中國鼠疫耶爾森菌多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析
本文關(guān)鍵詞:云南省鼠疫菌多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分型及流行病學(xué)意義,,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
《中國疾病預(yù)防控制中心》 2008年
中國鼠疫耶爾森菌多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析
張曉媛
【摘要】: 在真核和原核生物基因組中,廣泛存在著一些以一段相同或相似的核苷酸序列為重復(fù)單位(也稱為核心序列),首尾相連重復(fù)的序列,被稱為可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列(Variable-number tandem repeat,VNTR)。它們?cè)诓煌膫(gè)體之間由于重復(fù)數(shù)的不同,而造成生物的多態(tài)性。目前,串聯(lián)重復(fù)序列分析已經(jīng)廣泛地應(yīng)用于細(xì)菌的分子流行病學(xué)調(diào)查、菌株鑒別、基因分型等方面。 鼠疫耶爾森菌(以下簡稱為鼠疫菌)染色體基因組序列長度約為4.59~4.66Mb,編碼4037~4198個(gè)開放讀碼結(jié)構(gòu)(ORF),GC含量為47.6~50.0%。除此之外,鼠疫菌還含有6MD(pPCP1)、45MD(pCD1)和65MD(pMT1)3個(gè)質(zhì)粒,其中6MD和65MD質(zhì)粒為鼠疫菌所特有,編碼相關(guān)的致病基因和毒力決定因子。鼠疫菌基因組序列分析顯示,在鼠疫菌基因組中存在著較大量的串聯(lián)重復(fù)序列,而同一位點(diǎn)的串聯(lián)重復(fù)序列在不同的鼠疫菌株間存在著多樣性。根據(jù)鼠疫菌的這一特點(diǎn),試驗(yàn)選取了16個(gè)VNTR位點(diǎn)對(duì)我國各類鼠疫自然疫源地及生態(tài)型的213株鼠疫菌和1株EV菌進(jìn)行了串聯(lián)重復(fù)序列分析。通過PCR、瓊脂糖凝膠電泳、分子量計(jì)算、測(cè)序和序列比對(duì)獲得重復(fù)數(shù),最后利用BioNumerics軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 通過序列比對(duì),發(fā)現(xiàn)在16個(gè)VNTR位點(diǎn)中,.有的位點(diǎn)的核心序列發(fā)生了突變,且突變具有一定的規(guī)律性,即突變位置固定,只發(fā)生置換或顛換而沒有插入和缺失的發(fā)生。另外,我國鼠疫菌的重復(fù)數(shù)存在不連續(xù)的情況,并且有的位點(diǎn)某一種重復(fù)數(shù)的菌株只有1個(gè)(所有位點(diǎn)均沒有出現(xiàn)重復(fù)數(shù)為15的情況)。 通過對(duì)所得16個(gè)VNTR位點(diǎn)多態(tài)性指數(shù)進(jìn)行比較分析,將VNTR位點(diǎn)進(jìn)行了優(yōu)化組合,確定了可用于鼠疫分子流行病學(xué)溯源調(diào)查的10個(gè)位點(diǎn);10個(gè)VNTR位點(diǎn)的MLVA結(jié)果顯示,214株鼠疫菌被分為14個(gè)群,74個(gè)MLVA型,說明我國鼠疫菌在遺傳進(jìn)化過程中的多樣性和相對(duì)穩(wěn)定性。比較我國鼠疫菌的生態(tài)型和MLVA型,結(jié)果顯示二者吻合較好,基本上建立了鼠疫菌生態(tài)型和MLVA型的有機(jī)聯(lián)系,MLVA型進(jìn)一步豐富和補(bǔ)充了鼠疫菌的生態(tài)型。同時(shí),最小生成樹提示了我國不同鼠疫自然疫源地的進(jìn)化關(guān)系。 首次將MLVA結(jié)合現(xiàn)場(chǎng)流行病學(xué)調(diào)查對(duì)云南玉龍的突發(fā)鼠疫疫情進(jìn)行了溯源分析,結(jié)果顯示云南玉龍菌株16個(gè)VNTR位點(diǎn)的重復(fù)數(shù)完全相同,為同一MLVA型,提示它們來源于同一流行過程。聚類結(jié)果顯示云南玉龍菌株與青藏高原型菌株的親緣關(guān)系更為接近,為進(jìn)一步確定當(dāng)?shù)貪撛谑笠咭咴吹氐男再|(zhì)和感染來源提供了科學(xué)依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】:
【學(xué)位授予單位】:中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2008
【分類號(hào)】:Q933
【目錄】:
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6 裔傳燈;稻屬不同染色體組著絲粒BAC克隆的篩選及其在種間雜種研究中的應(yīng)用[D];揚(yáng)州大學(xué);2007年
7 阮曉紅;大菱鲆(Turbot)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選與應(yīng)用[D];中國海洋大學(xué);2009年
8 宋國立;棉屬8個(gè)基因組物種熒光原位雜交比較及其起源與演化研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2007年
9 胡大利;模擬人微衛(wèi)星DNA的寡核苷酸對(duì)人免疫細(xì)胞活化的抑制作用[D];吉林大學(xué);2008年
10 王旭波;半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)雌魚分子細(xì)胞遺傳學(xué)分析[D];中國海洋大學(xué);2008年
中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條
1 毛偉偉;頻譜分析識(shí)別串聯(lián)重復(fù)序列[D];燕山大學(xué);2010年
2 周建民;幾個(gè)串聯(lián)重復(fù)序列在秈粳亞種間的差異及與水稻秈粳分化關(guān)系的研究[D];揚(yáng)州大學(xué);2004年
3 陳仲中;耐輻射球菌中串聯(lián)重復(fù)序列以及非編碼RNA的生物信息學(xué)分析[D];浙江大學(xué);2006年
4 宋來鵬;三疣梭子蟹基因組串聯(lián)重復(fù)序列分析及微衛(wèi)星標(biāo)記的初步篩選[D];中國海洋大學(xué);2008年
5 張代臻;用線粒體分子標(biāo)記探討中國大陸絨螯蟹種群遺傳結(jié)構(gòu)[D];南京師范大學(xué);2006年
6 汪皓秋;杭州地區(qū)傷寒及甲型副傷寒沙門菌流行菌株分子特征的研究[D];浙江大學(xué);2013年
7 高露;利用中高度重復(fù)序列對(duì)栽培稻與幾個(gè)野生稻基因組的比較分析[D];中南民族大學(xué);2008年
8 張煒;利用小麥SSR研究其近緣物種的遺傳多樣性及其微衛(wèi)星序列的進(jìn)化[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年
9 孫佳瑩;軟件SSRMINING1.0的編制以及大豆(Glycine max)EST-SSR的開發(fā)研究[D];東北農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年
10 曾艷華;薏苡及其近緣種的分子細(xì)胞遺傳學(xué)研究[D];廣西師范大學(xué);2008年
本文關(guān)鍵詞:云南省鼠疫菌多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分型及流行病學(xué)意義,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
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