本文關鍵詞：核酸測序法檢測HCV基因型及分子流行病學研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的： 丙型肝炎病毒(HCV)感染所致丙型肝炎為全球傳染性疾病,是導致慢性肝病、肝硬化和肝細胞癌的主要原因之一。HCV基因型在HCV感染、傳播、預后及抗病毒治療效果等方面有重要意義,同時能夠給流行病學研究提供重要依據。HCV基因組具有高度的變異性,根據基因組核苷酸序列的差異,HCV被分為6種基因型。近年來,雖然國內關于HCV基因型分布的報道逐漸增多,但存在地域性差異及選用分型方法不同等問題。因此,為了更好的了解中國HCV的分子流行病學特征,我們使用核酸測序法對國內11個省份的307例HCV標本進行基因型檢測,通過分析本研究結果,深入地探討我國HCV基因型及亞型的地域分布以及分子流行病學特征,為中國的HCV感染的相關研究提供有價值的資料。 方法： 收集307份來自我國不同地區(qū)的HCV感染者血清標本,使用HCV核酸定量檢測試劑提取HCV RNA,實時PCR定量檢測HCV RNA載量；同時使用RNA提取試劑提取HCV RNA,反轉錄PCR法擴增HCV Core/E1區(qū)基因片段,對擴增產物進行測序,然后使用NCBI基因分型工具確定基因亞型,分析我國基因型與基因亞型的地域分布特征,以及基因型與宿主性別、年齡和病毒載量的關系。 結果： 1.在307例HCV標本中,共檢測出6個基因亞型,1b型占50.8%(156/307),2a型占19.9%(61/307),3a型占10.7%(33/307),3b和6a型各占8.1%(25/307)；1a型占2.3%(7/307),3a、3b、6a和1a型合計占29.3%(90/307)。 2.296例可測得載量的HCV標本,80.7%(239/296)的標本屬于高HCV RNA載量組(106IU/mL)。在高、中、低載量組中,1b型均有較高檢出率,但中載量組(500-106IU/mL)中以2a型檢出為主,占58.5%(24/41)。 3.HCV基因型與地域分布、性別、年齡 (1)地域分布：HCV基因亞型分布表現出地域性差異,各省份HCV基因型檢出率有所差別。南方以1b型為主,占50.0%(97/194),其次為3a型,占16.0%(31/194)；北方以1b型為主要基因型,占52%(59/113),其次為2a型,占42.5%(48/113)；南北方之間,HCV基因型分布存在差異(p0.01) (2)性別分布：性別資料明確的286例標本,男女基因型分布總體上無顯著差異(x2=7.102,p0.05),6a型在男女間分布存在顯著差異(χ2=8.741,p0.01),男女間其他基因型分布沒有差異(p0.01) (3)年齡分布：年齡資料明確的274例HCV標本,基因型在各年齡分布存在顯著差異(x2=62.322,p0.05)。1b、2a型在各年齡組檢出率均較高,主要分布在≥31歲以上患者中；21-30歲和31-40歲年齡組中,基因型分布趨于均衡,1b和2a兩型分別占44%和50%,非1b、2a型感染總和≥50%。 結論： 本研究結果表明,在我國,HCV感染分布主要以基因1b型為主,其次為2a型。南方以1b、3a型為主,北方則以1b、2a型為主,基因型的地域性分布特征較為明顯。非1b、2a型的檢出率之和明顯升高,提示我國HCV基因型感染的地域性分布特征有所變化。HCV基因亞型分布與性別、年齡和病毒載量間也存在一定的關系。本研究獲得國內具有代表性的HCV感染分子流行病學資料,同時提示推廣HCV基因分型檢測十分必要。
【關鍵詞】：丙型肝炎病毒 基因分型 核酸測序 抗病毒治療 分子流行病學
【學位授予單位】：天津醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2012
【分類號】：R181.3
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• Abstract6-10
• 縮略語/符號說明10-11
• 前言11-17
• 研究現狀、成果11-16
• 研究目的、方法16-17
• 一、分析HCV Core/El區(qū)基因序列確定HCV基因型并檢測HCV RNA病毒載量17-29
• 1.1 對象和方法17-19
• 1.1.1 標本來源17
• 1.1.2 實驗試劑17-18
• 1.1.3 實驗儀器和設備18-19
• 1.2 HCV RNA定量檢測19-20
• 1.2.1 HCV RNA的提取19
• 1.2.2 HCV RNA擴增及定量前準備19-20
• 1.2.3 RT-PCR熒光定量20
• 1.2.4 結果判讀20
• 1.3 HCV基因分型檢測20-23
• 1.3.1 HCV RNA提取20-21
• 1.3.2 HCV Core/E1區(qū)擴增21-22
• 1.3.3 擴增結果驗證22-23
• 1.4 核酸測序23
• 1.5 統(tǒng)計學處理23
• 1.6 結果23-26
• 1.6.1 HCV核心(C)區(qū)的PCR產物電泳結果鑒定23-24
• 1.6.2 PCR產物測序結果24-25
• 1.6.3 HCV基因型與病毒載量的關系25-26
• 1.7 討論26-29
• 二、中國HCV基因分型的流行病學分析29-38
• 2.1 對象和方法29-31
• 2.1.1 標本來源29
• 2.1.2 實驗試劑29-30
• 2.1.3 實驗儀器和設備30-31
• 2.2 HCV基因分型檢測方法31
• 2.3 數據統(tǒng)計分析31
• 2.4 結果31-35
• 2.4.1 HCV基因型地域分布特征31-32
• 2.4.2 HCV基因型與感染宿主性別的關系32-34
• 2.4.3 HCV基因型與感染宿主年齡的關系34-35
• 2.5 討論35-38
• 結論38-39
• 參考文獻39-46
• 發(fā)表論文和參加科研情況說明46-47
• 綜述47-58
• 參考文獻53-58
• 致謝58

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