本文關(guān)鍵詞：2007-2011年中國(guó)狂犬病流行狀況及病毒N基因特征分析

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【摘要】：研究背景 狂犬病是由狂犬病病毒引起的人獸共患性傳染病,病死率幾乎為百分之百�？袢≡谑澜绶秶鷥�(nèi)廣泛分布,我國(guó)是深受狂犬病嚴(yán)重危害的國(guó)家之一,僅次于印度,位居世界第二。自1950年我國(guó)開(kāi)始有狂犬病的記錄以來(lái),出現(xiàn)了幾次大的流行高峰,在20世紀(jì)80年代疫情最為嚴(yán)重,年報(bào)告病例曾達(dá)7037例,到1996年降到最低水平(196例),隨后又開(kāi)始迅速回升,2007年我國(guó)狂犬病病例又達(dá)到一個(gè)流行高峰(3300例),之后逐年緩慢下降,在2011年降到1918例,疫情依然較為嚴(yán)重。另外,除了傳染病報(bào)告系統(tǒng)外,為進(jìn)一步了解狂犬病暴露后預(yù)防處置及宿主動(dòng)物情況,2005年中國(guó)疾病預(yù)防控制中心在全國(guó)6省建立了15個(gè)狂犬病主動(dòng)監(jiān)測(cè)點(diǎn),收集死亡病例和門(mén)診就診病例的暴露后預(yù)防治療信息、宿主動(dòng)物監(jiān)測(cè)信息,并利用主動(dòng)監(jiān)測(cè)信息深入探討影響我國(guó)狂犬病疫情的相關(guān)因素。本研究利用2007-2011年全國(guó)狂犬病疫情相關(guān)資料探索5年疫情下降的可能原因,為進(jìn)一步控制我國(guó)狂犬病流行提供科學(xué)依據(jù)。 狂犬病核蛋白(N)基因是狂犬病基因組中最保守的,其廣泛用于狂犬病的狂犬病分子診斷及病毒感染檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中,也被用作病毒長(zhǎng)時(shí)間進(jìn)化研究的對(duì)象來(lái)分析狂犬病的地域特征、病毒起源、宿主轉(zhuǎn)換等時(shí)空進(jìn)化的研究中。隨著分子研究的深入,核酸檢測(cè)技術(shù)越來(lái)越成熟,對(duì)狂犬病N基因的分子流行病學(xué)研究也越來(lái)越多。以往對(duì)N基因的研究多局限于我國(guó)某個(gè)或某幾個(gè)省份的標(biāo)本,時(shí)間跨度也不大,本文收集全國(guó)14個(gè)省份2003年到2011年的狂犬病陽(yáng)性標(biāo)本,對(duì)標(biāo)本的核蛋白基因序列進(jìn)行分子流行病學(xué)分析,并結(jié)合近年來(lái)全國(guó)狂犬病疫情變化情況,探討了全國(guó)狂犬病的分布、變遷、變異情況,為進(jìn)一步有效控制我國(guó)狂犬病的傳播和蔓延提供有利的科學(xué)依據(jù)。 研究目的 1.描述2007-2011年全國(guó)狂犬病流行狀況,以了解全國(guó)狂犬病疫情分布的總體特征。 2.以主動(dòng)監(jiān)測(cè)點(diǎn)的監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)資料探討個(gè)案病例及門(mén)診病例暴露后預(yù)防治療及宿主動(dòng)物防控與流行的內(nèi)在聯(lián)系。 3.探討狂犬病N基因遺傳變異特點(diǎn)和進(jìn)化特征,分析狂犬病病毒N基因在時(shí)間上進(jìn)化中是否有變異及變異的大小。 4.對(duì)狂犬病病毒N基因序列進(jìn)行空間動(dòng)力學(xué)分析,從種系發(fā)生進(jìn)化上探討狂犬病的遷徙傳播路徑,為進(jìn)一步控制狂犬病的傳播蔓延提供科學(xué)依據(jù)。 研究方法 1.狂犬病疫情資料的整理和分析 (1)利用中國(guó)疾病預(yù)防控制中心“傳染病疾病監(jiān)測(cè)信息報(bào)告管理系統(tǒng)”中2007-2011年全國(guó)上報(bào)的狂犬病疫情資料描述狂犬病流行的三間分布。 (2)對(duì)2007-2010年全國(guó)設(shè)立在山東、廣西、貴州、安徽、湖南、江蘇、貴州6省的15個(gè)監(jiān)測(cè)點(diǎn)主動(dòng)上報(bào)的資料做描述性分析,比較4年來(lái)死亡病例的暴露后預(yù)防治療情況,犬密度及免疫率的變化情況,探討這些變化與疫情變化的內(nèi)在關(guān)系。 (3)具體個(gè)案用Epidata3.0軟件錄入,用Excel2007、SAS9.0進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,用Excel2007進(jìn)行圖表的繪制,用Maplnfo7.0進(jìn)行地圖的繪制。 2.狂犬病標(biāo)本的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)及N基因全序列的獲得 本研究收集了來(lái)自全國(guó)14個(gè)省市的動(dòng)物(犬、牛)腦組織標(biāo)本,以及人的血、唾液、腦脊液標(biāo)本,利用直接免疫熒光(DFA)和巢式PCR法對(duì)標(biāo)本進(jìn)行抗原及核酸檢測(cè),確認(rèn)陽(yáng)性標(biāo)本后進(jìn)行N基因擴(kuò)增和序列測(cè)定。 3.N基因全序分析 (1) ATCG軟件對(duì)測(cè)序回來(lái)的序列(.abl格式的)進(jìn)行拼接。 (2) BioEdit軟件對(duì)拼接好的長(zhǎng)短不一的序列進(jìn)行剪切、刪除編輯、比對(duì),對(duì)不同格式的序列進(jìn)行格式的轉(zhuǎn)換。 (3) Clustalx(1.83)對(duì)拼接好的序列進(jìn)行比對(duì),可將比對(duì)好的序列轉(zhuǎn)化成其他格式的以便其他軟件繼續(xù)分析。 (4) DNAStar(5.01版)軟件包中的MegAlign軟件進(jìn)行核酸和氨基酸同源性分析。 (5) GeneDoc軟件將比對(duì)好的核酸和氨基酸序列按照位置一一逐行顯示。 (6) MEGA(5.1版)軟件對(duì)整理好的序列進(jìn)行分子進(jìn)化遺傳分析,分別用軟件中的Neighbor-Joining(NJ)、Maximum Likelihood(ML)法方法繪制種系發(fā)生樹(shù)。 (7) MigaPhyla軟件以不帶分支長(zhǎng)度的無(wú)根樹(shù)文件為基礎(chǔ),進(jìn)行遷徙事件分析以及間隙事件顯著性分析。 結(jié)果 1.2007-2011年間我國(guó)狂犬病發(fā)病數(shù)逐年下降,但報(bào)告病例的縣(區(qū))數(shù)分別為984、858、892、817、862個(gè),下降不明顯,其中個(gè)別省份報(bào)告病例的縣區(qū)數(shù)還有增多趨勢(shì)。廣西、廣東、貴州、湖南、四川報(bào)告病例數(shù)明顯下降但仍是我國(guó)報(bào)告病例最多的省份,其疫情影響著周邊省市及全國(guó)疫情趨勢(shì)。我國(guó)狂犬病發(fā)病夏秋季節(jié)較多；男女發(fā)病比為2.32：1；農(nóng)民(68.27%)、學(xué)生(12.47%)、散居兒童(6.32%)為高發(fā)人群,農(nóng)民所占比例在逐年升高,學(xué)生所占比例逐年降低,散居兒童變化不大。 2.2007-2010年主動(dòng)監(jiān)測(cè)省市共報(bào)告2346例死亡病例,88.53%的致傷動(dòng)物為犬,111度暴露比例為56.97%,但門(mén)診處置率卻只有11.36%,疫苗注射率為12.08%,被動(dòng)免疫制劑的使用只有4.60%,且四年間比較差異沒(méi)有明顯的改善。狂犬病門(mén)診監(jiān)測(cè)顯示暴露人群11Ⅲ度暴露比例為36.11%,門(mén)診處置率為85.43%,狂犬病疫苗全程接種率為82.13%,Ⅲ度暴露后被動(dòng)免疫制劑的注射率為30.30%。我國(guó)農(nóng)村部分地區(qū)犬只密度自2008年以來(lái)有所減少,免疫率有所提高。 3.本研究自全國(guó)14個(gè)省共得到了116條狂犬病1353bp的N基因全序。116條狂犬病病毒N基因序列核苷酸同源性在87.0%-100%之間,核苷酸推到的氨基酸同源性在97.6%-100%之間,說(shuō)明N基因的突變大多是同義突變。 4.N蛋白的四個(gè)抗原位點(diǎn)中,個(gè)別序列抗原位點(diǎn)Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ有變異,B細(xì)胞、Th細(xì)胞表位及磷酸化位點(diǎn)也有變異,本研究所有序列均存在三個(gè)Asn196、Asn326、Ash443潛在的糖基化位點(diǎn)。 5.本研究所得序列形成了3個(gè)群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),進(jìn)化樹(shù)顯示我國(guó)狂犬病病毒呈現(xiàn)地域聚集性,13個(gè)省市的序列分布在Ⅰ群,6個(gè)省市的序列分布在Ⅱ,Ⅲ群只包括內(nèi)蒙古的一株序列。全國(guó)24個(gè)省市的狂犬病系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)顯示NM3與我國(guó)福建、吉林株進(jìn)化較近,時(shí)間進(jìn)化顯示N基因沒(méi)有明顯的進(jìn)化差異。全球狂犬病樹(shù)圖顯示所選序列基因1型中共分為7個(gè)支,大部分聚集在Ⅰ、Ⅱ支,我國(guó)狂犬病與印度尼西亞、越南等東南亞國(guó)家進(jìn)化關(guān)系最近,NM3與伊朗、外蒙古的3株在同一支上,說(shuō)明其親緣關(guān)系較近。 6.從空間動(dòng)力學(xué)角度上我國(guó)狂犬病存在廣泛的跨省傳播的現(xiàn)象,本研究顯示我國(guó)狂犬病由四川省、廣西等南方高發(fā)省份向東部地區(qū)和北方地區(qū)傳播的可能性較大。 結(jié)論 1.2007-2011年我國(guó)狂犬病報(bào)告病例數(shù)有所下降,但流行區(qū)域有所擴(kuò)大。 2.部分地區(qū)調(diào)查數(shù)據(jù)顯示犬只密度有所下降、犬免疫率有所上升,從而在一定程度上減少了人間狂犬病的傳染來(lái)源。 3.死亡病例暴露后預(yù)防處置率低的現(xiàn)況說(shuō)明暴露后預(yù)防治療的不及時(shí)、不規(guī)范是狂犬病死亡病例發(fā)病的主要原因；農(nóng)村地區(qū)犬密度高但免疫率低、暴露后預(yù)防治療欠缺的狀況仍然是農(nóng)村地區(qū)狂犬病持續(xù)發(fā)生的重要原因。 4.狂犬病病毒N基因序列差異較小,非常保守,與其功能的限制密切相關(guān)�？袢基因相對(duì)保守,本研究所得的N基因序列同源性較高,變異大多為同義突變。 5.本研究所有的病毒序列都屬于狂犬病病毒基因1型,進(jìn)化樹(shù)顯示出明顯的地域依賴性聚集特點(diǎn)。我國(guó)與東南亞地區(qū)狂犬病進(jìn)化關(guān)系最近,內(nèi)蒙分離的病毒與外蒙古、伊朗分離毒株的進(jìn)化關(guān)系較近。我國(guó)狂犬病病毒在獨(dú)自進(jìn)化的同時(shí)可能也經(jīng)歷著外界傳入病毒的影響。 6.從空間動(dòng)力學(xué)角度上分析我國(guó)狂犬病存在廣泛的地域間的傳播擴(kuò)散,從高發(fā)省份向低發(fā)省份傳播蔓延。
【關(guān)鍵詞】：狂犬病 監(jiān)測(cè) 流行因素 分子流行病 系統(tǒng)發(fā)生分析 空間動(dòng)力學(xué)分析
【學(xué)位授予單位】：山東大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號(hào)】：R512.99;R181.3
【目錄】：

• 中文摘要6-10
• ABSTRACT10-16
• 英文~.略詞說(shuō)明16-17
• 前言17-21
• 1. 狂犬病流行概況17-18
• 2. 狂犬病分子生物學(xué)研究狀況18-21
• 第一部分 2007-2011年中國(guó)狂犬病疫情分析21-35
• 一、材料方法21-22
• 二、結(jié)果22-30
• 三、討論30-35
• 第二部分 狂犬病病毒核蛋白(N)基因分子特征分析35-60
• 一、材料與方法35-39
• 二、結(jié)果39-54
• 三、討論54-60
• 結(jié)論60-61
• 參考文獻(xiàn)61-68
• 附錄68-72
• 致謝72-73
• 攻讀碩士期間發(fā)表論文73-74
• 學(xué)位論文評(píng)閱及答論情況表74

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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本文編號(hào)：1021787