【摘要】： 目的評(píng)價(jià)間隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位點(diǎn)可變數(shù)量串聯(lián)重復(fù)序列分析(MLVA)兩種分型方法在甘肅省結(jié)核病分子流行病學(xué)中的應(yīng)用,初步探索甘肅省結(jié)核分枝桿菌的基因型及其分布,為防治結(jié)核病提供科學(xué)依據(jù)。方法利用MLVA和Spoligotyping基因分型方法,對(duì)確診的結(jié)核病患者分離的結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型研究。MLVA方法選擇了15個(gè)VNTR位點(diǎn),設(shè)計(jì)引物,采用PCR擴(kuò)增、瓊脂糖凝膠電泳檢測,并利用BioNumerics4.5軟件進(jìn)行DNA指紋圖譜多態(tài)性分析。Spoligotyping方法通過雜交技術(shù)對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行聚類分析。最后用Spss11.0統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)相關(guān)資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果采用Spoligotyping分型方法,215株結(jié)核分枝桿菌可分為3個(gè)基因群22種基因型,該地區(qū)主要流行株為北京家族基因型。也發(fā)現(xiàn)了在國內(nèi)較少報(bào)道的H、T、MANU家族基因型菌株。北京家族菌株構(gòu)成比在不同年齡組、性別、地區(qū)、發(fā)病情況、治療情況和治療史比較,除了蘭州市病人菌株北京家族構(gòu)成比明顯大于非蘭州市病人菌株外(p＜0.05),其他不同分組顯示北京家族構(gòu)成比差別沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。發(fā)現(xiàn)北京家族與非北京家族基因型菌株的耐藥率之間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。采用MLVA分型方法,根據(jù)被檢菌株15個(gè)VNTR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù),對(duì)215株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株進(jìn)行聚類分析,215株結(jié)核分枝桿菌呈現(xiàn)7個(gè)基因群127種基因型,其中e群74.88%(161/215)為主要流行型(Spoligotyping鑒定為北京家族基因型)。不同人群結(jié)核分枝桿菌成簇率的差別,除了有抗結(jié)核治療史患者菌株成簇率高于無抗結(jié)核治療由患者外,性別、年齡、是否規(guī)則治療、耐藥性之間的成簇率差異都無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。對(duì)甘肅地區(qū)結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行MLVA分型的位點(diǎn)中,MIRU21、MIRU26位點(diǎn)等位基因多態(tài)性最好,ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40位點(diǎn)呈中等多態(tài)性。兩種新型的基因分型技術(shù)相比較,Spoligotyping分型方法把215株結(jié)核分枝桿菌分為22種基因型,而MLVA分型方法把215株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株分為127種基因型。對(duì)同一基因型的結(jié)核分枝桿菌分型的符合率為94.41%。結(jié)論初步結(jié)果證實(shí)甘肅省結(jié)核病患者結(jié)核分枝桿菌分離株基因型具有多態(tài)性。北京基因型結(jié)核分枝桿菌為該地區(qū)主要流行株、也發(fā)現(xiàn)了中國較為少見的基因型菌株H、T、MANU等基因型。目前的結(jié)果尚不能證明北京家族基因型結(jié)核分枝桿菌與耐藥性之間存在相關(guān)性。MIRU21、MIRU26、ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40等位點(diǎn)是分析甘肅省結(jié)核分枝桿菌基因型的首選位點(diǎn)。Spoligotyping在對(duì)結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行株水平鑒定時(shí),其辨別能力略低于MAVA,它可以用于有效的鑒定北京家族菌株,有較為完善的國際數(shù)據(jù)庫,可以進(jìn)行地區(qū)間的對(duì)比分析。MLVA省時(shí)、省力、準(zhǔn)確、易于比較或共享的基因分型對(duì)含有IS6110拷貝數(shù)小于6的菌株有較好的鑒別能力。兩種新型的基因分型技術(shù)相比較,MLVA分型方法比Spoligotyping分型方法的分辨力較好,但是兩種方法相互補(bǔ)充可大大提高對(duì)結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行株水平基因分型的能力。兩種分型技術(shù)重復(fù)性好,靈敏度、特異度高,操作簡便快速,尤其是兩種分型方法不需要大量高質(zhì)量的DNA,并且試驗(yàn)結(jié)果可以進(jìn)行數(shù)字化編碼,便于各個(gè)實(shí)驗(yàn)室之間結(jié)果的比較,為探討疾病的感染源、病原流行株的分子進(jìn)化、建立全球化數(shù)據(jù)庫開辟了新的途徑。
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2008
【分類號(hào)】：R181.3
【圖文】：

3.結(jié)核分枝桿菌菌株Ml為A指紋圖譜本試驗(yàn)共選取15個(gè)VNTR基因位點(diǎn)對(duì)甘肅215株結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型，結(jié)果顯示不同菌株不同位點(diǎn)的DNA圖譜呈現(xiàn)多態(tài)性，圖1為標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv和GS07044號(hào)菌株在巧個(gè)vNTR基因位點(diǎn)的多態(tài)性;圖2一16為部分菌株在10個(gè)VNTR基因位點(diǎn)的檢測結(jié)果。班 12345m678910M1112131415孤 1000七P，Dob刀300b刀 700bP‘ 0obpSO0bP400七p300bp200bp 100bD10臼幻bp9〔obp8〔obD7〔obP6〔obD5臼幻b刃4(obD3〔obP2.幻b刃1.幻bp圖1同一菌株在15個(gè)不同VNTR位點(diǎn)中多態(tài)性檢測FIGI.玫 nthPolymorPhismatdifferentloeiinthesameiselatesofM.tuberculosis AH37Rv， BGS07044ETR一 C;4ETR一D;5METR 100bPDNAMarker;1ETR一A:2一 E;6MIRUIO;7MIRU16;8ETR一B;3MIRU23;9

點(diǎn)對(duì)甘肅215株結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型，結(jié)果顯示不同菌株不同位點(diǎn)的DNA圖譜呈現(xiàn)多態(tài)性，圖1為標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv和GS07044號(hào)菌株在巧個(gè)vNTR基因位點(diǎn)的多態(tài)性;圖2一16為部分菌株在10個(gè)VNTR基因位點(diǎn)的檢測結(jié)果。班 12345m678910M1112131415孤 1000七P，Dob刀300b刀 700bP‘ 0obpSO0bP400七p300bp200bp 100bD10臼幻bp9〔obp8〔obD7〔obP6〔obD5臼幻b刃4(obD3〔obP2.幻b刃1.幻bp圖1同一菌株在15個(gè)不同VNTR位點(diǎn)中多態(tài)性檢測FIGI.玫 nthPolymorPhismatdifferentloeiinthesameiselatesofM.tuberculosis AH37Rv， BGS07044ETR一 C;4ETR一D;5METR 100bPDNAMarker;1ETR一A:2一 E;6MIRUIO;7MIRU16;8ETR一B;3MIRU23;9

300bp了00bp500bp500b刀400bp300bp200bp100bp圖2不同菌株在位點(diǎn)多態(tài)性檢測結(jié)果thPolymorphismatETR一AloeusinmultiPleiselatesof從Marker;HH37Rv;GS07048;GSO7049;GS07050:GS07051;GS07053;GS07054;GS07055:GS07056MH12345MH678910M

【引證文獻(xiàn)】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 王春雨;結(jié)核桿菌Taqman PCR檢測方法建立及吉林省鹿結(jié)核桿菌MLVA分型研究[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

本文編號(hào)：2779242