發(fā)布時間：2017-10-13 00:21

  本文關(guān)鍵詞：2007-2011年中國狂犬病流行狀況及病毒N基因特征分析

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【摘要】：研究背景 狂犬病是由狂犬病病毒引起的人獸共患性傳染病,病死率幾乎為百分之百。狂犬病在世界范圍內(nèi)廣泛分布,我國是深受狂犬病嚴重危害的國家之一,僅次于印度,位居世界第二。自1950年我國開始有狂犬病的記錄以來,出現(xiàn)了幾次大的流行高峰,在20世紀80年代疫情最為嚴重,年報告病例曾達7037例,到1996年降到最低水平(196例),隨后又開始迅速回升,2007年我國狂犬病病例又達到一個流行高峰(3300例),之后逐年緩慢下降,在2011年降到1918例,疫情依然較為嚴重。另外,除了傳染病報告系統(tǒng)外,為進一步了解狂犬病暴露后預(yù)防處置及宿主動物情況,2005年中國疾病預(yù)防控制中心在全國6省建立了15個狂犬病主動監(jiān)測點,收集死亡病例和門診就診病例的暴露后預(yù)防治療信息、宿主動物監(jiān)測信息,并利用主動監(jiān)測信息深入探討影響我國狂犬病疫情的相關(guān)因素。本研究利用2007-2011年全國狂犬病疫情相關(guān)資料探索5年疫情下降的可能原因,為進一步控制我國狂犬病流行提供科學(xué)依據(jù)。 狂犬病核蛋白(N)基因是狂犬病基因組中最保守的,其廣泛用于狂犬病的狂犬病分子診斷及病毒感染檢測實驗中,也被用作病毒長時間進化研究的對象來分析狂犬病的地域特征、病毒起源、宿主轉(zhuǎn)換等時空進化的研究中。隨著分子研究的深入,核酸檢測技術(shù)越來越成熟,對狂犬病N基因的分子流行病學(xué)研究也越來越多。以往對N基因的研究多局限于我國某個或某幾個省份的標本,時間跨度也不大,本文收集全國14個省份2003年到2011年的狂犬病陽性標本,對標本的核蛋白基因序列進行分子流行病學(xué)分析,并結(jié)合近年來全國狂犬病疫情變化情況,探討了全國狂犬病的分布、變遷、變異情況,為進一步有效控制我國狂犬病的傳播和蔓延提供有利的科學(xué)依據(jù)。 研究目的 1.描述2007-2011年全國狂犬病流行狀況,以了解全國狂犬病疫情分布的總體特征。 2.以主動監(jiān)測點的監(jiān)測數(shù)據(jù)資料探討個案病例及門診病例暴露后預(yù)防治療及宿主動物防控與流行的內(nèi)在聯(lián)系。 3.探討狂犬病N基因遺傳變異特點和進化特征,分析狂犬病病毒N基因在時間上進化中是否有變異及變異的大小。 4.對狂犬病病毒N基因序列進行空間動力學(xué)分析,從種系發(fā)生進化上探討狂犬病的遷徙傳播路徑,為進一步控制狂犬病的傳播蔓延提供科學(xué)依據(jù)。 研究方法 1.狂犬病疫情資料的整理和分析 (1)利用中國疾病預(yù)防控制中心“傳染病疾病監(jiān)測信息報告管理系統(tǒng)”中2007-2011年全國上報的狂犬病疫情資料描述狂犬病流行的三間分布。 (2)對2007-2010年全國設(shè)立在山東、廣西、貴州、安徽、湖南、江蘇、貴州6省的15個監(jiān)測點主動上報的資料做描述性分析,比較4年來死亡病例的暴露后預(yù)防治療情況,犬密度及免疫率的變化情況,探討這些變化與疫情變化的內(nèi)在關(guān)系。 (3)具體個案用Epidata3.0軟件錄入,用Excel2007、SAS9.0進行統(tǒng)計分析,用Excel2007進行圖表的繪制,用Maplnfo7.0進行地圖的繪制。 2.狂犬病標本的實驗室檢測及N基因全序列的獲得 本研究收集了來自全國14個省市的動物(犬、牛)腦組織標本,以及人的血、唾液、腦脊液標本,利用直接免疫熒光(DFA)和巢式PCR法對標本進行抗原及核酸檢測,確認陽性標本后進行N基因擴增和序列測定。 3.N基因全序分析 (1) ATCG軟件對測序回來的序列(.abl格式的)進行拼接。 (2) BioEdit軟件對拼接好的長短不一的序列進行剪切、刪除編輯、比對,對不同格式的序列進行格式的轉(zhuǎn)換。 (3) Clustalx(1.83)對拼接好的序列進行比對,可將比對好的序列轉(zhuǎn)化成其他格式的以便其他軟件繼續(xù)分析。 (4) DNAStar(5.01版)軟件包中的MegAlign軟件進行核酸和氨基酸同源性分析。 (5) GeneDoc軟件將比對好的核酸和氨基酸序列按照位置一一逐行顯示。 (6) MEGA(5.1版)軟件對整理好的序列進行分子進化遺傳分析,分別用軟件中的Neighbor-Joining(NJ)、Maximum Likelihood(ML)法方法繪制種系發(fā)生樹。 (7) MigaPhyla軟件以不帶分支長度的無根樹文件為基礎(chǔ),進行遷徙事件分析以及間隙事件顯著性分析。 結(jié)果 1.2007-2011年間我國狂犬病發(fā)病數(shù)逐年下降,但報告病例的縣(區(qū))數(shù)分別為984、858、892、817、862個,下降不明顯,其中個別省份報告病例的縣區(qū)數(shù)還有增多趨勢。廣西、廣東、貴州、湖南、四川報告病例數(shù)明顯下降但仍是我國報告病例最多的省份,其疫情影響著周邊省市及全國疫情趨勢。我國狂犬病發(fā)病夏秋季節(jié)較多；男女發(fā)病比為2.32：1；農(nóng)民(68.27%)、學(xué)生(12.47%)、散居兒童(6.32%)為高發(fā)人群,農(nóng)民所占比例在逐年升高,學(xué)生所占比例逐年降低,散居兒童變化不大。 2.2007-2010年主動監(jiān)測省市共報告2346例死亡病例,88.53%的致傷動物為犬,111度暴露比例為56.97%,但門診處置率卻只有11.36%,疫苗注射率為12.08%,被動免疫制劑的使用只有4.60%,且四年間比較差異沒有明顯的改善�？袢￠T診監(jiān)測顯示暴露人群11Ⅲ度暴露比例為36.11%,門診處置率為85.43%,狂犬病疫苗全程接種率為82.13%,Ⅲ度暴露后被動免疫制劑的注射率為30.30%。我國農(nóng)村部分地區(qū)犬只密度自2008年以來有所減少,免疫率有所提高。 3.本研究自全國14個省共得到了116條狂犬病1353bp的N基因全序。116條狂犬病病毒N基因序列核苷酸同源性在87.0%-100%之間,核苷酸推到的氨基酸同源性在97.6%-100%之間,說明N基因的突變大多是同義突變。 4.N蛋白的四個抗原位點中,個別序列抗原位點Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ有變異,B細胞、Th細胞表位及磷酸化位點也有變異,本研究所有序列均存在三個Asn196、Asn326、Ash443潛在的糖基化位點。 5.本研究所得序列形成了3個群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),進化樹顯示我國狂犬病病毒呈現(xiàn)地域聚集性,13個省市的序列分布在Ⅰ群,6個省市的序列分布在Ⅱ,Ⅲ群只包括內(nèi)蒙古的一株序列。全國24個省市的狂犬病系統(tǒng)進化樹顯示NM3與我國福建、吉林株進化較近,時間進化顯示N基因沒有明顯的進化差異。全球狂犬病樹圖顯示所選序列基因1型中共分為7個支,大部分聚集在Ⅰ、Ⅱ支,我國狂犬病與印度尼西亞、越南等東南亞國家進化關(guān)系最近,NM3與伊朗、外蒙古的3株在同一支上,說明其親緣關(guān)系較近。 6.從空間動力學(xué)角度上我國狂犬病存在廣泛的跨省傳播的現(xiàn)象,本研究顯示我國狂犬病由四川省、廣西等南方高發(fā)省份向東部地區(qū)和北方地區(qū)傳播的可能性較大。 結(jié)論 1.2007-2011年我國狂犬病報告病例數(shù)有所下降,但流行區(qū)域有所擴大。 2.部分地區(qū)調(diào)查數(shù)據(jù)顯示犬只密度有所下降、犬免疫率有所上升,從而在一定程度上減少了人間狂犬病的傳染來源。 3.死亡病例暴露后預(yù)防處置率低的現(xiàn)況說明暴露后預(yù)防治療的不及時、不規(guī)范是狂犬病死亡病例發(fā)病的主要原因；農(nóng)村地區(qū)犬密度高但免疫率低、暴露后預(yù)防治療欠缺的狀況仍然是農(nóng)村地區(qū)狂犬病持續(xù)發(fā)生的重要原因。 4.狂犬病病毒N基因序列差異較小,非常保守,與其功能的限制密切相關(guān)�？袢基因相對保守,本研究所得的N基因序列同源性較高,變異大多為同義突變。 5.本研究所有的病毒序列都屬于狂犬病病毒基因1型,進化樹顯示出明顯的地域依賴性聚集特點。我國與東南亞地區(qū)狂犬病進化關(guān)系最近,內(nèi)蒙分離的病毒與外蒙古、伊朗分離毒株的進化關(guān)系較近。我國狂犬病病毒在獨自進化的同時可能也經(jīng)歷著外界傳入病毒的影響。 6.從空間動力學(xué)角度上分析我國狂犬病存在廣泛的地域間的傳播擴散,從高發(fā)省份向低發(fā)省份傳播蔓延。
【關(guān)鍵詞】：狂犬病 監(jiān)測 流行因素 分子流行病 系統(tǒng)發(fā)生分析 空間動力學(xué)分析
【學(xué)位授予單位】：山東大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號】：R512.99;R181.3
【目錄】：

• 中文摘要6-10
• ABSTRACT10-16
• 英文~.略詞說明16-17
• 前言17-21
• 1. 狂犬病流行概況17-18
• 2. 狂犬病分子生物學(xué)研究狀況18-21
• 第一部分 2007-2011年中國狂犬病疫情分析21-35
• 一、材料方法21-22
• 二、結(jié)果22-30
• 三、討論30-35
• 第二部分 狂犬病病毒核蛋白(N)基因分子特征分析35-60
• 一、材料與方法35-39
• 二、結(jié)果39-54
• 三、討論54-60
• 結(jié)論60-61
• 參考文獻61-68
• 附錄68-72
• 致謝72-73
• 攻讀碩士期間發(fā)表論文73-74
• 學(xué)位論文評閱及答論情況表74

【參考文獻】

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本文編號：1021787