與防制[J];中國人獸共患病雜志;2004年02期

7 方松,張寶萍;禽流感的流行病學(xué)分析[J];中國國境衛(wèi)生檢疫雜志;2004年01期

8 本刊編輯部;禽流感病毒[J];廣西預(yù)防醫(yī)學(xué);2004年01期

9 劉云凱,呂智軍,關(guān)淳,張瑋,陳衛(wèi)軍,姚玉明;禽流感流行現(xiàn)狀與防治措施[J];口岸衛(wèi)生控制;2004年01期

10 ;哪些動物可能感染禽流感?[J];中國社區(qū)醫(yī)師;2004年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫曉林;;禽流感和公共衛(wèi)生[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會獸醫(yī)病理學(xué)分第12次暨中國動物病理生理學(xué)專業(yè)委員會第11次學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2003年

2 何義林;葉冬青;;禽流感病毒對人類感染機(jī)制的研究進(jìn)展[A];第二屆全國人畜共患病學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2008年

3 春陽;李東;;再論“以科學(xué)發(fā)展觀應(yīng)對禽流感事件”——評禽流感病毒變種兩次恐慌論[A];首屆中國黃羽肉雞行業(yè)發(fā)展大會會刊[C];2008年

4 鄧潔麗;段明星;俞初一;江龍;;聚聯(lián)乙炔有序組裝體在識別禽流感病毒方面的應(yīng)用研究[A];中國化學(xué)會第十二屆膠體與界面化學(xué)會議論文摘要集[C];2009年

5 孫恩澤;謝敏;趙海粟;黃碧海;劉書琳;張萬坡;張志凌;王漢中;龐代文;;量子點標(biāo)記禽流感病毒[A];第六屆全國化學(xué)生物學(xué)學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2009年

6 黃志堅;陳強(qiáng);李清祿;王壽昆;江和基;;不同消毒劑對禽流感病毒的殺滅試驗[A];福建省科協(xié)第八屆學(xué)術(shù)年會分會場“轉(zhuǎn)變飼養(yǎng)方式，促進(jìn)海西畜牧業(yè)和諧發(fā)展”學(xué)術(shù)年會論文集[C];2008年

7 周祖華;張敏;程禮明;徐彬;沈彩信;;禽流感流行趨勢分析[A];全國人畜共患病學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2006年

8 王志宇;張議文;劉桂林;;禽流感病毒的分子生物學(xué)研究進(jìn)展[A];全國動物生理生化第十一次學(xué)術(shù)交流會論文摘要匯編[C];2010年

9 劉迎芳;饒子和;;禽流感病毒(H5N1)RNA聚合酶PA亞基相關(guān)三維晶體結(jié)構(gòu)與功能分析[A];第十一次中國生物物理學(xué)術(shù)大會暨第九屆全國會員代表大會摘要集[C];2009年

10 韋婷;胡杰;蘭彬;陸文俊;蘇凱;覃芳蕓;;廣西暴發(fā)中低毒力禽流感情況報告[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會禽病學(xué)會分會第十次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2000年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 農(nóng)業(yè)部動物疫病診斷與流行病學(xué)中心主任 崔尚金 博士;候鳥發(fā)生禽流感給我們的警示[N];中國畜牧獸醫(yī)報;2005年

2 莫書瑩;世衛(wèi)警告：禽流感或大流行全球經(jīng)濟(jì)應(yīng)警惕[N];第一財經(jīng)日報;2005年

3 本報記者 魏紅欣;禽流感“啄”痛全球經(jīng)濟(jì)[N];國際金融報;2005年

4 本報記者　許凱;狙擊禽流感：一場鳥與人的戰(zhàn)爭[N];國際金融報;2005年

5 新華社記者　楊愛國;防控禽流感需要加強(qiáng)國際合作[N];光明日報;2005年

6 李楊;禽流感疫情不會長期影響農(nóng)產(chǎn)品期價[N];金融時報;2005年

7 羅政、夏文輝;香港強(qiáng)化防止禽流感措施[N];人民日報海外版;2004年

8 本報記者　張向永　趙秀芹;禽流感讓全世界手牽手[N];市場報;2005年

9 ;禽流感病毒能否絕跡？[N];中國石油報;2004年

10 何源;嚴(yán)防禽流感從境外傳入我國[N];中國食品質(zhì)量報;2005年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 鄒鎮(zhèn);H5N1型禽流感病毒和甲型H1N1流感病毒致急性呼吸損傷的機(jī)理研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2012年

2 趙蔚;基于磁分離和熒光量子點標(biāo)記的高靈敏禽流感病毒檢測[D];武漢大學(xué);2012年

3 區(qū)嘉賢;H7N9禽流感患者的臨床特征及預(yù)后分析[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

4 劉三紅;禽流感的數(shù)學(xué)建模及數(shù)值模擬[D];華中師范大學(xué);2015年

5 樊兆斌;野鳥源禽流感病毒(AIV)分離株的遺傳進(jìn)化及其致病性研究[D];東北林業(yè)大學(xué);2014年

6 桑曉宇;H9N2亞型禽流感病毒在豚鼠模型中水平傳播的分子機(jī)制研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

7 楊文濤;靶向樹突狀細(xì)胞通用型禽流感病毒重組乳酸菌的研究[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

8 石霖;北方某省主要亞型禽流感現(xiàn)地調(diào)查分析及RT-LAMP檢測方法研究[D];東北農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

9 張曉劍;HA蛋白糖基化修飾對H5N1亞型禽流感病毒復(fù)制、致病性和抗原性的影響[D];揚(yáng)州大學(xué);2014年

10 朱聞斐;H7N9禽流感病毒致病與傳播機(jī)制研究[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2015年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 高曉龍;2014年度中國東部候鳥禽流感病毒分離與鑒定[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

2 徐曉龍;H5和H7亞型禽流感病毒熒光定量RT-PCR檢測方法的建立[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

3 韓苗苗;一類人畜共患的禽流感傳染病傳播模型[D];大連理工大學(xué);2015年

4 王秋珍;H9N2禽流感病毒NS1蛋白誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激促進(jìn)DF-1細(xì)胞凋亡[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

5 梁威;5株H9N2亞型AIV血凝素結(jié)構(gòu)分析及感染A549細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

6 劉媛媛;MDCK細(xì)胞表達(dá)雞ST3GAL I基因?qū)9亞型禽流感病毒增殖情況的影響[D];河南農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

7 孟芳;H9N2亞型禽流感HA基因演化及其內(nèi)部基因在H5N2亞型流感病毒演化中的作用[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

8 韓雯;山東地區(qū)H9N2禽流感流行病學(xué)調(diào)查及流行毒株分子生物學(xué)檢測[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

9 查國飛;昆蟲細(xì)胞表達(dá)重組H5亞型禽流感HA蛋白及其免疫原性研究[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

10 侯群;新疆青格達(dá)湖濕地鳥類中H5、H7亞型AIV和NDV流行病學(xué)監(jiān)測[D];石河子大學(xué);2015年

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