本文關(guān)鍵詞：齲病人群唾液菌群結(jié)構(gòu)多樣性及其與pH、鐵的相關(guān)性研究

  更多相關(guān)文章： 齲病 菌群結(jié)構(gòu) pH 鐵元素

【摘要】：目的:該研究中擬用Illumina Miseq高通量測(cè)序技術(shù)分析甘肅省43名受試人群的唾液菌群結(jié)構(gòu)多樣性,同時(shí)測(cè)定樣本pH及鐵元素含量并分析唾液微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性與pH、鐵元素的相關(guān)性,為深入了解齲病的發(fā)病原因及發(fā)展過(guò)程奠定理論基礎(chǔ),為預(yù)防及治療齲病提供新的研究思路。方法:選取年齡為24~56歲受試人群43人,其中齲病組唾液樣本21例(CA組,DMFT≥1),健康組唾液樣本22例(HE組,DMFT=0)。提取樣本細(xì)菌DNA,利用Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái)對(duì)43例樣本DNA的16S r RNA V3-V4區(qū)進(jìn)行測(cè)序,對(duì)結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析。并對(duì)兩組唾液樣本pH及鐵元素含量進(jìn)行檢測(cè),后采用RDA分析43例樣本與唾液pH及鐵元素的相關(guān)性。結(jié)果:1.Beta多樣性分析結(jié)果顯示:兩組樣本的微生物群落結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)出不同的特點(diǎn),該差異受豐度不同的影響;菌群結(jié)構(gòu)在各樣本間的差異表現(xiàn)為CA組更大。2.齲病組與健康組的優(yōu)勢(shì)菌門分別為:變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、梭桿菌門(Fusobacteria)、放線菌門(Actinobacteria)、螺旋體門(Spirochaetes);優(yōu)勢(shì)菌屬分別為:奈瑟菌屬(Neisseria)、鏈球菌屬(Streptococcus)、普雷沃菌屬(Prevotella)、卟啉單胞菌屬(Porphyromonas)、Lautropia、擬普雷沃菌屬(Alloprevotella)、密螺旋體屬(Treponema)、梭桿菌屬(Fusobacterium)、二氧化碳嗜纖維菌屬(Capnocytophaga)、韋榮球菌屬(Veillonella)、嗜血桿菌屬(Terrahaemophilus)、纖毛菌屬(Leptotrichia)、放線菌屬(Actinomyces)、新月形單胞菌屬(Selenomonas)、迪茨氏菌屬(Dietzia)、顆粒鏈菌屬(Granulieatell)。3.擬桿菌門和卟啉單胞菌屬的相對(duì)豐度在HE組更高;而新月形單胞菌屬和迪茨氏菌屬的相對(duì)豐度則在CA組中更高(P0.05)。4.存在20種低豐度(相對(duì)豐度0.01%)菌屬:雙歧桿菌(Bifidobacterium)、腸桿菌屬(Enterobacter)、紅環(huán)菌屬(Rhodocyclus)、Pseudomonas、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium)、纖發(fā)菌屬(Leptothrix)、代爾夫特菌屬(Delftia)、歐陸森氏菌(Olsenella)、羅爾斯通菌屬(Ralstonia)、乳球菌屬(Lactococcus)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、光岡菌屬(Mitsuokella)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、埃希氏桿菌屬(Escherichia)、斯萊克氏菌屬(Slackia)、短波單胞菌屬(Brevundimonas)、Scardovia、赤微菌屬(Erythromicrobium)、營(yíng)養(yǎng)缺陷菌屬(Abiotrophia),以上各菌屬皆呈現(xiàn)出在CA組中相對(duì)豐度更高的特點(diǎn)(P0.05)。5.物種網(wǎng)絡(luò)分析圖顯示在齲病組中相對(duì)豐度更高(P0.05)的丙酸桿菌屬與新月形單胞菌屬存在正相關(guān)關(guān)系;迪茨氏菌屬則間接與丙酸桿菌屬存在正相關(guān)關(guān)系。6.功能基因測(cè)序結(jié)果顯示,兩組樣本相對(duì)豐度較高的功能基因分別為膜運(yùn)輸功能(Membrane Transport)、復(fù)制和修復(fù)功能(Replication and Repair)、氨基酸代謝功能(Amino Acid Metabolism)以及碳水化合物代謝功能(Carbohydrate Metabolism)。7.唾液pH檢測(cè)檢測(cè)結(jié)果顯示:CA組pH低于HE組pH(P0.05);鐵元素檢測(cè)結(jié)果為:CA組Fe含量高于HE組Fe含量(P0.05)。8.43個(gè)樣本與pH及鐵元素作為環(huán)境因子進(jìn)行RDA分析,結(jié)果顯示齲病組與鐵元素存在正相關(guān)關(guān)系,與pH成負(fù)相關(guān)關(guān)系。結(jié)論:齲病唾液菌群落關(guān)系可能為互利共生;菌群落結(jié)構(gòu)和環(huán)境因子間關(guān)系密切,可能受pH、鐵元素的作用;齲病的發(fā)病原因可能是微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性、唾液酸堿性、微量元素等多因素綜合作用的結(jié)果。
【關(guān)鍵詞】：齲病 菌群結(jié)構(gòu) pH 鐵元素
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R781.1
【目錄】：

• 中文摘要3-5
• Abstract5-10
• 第一章 前言10-13
• 1.1 齲病10
• 1.2 唾液10
• 1.3 微生物10-11
• 1.4 pH及微量元素鐵11-12
• 1.5 16S rRNA高通量測(cè)序技術(shù)12-13
• 第二章 材料與方法13-20
• 2.1 材料13-14
• 2.1.1 主要實(shí)驗(yàn)儀器13
• 2.1.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑13-14
• 2.2 樣本采集方法14
• 2.2.1 樣本的篩選14
• 2.2.2 樣本的采集14
• 2.3 樣本細(xì)菌DNA提取14-16
• 2.3.1 樣品預(yù)處理14-15
• 2.3.2 實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備15
• 2.3.3 具體實(shí)驗(yàn)步驟15-16
• 2.4 生物信息學(xué)分析16-19
• 2.4.1 優(yōu)質(zhì)序列的獲取16-17
• 2.4.2 OTU聚類及注釋17-18
• 2.4.3 稀釋曲線18
• 2.4.4 Alpha多樣性分析18
• 2.4.5 樣品群落組成分析18
• 2.4.6 Beta多樣性分析18-19
• 2.5 物種相關(guān)性分析19
• 2.6 群落功能基因預(yù)測(cè)19
• 2.7 pH測(cè)定19-20
• 2.7.1 設(shè)置pH儀并對(duì)pH儀讀數(shù)進(jìn)行校準(zhǔn)19-20
• 2.7.2 pH測(cè)定20
• 2.8 鐵元素測(cè)定20
• 2.9 分析pH及鐵元素在CA組與HE組差異20
• 第三章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析20-44
• 3.1 樣本基本信息20-22
• 3.2 齲病組及健康組的序列豐度及多樣性分析22-23
• 3.3 生物信息學(xué)分析結(jié)果23-34
• 3.3.1 Venn圖23-24
• 3.3.2 稀釋曲線24-25
• 3.3.3 Alpha多樣性25-27
• 3.3.4 Shannon-Wiener曲線27-28
• 3.3.5 微生物物種分布圖28-30
• 3.3.6 物種豐度差異分析30-32
• 3.3.7 低豐度的差異屬32-34
• 3.4 CA組及HE組唾液菌群結(jié)構(gòu)比較34-36
• 3.4.1 UniFrac PCo A（UniFrac principal coordinates analysis）分析34-35
• 3.4.2 主成分分析（principal components analysis, PCA）35-36
• 3.5 物種分析36-38
• 3.5.1 物種相關(guān)性分析（Species correlation analysis）36-38
• 3.6 群落功能基因預(yù)測(cè)(The prediction of community functional genes)38-39
• 3.7 pH值與鐵元素檢測(cè)39-43
• 3.7.1 pH值檢測(cè)39-41
• 3.7.2 鐵(Fe)元素檢測(cè)41-43
• 3.8 冗余分析(Redundancy analysis, RDA)43-44
• 第四章 討論44-48
• 第五章 結(jié)論48-50
• 參考文獻(xiàn)50-55
• 在學(xué)期間的研究成果55-56
• 致謝56

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 樊明文;;齲病病因及免疫預(yù)防[J];中國(guó)實(shí)用口腔科雜志;2008年10期

2 黃慶生,王加啟;16Sr RNA/rDNA序列分析技術(shù)在瘤胃細(xì)菌微生態(tài)系統(tǒng)研究中的應(yīng)用[J];中國(guó)畜牧獸醫(yī);2003年01期

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本文編號(hào)：679337