3歲高齲與無齲兒童齦上菌斑微生物差異的宏基因組學分析
發(fā)布時間:2021-04-05 20:42
目的用16S rDNA測序技術,探討不同齲患程度兒童乳牙齦上菌斑微生物多樣性及差異。方法選擇3歲齡兒童為研究對象,高齲組(dmft≥5)和無齲組(dmft=0)各12名,采集光滑面齦上菌斑,基于Ion S5TMXL平臺(Thermo Fisher,美國)進行16S V4區(qū)域測序并對比分析。結果通過與SILVA132數(shù)據(jù)庫比對,可注釋到14個菌門、21個菌綱、53個菌目、93個菌科、150個菌屬、159個菌種。Alpha多樣性分析提示高齲組物種豐富度和均勻度低于無齲組。Beta多樣性分析顯示高齲和無齲樣本群落結構相似,組間無顯著分離。兩組中,優(yōu)勢菌門為放線菌門、變形菌門、厚壁菌門、擬桿菌門、梭桿菌門等;優(yōu)勢菌屬為放線菌屬、棒狀桿菌屬、奈瑟菌屬、羅氏菌屬、鏈球菌屬、二氧化碳嗜纖維菌屬等。LEfSe分析顯示,高齲組顯著豐富的微生物菌群有羅氏菌屬、嗜血桿菌屬、金氏菌屬、齲齒羅氏菌、奈瑟桿菌等(P <0.05);無齲組顯著豐富的微生物菌群有梭桿菌門、纖毛菌屬、LeptotrichiasporalcloneI
【文章來源】:中國實用口腔科雜志. 2020,13(10)
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
高齲組在屬水平上的物種相對豐度分布
無齲組在屬水平上的物種相對豐度分布
測序數(shù)據(jù)經(jīng)97%相似度水平劃分繪制成稀釋曲線(圖3),圖中每條曲線均趨于平緩,并到達平臺區(qū),且所有樣本的Good′s_coverage評估達99.8%以上,提示該測序數(shù)據(jù)量可靠,足夠反映當前研究對象所包含的微生物多樣性。對兩組的Alpha多樣性分析指數(shù)(Shannon、Simpson、Chao1、ACE指數(shù))進行統(tǒng)計(表1),并進行獨立樣本t檢驗和Wilcoxon秩和檢驗,結果顯示,高齲組Alpha多樣性指數(shù)低于無齲組,但差異均無統(tǒng)計學意義(P>0.05),說明兩組樣本的物種豐富度和均勻度無顯著差異。2.4 微生物群落結構(Beta多樣性)分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]不同齲狀況母子間口腔微生物群落結構分析[J]. 于淼,儀虹,孟玲娜,敬舒涵,呂慧. 口腔醫(yī)學研究. 2010(03)
本文編號:3120070
【文章來源】:中國實用口腔科雜志. 2020,13(10)
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
高齲組在屬水平上的物種相對豐度分布
無齲組在屬水平上的物種相對豐度分布
測序數(shù)據(jù)經(jīng)97%相似度水平劃分繪制成稀釋曲線(圖3),圖中每條曲線均趨于平緩,并到達平臺區(qū),且所有樣本的Good′s_coverage評估達99.8%以上,提示該測序數(shù)據(jù)量可靠,足夠反映當前研究對象所包含的微生物多樣性。對兩組的Alpha多樣性分析指數(shù)(Shannon、Simpson、Chao1、ACE指數(shù))進行統(tǒng)計(表1),并進行獨立樣本t檢驗和Wilcoxon秩和檢驗,結果顯示,高齲組Alpha多樣性指數(shù)低于無齲組,但差異均無統(tǒng)計學意義(P>0.05),說明兩組樣本的物種豐富度和均勻度無顯著差異。2.4 微生物群落結構(Beta多樣性)分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]不同齲狀況母子間口腔微生物群落結構分析[J]. 于淼,儀虹,孟玲娜,敬舒涵,呂慧. 口腔醫(yī)學研究. 2010(03)
本文編號:3120070
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