【摘要】：研究背景 先天性唇腭裂(CL/P)是一種臨床較為常見的先天缺陷性疾病,我國(guó)最新的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)顯示:CL/P總體患病率為16.63/10000。CL/P不但影響患者的外形、營(yíng)養(yǎng)、語言、聽力、發(fā)育等生理內(nèi)容,更重要的是影響了患者心理健康。客觀上給社會(huì)和家庭造成了負(fù)擔(dān)。根據(jù)是否伴有身體其他先天畸形,先天性唇腭裂常分為綜合征型唇腭裂(SCL/P)和非綜合征型唇腭裂(NSCL/P)兩種。作為常見性狀的NSCL/P,其發(fā)病與后天環(huán)境因素密切相關(guān),其個(gè)體內(nèi)在的遺傳基礎(chǔ)與環(huán)境因素交互起作用,而這種遺傳機(jī)制涉及到多個(gè)基因,其遺傳方式復(fù)雜。通過尋找CL/P的易感基因,有助于理解CL/P內(nèi)在的發(fā)病機(jī)理,篩選CL/P的發(fā)生發(fā)展中起關(guān)鍵作用的基因,對(duì)于遺傳咨詢及特異性干預(yù)具有重要意義。 干擾素調(diào)節(jié)因子-6(IRF6)基因作為迄今學(xué)者們研究最多的CL/P候選基因之一,其編碼蛋白IRF6是口腔及頜面部發(fā)育的關(guān)鍵元素,已證實(shí)其突變可導(dǎo)致Van der Woude綜合征(VWS )以及乆窩翼狀胬肉綜合征(PPS),此外,有學(xué)者認(rèn)為IRF6基因的多態(tài)性與NSCL/P的發(fā)病有顯著相關(guān)性,并認(rèn)為單純性唇裂或腭裂發(fā)生的12%的遺傳因素可歸因于IRF6基因的變異,已證實(shí)有IRF6基因突變的唇腭裂兒童家族中再發(fā)幾率是常人的三倍。 研究目的 1.分析廣東地區(qū)健康人IRF6基因結(jié)構(gòu); 2.了解IRF6基因的變異在廣東地區(qū)健康人中的分布特點(diǎn); 3.發(fā)現(xiàn)存在于廣東地區(qū)唇腭裂患者IRF6基因編碼區(qū)序列的致病位點(diǎn); 4.初步篩選出與廣東地區(qū)非綜合征型唇腭裂患者可能關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn); 5.為下一階段的大樣本實(shí)驗(yàn)提供研究基礎(chǔ)。 研究方法 1.研究設(shè)計(jì) 共分為以下三個(gè)實(shí)驗(yàn)部分: 第一部分:廣東地區(qū)健康人IRF6基因序列的測(cè)序研究 第二部分:廣東地區(qū)唇腭裂患者IRF6基因編碼區(qū)序列特點(diǎn)分析 第三部分:IRF6基因SNPs與廣東地區(qū)非綜合征唇腭裂相關(guān)性的初步探討 2.研究對(duì)象 2.1健康人:本研究共收集13名無血緣關(guān)系的廣東籍貫漢族健康人血液樣本,男7例,女6例,具體納入標(biāo)準(zhǔn)是:(l)所有研究對(duì)象均為中國(guó)廣東籍貫漢族人群;(2)家族中均無唇腭裂患者;(3)無其它先天性疾病或先天畸形,無重要臟器疾病。 2.2 CL/P患者:42例病例樣本來自2009年1~6月就診于廣州市婦女兒童醫(yī)療中心五官病區(qū)的連續(xù)住院患者及部分患者雙親,均為廣東籍。VWS綜合征三人核心家庭1例(包括先證者及其患病母親),NSCL/P患者共40例,其中包括1個(gè)CLP雙生子家庭、1對(duì)單純性腭裂(CPO)雙生子、2個(gè)NSCL/P家庭。 3.研究方法 3.1全血DNA試劑盒提取基因組DNA; 3.2目的片段擴(kuò)增采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)技術(shù); 3.3基因型分型采用直接測(cè)序法; 3.4統(tǒng)計(jì)分析采用Hard-Weinberg Equilibrium平衡分析(H-W平衡)、病例-對(duì)照比較(Case-Control Comparisons)、Fisher精確檢驗(yàn)法、相對(duì)危險(xiǎn)度(odd ratio,OR)和95%可信區(qū)間(95% CI)。 結(jié)果 1.在廣東地區(qū)健康人樣本中共擴(kuò)增IRF6基因片段總長(zhǎng)度25016～25046bp,共10個(gè)外顯子,其中外顯子1、2和10的全部序列、以及外顯子3的小部分和外顯子9的大部分為非編碼區(qū)。外顯子共2215bp,編碼區(qū)序列共1404bp,內(nèi)含子部分由于不同個(gè)體重復(fù)序列長(zhǎng)短不同而略有差別。 2.向Genbank提交兩條廣東地區(qū)健康人IRF6基因序列,分別為:HQ875393、JF346417。 3.在廣東地區(qū)13個(gè)健康人樣本的IRF6基因中共發(fā)現(xiàn)64個(gè)變異位點(diǎn),均為NCBI dbSNP已報(bào)道的SNP位點(diǎn),其中編碼區(qū)存在兩個(gè)變異位點(diǎn),分別是c.459GT和c.820GA。所有變異位點(diǎn)均為二等位基因型。 4.在廣東地區(qū)CL/P患者IRF6基因編碼區(qū)序列共檢測(cè)到3個(gè)突變位點(diǎn)。其中459GT和820GA兩種突變?cè)谡?duì)照及未患病雙親中均被檢出,NSCL/P組與正常對(duì)照組之間無差異(P0.05)。1234CT僅在VWS綜合征患者中檢出,與國(guó)際已報(bào)道的致病性突變一致。 5.rs2235375、rs2236909、rs2294408、rs2073487在NSCL/P與正常對(duì)照組之間有差異(P=0.044)。 6.尚未能證明rs2235375 GG、rs2236909 TT、rs2294408 CC、rs2073487 AA為保護(hù)因素(OR的95%CI上限大于1);也尚未能證明rs2235375 CC、rs2236909 CC、rs2294408 TT、rs2073487 GG為危險(xiǎn)因素(OR的95%CI下限小于1)。 結(jié)論 1.已向Genbank提交兩條廣東地區(qū)健康人IRF6基因序列:HQ875393、JF346417。 2.在廣東地區(qū)健康人IRF6基因中共發(fā)現(xiàn)64個(gè)SNP,其中編碼區(qū)存在兩個(gè)變異位點(diǎn),分別是c.459GT和c.820GA。 3.廣東地區(qū)CL/P患者IRF6基因編碼區(qū)存在三個(gè)突變:459GT, 820GA,1234CT。 4. IRF6基因外顯子9的1234CT突變可能是廣東地區(qū)VWS患者的一個(gè)致病因素。 5. rs2235375、rs2236909、rs2294408、rs2073487在NSCL/P與正常對(duì)照組之間有差異(P=0.044)。 6.尚不能認(rèn)為13個(gè)標(biāo)簽SNP的基因型中存在保護(hù)因素或危險(xiǎn)因素。 7.部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果與文獻(xiàn)中的情況有所差別,這可能由于樣本來自非隨機(jī)連續(xù)樣本、以及樣本量較小引起的統(tǒng)計(jì)偏差,有待加大樣本進(jìn)一步研究。
【學(xué)位授予單位】：廣州醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：R782.2
【圖文】：

圖 2-1： 459G>T， 820G>A，1234C>T 突變測(cè)序圖。2a、2b、2c 為 c.459G>T 測(cè)序圖：分別為 GG、GT、TT 基因型； 3a、3b、3c 為 c.820G>A測(cè)序圖：分別為 GG、GA、AA 基因型；4a、4b 為 c.1234C>T 測(cè)序圖：a 為 VWS 患者、b 為正常對(duì)照組；箭頭所指均為基因突變位點(diǎn)。2. NSCL/P 組測(cè)序結(jié)果分析隨后，我們對(duì) 40 名 NSCL/P 患者的編碼區(qū)序列進(jìn)行分析，僅檢出 459G>T 與820G>A 這兩種突變。NSCL/P 組中 459G>T T 等位基因頻率為 48.8%，在正常對(duì)照組為 26.9%，兩組無差異（P＞0.05）；NSCL/P 組中 820G>A A 等位基因頻率為33.8%，在正常對(duì)照組為 19.2%，兩組亦無差異（P＞0.05）（見表 2-2）。表2-2 459G>T和820G>A突變?cè)趯?duì)照與NSCL/P組中的分布正常對(duì)照組459G>T 820G>AG T G A19(73.1%)7(26.9%)21(80.8%)5(19.2%)

圖 3-1： 各標(biāo)簽 SNP 基因型測(cè)序圖注：因 rs2235371 和 rs2013162 為位于 IRF6 編碼區(qū)的 SNP，已在第二部分討論，正常對(duì)照組與 NSCL/P 組之間無差異（P＞0.05）。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 馬堅(jiān);黃永清;馬敏;伍俊;朱露穎;高軍;張雷;李亞娣;石冰;;中國(guó)西部人群IRF6基因V274I位點(diǎn)SNP與非綜合征型唇腭裂相關(guān)性的研究[J];實(shí)用口腔醫(yī)學(xué)雜志;2008年03期

本文編號(hào)：2804993