新疆維吾爾族乙型肝炎病毒基因型分布、準(zhǔn)種特性及其生物學(xué)意義研究
發(fā)布時(shí)間:2018-04-21 21:55
本文選題:維吾爾族 + 乙型肝炎病毒。 參考:《新疆醫(yī)科大學(xué)》2007年博士論文
【摘要】: 乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染是嚴(yán)重威脅人類健康的傳染性疾病,同時(shí)也是嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題之一。HBV感染可導(dǎo)致多種形式的急慢性肝病,目前已明確,HBV是引起慢性肝炎、肝硬化、原發(fā)性肝癌的重要病因之一。 HBV基因組具有異質(zhì)性特點(diǎn)是生存進(jìn)化的必然結(jié)果,是適應(yīng)生存環(huán)境的必然需求。HBV基因型和準(zhǔn)種是其異質(zhì)性的具體體現(xiàn)。 HBV基因型是HBV重要的生物學(xué)特性。到目前為止,根據(jù)HBV全基因組序列異質(zhì)性≥8%的原則,HBV可分為A、B、C、D、E、F、G、H8種基因型。研究提示,HBV在全球的分布具有顯著的地域分布特點(diǎn)和種族分布特異性。A型主要分布于歐洲、非洲、美國(guó)和亞洲國(guó)家;B型主要分布于中國(guó)大陸、中國(guó)香港、印度尼西亞和日本等亞洲國(guó)家和地區(qū);C型主要分布于東南亞國(guó)家、日本、韓國(guó)、孟加拉國(guó)和中國(guó)等遠(yuǎn)東亞洲國(guó)家;D型主要分布于中東地區(qū);E型僅見于西部非洲;F、G型主要分布于中美洲、南美洲地區(qū);H型是新發(fā)現(xiàn)基因型,主要在中美洲和南美洲,分布仍需進(jìn)一步調(diào)查。我國(guó)的研究顯示中國(guó)HBV主要以B、C型為主。 準(zhǔn)種是體內(nèi)HBV的存在形式;蜃儺愂俏锓N進(jìn)化中經(jīng)常發(fā)生的遺傳事件。對(duì)HBV而言,核酸的突變則造成體內(nèi)同時(shí)存有基因序列有微小差別的種群,種群的各個(gè)成員之間,其差別程度一般不會(huì)超過核苷酸總長(zhǎng)度的2%~5%(通常以4%界定),這種差別不足以構(gòu)成病原體不同的基因型或血清型,但又的確存在著基因序列的差別,這種現(xiàn)象就稱為準(zhǔn)種(quasispecies)。研究準(zhǔn)種具有重要的臨床意義,主要表現(xiàn)在:對(duì)抗HBV治療藥物的影響;機(jī)體的免疫壓力以及抗病毒藥物的選擇壓力在HBV準(zhǔn)種形成過程中的地位和作用;HBV準(zhǔn)種的形成與急性HBV感染的慢性化;慢性HBV感染的臨床轉(zhuǎn)歸等方面。 HBV基因型和準(zhǔn)種特性的研究將有助于對(duì)HBV的臨床轉(zhuǎn)歸、HBV抗病毒療效、HBV基因突變特點(diǎn)等問題的再認(rèn)識(shí)和研究的深入,對(duì)研究HBV的生物學(xué)特性具有重要意義。 我國(guó)為多民族國(guó)家,特別是新疆地處祖國(guó)西北,多民族聚居,各民族HBV感染者HBV的生物學(xué)特性(HBV基因型、準(zhǔn)種)有無(wú)差異,此種差異如何及與臨床的關(guān)系值得研究。 目的:本研究初步探討新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型分布特點(diǎn)及其與臨床的關(guān)系。通過研究可完善我國(guó)不同民族HBV基因型分布資料庫(kù),豐富HBV分子流行病學(xué)的內(nèi)容,可以更好地指導(dǎo)臨床上抗病毒藥物的選擇和使用。其次,更深入和全面地了解HBV的生物學(xué)特性,探討HBV-RT區(qū)準(zhǔn)種特性以及抗病毒治療(拉米夫定)對(duì)準(zhǔn)種的影響,深刻揭示準(zhǔn)種特性及其生物學(xué)意義,這具有重要的理論意義和實(shí)踐意義。課題主要進(jìn)行了三方面研究:1)新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型分布特點(diǎn)及其與臨床的關(guān)系;2)新疆維吾爾族慢性乙肝患者基因D型HBV株的全基因克隆化研究;3)新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV-RT區(qū)準(zhǔn)種特性及其生物學(xué)意義研究。 方法:1)選擇127例維吾爾族慢性乙肝患者為主要研究對(duì)象,診斷符合我國(guó)2005年“病毒性肝炎防治方案”標(biāo)準(zhǔn)。共采集127份血清,-20℃凍存?zhèn)溆。采用基因型特異性引物巢式PCR法進(jìn)行基因分型,并對(duì)部分標(biāo)本測(cè)序驗(yàn)證。采用生物信息學(xué)軟件進(jìn)行分析。統(tǒng)計(jì)學(xué)處理應(yīng)用SPSS12.0版本統(tǒng)計(jì)分析軟件進(jìn)行率的比較(x~2檢驗(yàn));2)應(yīng)用分子克隆技術(shù)和生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)1例維吾爾族HBV基因D型病毒株進(jìn)行全基因克隆化研究;3)選擇5例維吾爾族慢性HBV感染者為主要研究對(duì)象,選擇HBV RT區(qū)為研究靶區(qū)。其中慢性乙肝患者4例,另1例為肝炎肝硬化(代償期)患者;2例為接受拉米夫定治療停藥后復(fù)發(fā)的病例,3例為未接受抗病毒治療的患者;基因D型3例,基因B型2例。均來自新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院感染科。診斷符合我國(guó)2005年“病毒性肝炎防治方案”標(biāo)準(zhǔn)。采集血清,-20℃凍存。采用克隆-測(cè)序和構(gòu)象敏感凝膠電泳(CSGE)方法進(jìn)行準(zhǔn)種研究。并進(jìn)行生物信息學(xué)分析和臨床分析。 結(jié)果:1)初步探討新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型分布及其特點(diǎn)。結(jié)果顯示,基因D型占39.4%(50/127),基因B型占22.0%(28/127),基因C型占16.5%(21/127),基因B+D混合型占9.5%(12/127),基因C+D混合型占8.7%(11/127),基因B+C+D混合型占3.9%(5/127);HBeAg陽(yáng)性與HBeAg陰性的維吾爾族慢性乙肝患者基因型分布比較無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)的差異(x~2=6.033,P=0.303);不同年齡維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型分布并無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)的差異(x~2=3.137,P=0.679);不同性別維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型分布亦無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)的差異(x~2=8.058,P=0.623)。初步研究提示,新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型以D型占優(yōu)勢(shì),其次可見B、C型及B+D、C+D、B+C+D混合型。同一疾病譜的慢性HBV感染者基因型分布可能與宿主HBeAg狀態(tài)、年齡、性別無(wú)明顯相關(guān);2)應(yīng)用分子克隆技術(shù)和生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)1例維吾爾族HBV基因D型病毒株進(jìn)行全基因克隆化研究。獲得了我國(guó)首例維吾爾族慢性HBV感染者D型HBV病毒株的全基因序列(已在GenBank上注冊(cè))。結(jié)果顯示,其基因組全長(zhǎng)為3174bp,與目前D基因型參照序列比較同源性約為92%~98%,與一株來自中國(guó)的DC重組基因型(AY862865)比較同源性約為91%。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),該新疆病毒株與目前D基因型參照序列比較有9個(gè)堿基的缺失(位于核苷酸1760-1768位,ATT AAA GGT),即發(fā)生了缺失突變。該新疆株HBV血清型為ayw2,與中國(guó)首例D基因型病毒株(GenBank Accession Number:AF280817)的ayw3血清型不同,說明新疆維吾爾族D基因型HBV病毒株依然有其自身特點(diǎn)。重組位點(diǎn)分析,該新疆病毒株未發(fā)生與其他基因型的重組。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析,該新疆株與兩株來自土耳其的HBV株(AY796032和AY721605)遺傳距離最近;3)對(duì)準(zhǔn)種的研究顯示,治療的患者(拉米夫定)HBV準(zhǔn)種復(fù)雜性似要高于未治療者,未經(jīng)藥物選擇下HBV準(zhǔn)種組成相對(duì)較單一。治療和未治療患者HBV的優(yōu)勢(shì)克隆均發(fā)生了rtA222T(A,丙氨酸;T,蘇氨酸)突變,rtA222T突變是一較少見的突變形式。HBV準(zhǔn)種群會(huì)發(fā)生漂變,即病情重時(shí)其準(zhǔn)種復(fù)雜性低,病情好轉(zhuǎn)時(shí)復(fù)雜性上升。 結(jié)論:1)初步研究提示,新疆維吾爾族慢性乙肝患者HBV基因型以D型占優(yōu)勢(shì),D型為優(yōu)勢(shì)基因型;其次可見B、C型及B+D、C+D、B+C+D混合型。與我國(guó)主要流行的HBV基因B型和C型的分布有顯著地域和種族差別。同一疾病譜的慢性HBV感染者基因型分布可能與宿主HBeAg狀態(tài)、年齡、性別無(wú)明顯相關(guān);2)通過HBV全基因克隆化研究,獲得我國(guó)首例維吾爾族慢性HBV感染者D型HBV病毒株的全基因序列(在GenBank上注冊(cè))。其基因組全長(zhǎng)為3174bp,該新疆病毒株與目前D基因型參照序列比較有9個(gè)堿基的缺失(位于核苷酸1760-1768位,ATT AAA GGT)。其血清型為ayw2。重組位點(diǎn)分析,該新疆病毒株未發(fā)生與其他基因型的重組。進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn),該新疆株與兩株來自土耳其的HBV株(AY796032和AY721605)遺傳距離最近。新疆維吾爾族D基因型HBV病毒株依然有其自身特點(diǎn);3)新疆維吾爾族慢性HBV感染者的HBV RT區(qū)基因序列準(zhǔn)種研究顯示,治療患者(拉米夫定)HBV準(zhǔn)種復(fù)雜性似要高于未治療者,未經(jīng)藥物選擇下HBV準(zhǔn)種組成相對(duì)較單一。準(zhǔn)種組成與是否抗病毒治療可能相關(guān),且相互影響。治療和未治療患者HBV的優(yōu)勢(shì)克隆均發(fā)生了rtA222T(A,丙氨酸:T,蘇氨酸)突變,rtA222T突變是一較少見的突變形式。HBV準(zhǔn)種群會(huì)發(fā)生漂變,即病情重時(shí)其準(zhǔn)種復(fù)雜性低,病情好轉(zhuǎn)時(shí)復(fù)雜性上升。準(zhǔn)種群漂變與疾病轉(zhuǎn)歸可能相關(guān)。
[Abstract]:Hepatitis B virus ( HBV ) infection is a serious threat to human health and is one of the serious public health problems . HBV infection can lead to multiple forms of acute and chronic liver disease , and it is clear that HBV is one of the important causes of chronic hepatitis , liver cirrhosis and primary liver cancer .
The heterogeneity of HBV genome is the inevitable result of survival and evolution , and it is the inevitable demand to adapt to the living environment . HBV genotype and species are the specific manifestation of heterogeneity .
HBV genotype is an important biological characteristic of HBV . So far , HBV can be divided into A , B , C , D , E , F , G , and H 8 genotypes according to the heterogeneity of HBV genome sequence heterogeneity .
Genetic variation is a frequent genetic event in the evolution of HBV . In the case of HBV , the mutation of nucleic acid results in a population of small differences in gene sequence . The difference is not enough to constitute the different genotypes or serotypes of the pathogen . This phenomenon is known as the species . This phenomenon is called quasi - species . This phenomenon is known as the status and function of the selection pressure of the antiviral drug in the formation of HBV quasispecies ; the formation of HBV quasispecies is related to the chronic infection of acute HBV infection ; and the clinical outcome of chronic HBV infection .
The study of HBV genotype and quasispecies characteristics will contribute to the clinical outcome of HBV , the efficacy of HBV anti - virus , the characteristics of HBV gene mutation and so on . It is of great significance to study the biological characteristics of HBV .
There is no difference in the biological characteristics ( HBV genotype , level ) of HBV in many ethnic groups , especially in the northwest of the motherland , multi - ethnic group and ethnic group HBV infection , and the relationship between these differences and clinical relevance is worthy of study .
Objective : To study the distribution of HBV genotypes in chronic hepatitis B patients in Xinjiang , and to study the relationship between HBV genotype distribution and clinical significance .
Methods : One hundred and twenty - seven patients with chronic hepatitis B were selected as the main research subjects , and 127 serum samples were collected and stored at -20 鈩,
本文編號(hào):1784251
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