口腔疣狀癌(oral verrucous carcinoma, OVC)是一種不同于鱗癌的有著獨(dú)特的病理學(xué)特征和生物學(xué)行為的獨(dú)立性疾病,其發(fā)病機(jī)制尚不清楚。DNA甲基化芯片和生物信息學(xué)技術(shù)的發(fā)展提高了我們對(duì)疾病的生物學(xué)的研究和探討疾病分子機(jī)制能力。本研究采用甲基化DNA免疫沉淀(Methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)結(jié)合NibleGen CpG promoter芯片技術(shù)探討口腔疣狀癌及其正常對(duì)照組織中基因組DNA甲基化情況,并采用多種生物信息學(xué)方法對(duì)甲基化基因進(jìn)行分析,為進(jìn)一步探討OVC發(fā)生的分子機(jī)制和發(fā)現(xiàn)治療靶基因奠定基礎(chǔ)。 目的：分析口腔疣狀癌DNA甲基化位點(diǎn)上基因,挖掘其隱含的生物學(xué)意義。 方法：收集5例口腔疣狀癌癌組織及相應(yīng)患者的正常粘膜組織,采用甲基化DNA免疫沉淀(Methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)分別和十張NibleGen CpG promoter芯片進(jìn)行雜交,對(duì)雜交信號(hào)進(jìn)行掃描以及原始數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化處理和比較分析。利用多種生物信息學(xué)工具和軟件對(duì)篩選基因進(jìn)行染色體定位分析、GO (Gene Ontology)分析、Pathway分析。 結(jié)果：芯片雜交結(jié)果符合質(zhì)量控制要求,按照Peak Count2為篩選標(biāo)準(zhǔn),腫瘤中發(fā)生超甲基化位點(diǎn)的有1023個(gè),這些位點(diǎn)包含了1248個(gè)基因,其甲基化位點(diǎn)在其啟動(dòng)子內(nèi)或者上下游發(fā)生甲基化,489個(gè)(47.8%)甲基化位點(diǎn)發(fā)生在CpG島上。發(fā)生去甲基化位點(diǎn)的有640個(gè),包含了780個(gè)基因,474個(gè)(74.06%)甲基化位點(diǎn)位于基因的啟動(dòng)子區(qū)域；363個(gè)(56.71%)甲基化位點(diǎn)位于發(fā)生在CpG上。 染色體定位分析可見(jiàn)在腫瘤組織中分布于1,17號(hào)染色體上的發(fā)生甲基化位點(diǎn)最多, Y染色體上的甲基化位點(diǎn)最少；在正常組織中定位在19號(hào)染色體上的發(fā)生甲基化位點(diǎn)最多,其次為17號(hào)染色體；Y染色體上去甲基化位點(diǎn)最少。 GO分析顯示口腔疣狀癌差異甲基化基因細(xì)胞成分大部分為細(xì)胞核以及整合于細(xì)胞膜上。生物學(xué)過(guò)程主要參與信號(hào)傳導(dǎo),DNA依賴的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié),G-protein偶聯(lián)蛋白受體信號(hào)通路,氧化還原等生物過(guò)程；分子功能上大部分基因?yàn)榈鞍捉Y(jié)合分子,鈣鋅結(jié)合分子,肽鏈內(nèi)切酶的活性序列特異性DNA斷裂及蛋白質(zhì)GTP酶激活因子等分子功能相關(guān)； Pathway分析結(jié)果顯示口腔疣狀癌甲基化基因主要參與神經(jīng)活性配受受體相互作用,NK細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性,細(xì)胞凋亡,細(xì)胞因子間相互作用、MARK信號(hào)通路等通路。 結(jié)論： 1.口腔疣狀癌與對(duì)應(yīng)的正�？谇徽衬そM織DNA甲基化位點(diǎn)存在差異； 2.口腔疣狀癌發(fā)生甲基化和去甲基化區(qū)域的大部分位于基因的啟動(dòng)子區(qū)并且大部分為CpG島； 3.運(yùn)用生物信息學(xué)工具可快速、平行地分析大量的基因芯片數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)對(duì)甲基化基因初步的功能歸類,為口腔疣狀癌的發(fā)病機(jī)制提供新的思路。
【學(xué)位單位】：中南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2010
【中圖分類】：R739.8
【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語(yǔ)表
前言
第一章 口腔疣狀癌DNA甲基化基因研究分析
    1.1 材料和方法
        1.1.1 材料
        1.1.2 方法
    1.2 結(jié)果與分析
        1.2.1 組織標(biāo)本DNA鑒定結(jié)果
        1.2.2 芯片雜交結(jié)果
        1.2.3 芯片數(shù)據(jù)結(jié)果分析及染色體定位
        1.2.4 GO分析
        1.2.5 pathway分析
    1.3 討論
第二章 全文主要結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述
致謝

【引證文獻(xiàn)】

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前3條

1 朱文淵;DNA甲基轉(zhuǎn)移酶在口腔疣狀癌中的表達(dá)研究[D];中南大學(xué);2011年

2 盧若煌;口腔疣狀癌中TGFBI、KLK7及BNIP3基因的表達(dá)[D];中南大學(xué);2011年

3 汪偉明;KLK6、KRT 13在口腔疣狀癌中的表達(dá)的研究[D];中南大學(xué);2011年

本文編號(hào)：2844628