實(shí)驗(yàn)?zāi)康?通過對變形鏈球菌（UA-159）及變形鏈球菌耐氟菌株（UA-159FR）進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和基因功能分析,揭示其生物學(xué)信息及調(diào)控機(jī)理,揭示氯離子通道蛋白ericf1/ericf2在不同條件下的氟抗性,以預(yù)期該蛋白轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制做出合理推測。從而探究變形鏈球菌耐氟菌株耐氟相關(guān)基因的耐氟機(jī)制。實(shí)驗(yàn)方法:本實(shí)驗(yàn)通過對變形鏈球菌及耐氟菌株的培養(yǎng),采用高通量IlluminaHiseqTM2500測序技術(shù)對變形鏈球菌及耐氟菌株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,發(fā)現(xiàn)全部基因表達(dá)差異。針對變形鏈球菌及耐氟菌株ericf1/ericf2蛋白相應(yīng)編碼基因的表達(dá)差異,用熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)（q-PCR）法檢測兩菌株中ericf1/ericf2的編碼基因mRNA轉(zhuǎn)錄水平的表達(dá)差異。實(shí)驗(yàn)結(jié)果:變形鏈球菌耐氟菌株相對其親代的DEGs（differential-expressed genes）分別有上調(diào)差異基因765個(gè)和下調(diào)差異基因829個(gè)。通過KEGG富集通路與BLAST比對,被KEGG pathway條目所富集的代謝通路61個(gè),其中差異基因共1594個(gè)。其中與變形鏈球菌耐氟菌株參與編碼氯離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的ericf1/ericf... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：50 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

測序錯(cuò)誤率分布圖

14FPKMFR_1FR_2FR_3UA_1UA_2UA_30~1139(6.76%)147(7.15%)150(7.30%)79(3.84%)78(3.80%)77(3.75%)1~373(3.55%)52(2.53%)58(2.82%)3(0.15%)7(0.34%)5(0.24%)3~15257(12.51%)226(11.00%)253(12.31%)15(0.73%)26(1.27%)27(1.31%)15~60531(25.84%)528(25.69%)536(26.08%)45(2.19%)51(2.48%)63(3.07%)>601055(51.34%)1102(53.63%)1058(51.48%)1913(93.09%)1893(92.12%)1883(91.63%)2.3.2基因表達(dá)水平對比變形鏈球菌親代株及耐氟菌株的基因表達(dá)水平將以FPKM分布圖以及violin圖進(jìn)行比較。為確保數(shù)據(jù)的可靠性，我們將每種類樣品重復(fù)3次，最終采用FPKM數(shù)據(jù)的平均值來表達(dá)。如圖：圖2.2FPKM分布圖以及violin圖的基因表達(dá)水平比對圖Figure2.2FPKMdistributiondiagramandtheviolindiagramgeneexpressionlevelcomparisondiagram2.3.3RNA-seq的整體質(zhì)量評(píng)估為確保RNA-seq測序結(jié)果的準(zhǔn)確性，生物學(xué)重復(fù)是實(shí)驗(yàn)所必須的。主要有兩個(gè)用途:一個(gè)是證明本實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果是具有可重復(fù)的，提高實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的可信度。二是為了確保實(shí)驗(yàn)組和對照組中差異基因分析轉(zhuǎn)綠組得到更可靠的結(jié)果。表2.5不同表達(dá)水平區(qū)間的基因數(shù)量統(tǒng)計(jì)表Table2.5Statisticsofthenumberofgenesindifferentexpressionlevels

15為確定樣品選擇的合理性，和檢測試驗(yàn)的可靠性，我們將各組樣品基因表達(dá)水平相關(guān)性作為指標(biāo)。如樣品間表達(dá)越接近，則相關(guān)系數(shù)越接近于1。各組間相關(guān)性如下圖所示：圖2.3RNA-Seq相關(guān)性檢查Figure2.3RNA-Seqcorrelationcheck2.3.4差異基因的表達(dá)篩選我們將實(shí)驗(yàn)組及對照組有顯著表達(dá)差異的基因用點(diǎn)集的方式來描述，以變形鏈球菌親代作為實(shí)驗(yàn)組，變形鏈球菌耐氟株為對照組，其中紅色表示對應(yīng)的基因表達(dá)量上調(diào)，綠色表示對應(yīng)的基因表達(dá)量下調(diào)。我們直觀的通過火山圖可以推斷差異基因的整體分布情況。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]變形鏈球菌耐氟菌株eriCF基因差異性表達(dá)及其意義[J]. 曲添,張紅,張志民,杜奧博,邵思奇,楊瑤瑤,劉璐.  吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(03)
[2]SNP檢測方法的研究進(jìn)展[J]. 許家磊,王宇,后猛,李強(qiáng).  分子植物育種. 2015(02)
[3]基于茶樹EST-SNP的CAPS標(biāo)記開發(fā)[J]. 張成才,王麗鴛,韋康,成浩.  分子植物育種. 2013(06)
[4]單核苷酸多態(tài)性檢測方法研究進(jìn)展[J]. 唐一通,肖娜,李智山,范曉航,余燕敏,姚勁松.  現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2013(27)
[5]變形鏈球菌耐氟菌株的體外誘導(dǎo)[J]. 趙洪巖,張志民,朱來寬,李薈.  中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué). 2010(07)
[6]大口黑鱸MyoD基因結(jié)構(gòu)和單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的篩選[J]. 于凌云,白俊杰,葉星,李勝杰,李小慧.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2009(01)



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