本文關(guān)鍵詞：基于高通量測(cè)序的中國(guó)地鼠頰囊鱗癌轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)研究

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【摘要】：目的:利用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(RNA-seq)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)(RT-q PCR),篩選中國(guó)地鼠口腔頰囊黏膜鱗癌組織(OSCC)和正常組織的差異表達(dá)基因,從轉(zhuǎn)錄組層面和基因表達(dá)角度探索口腔鱗癌發(fā)生發(fā)展的內(nèi)在機(jī)制,探討候選基因在腫瘤的侵襲轉(zhuǎn)移中的分子機(jī)制和臨床意義。方法:利用DMBA(9,10-Dimethyl-1,2-Benzanthracene,二甲基苯并蒽)涂抹法建立中國(guó)地鼠頰囊黏膜鱗癌的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型;通過(guò)高通量RNA-seq技術(shù)構(gòu)建中國(guó)地鼠口腔鱗癌組織和正常組織的差異表達(dá)基因譜,并采用GO富集分析和KEGG通路富集分析對(duì)篩選出的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分析;收集中國(guó)地鼠口腔鱗癌組織和正常組織,利用RT-q PCR驗(yàn)證候選基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9的m RNA表達(dá)水平。結(jié)果:研究結(jié)果表明,模型組中國(guó)地鼠頰囊黏膜經(jīng)歷了上皮單純?cè)錾�、上皮異常增生、原位癌、鱗狀細(xì)胞癌等階段。腫瘤組織(Cancer組)和正常組織(Normal組)經(jīng)轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析(|log2Ratio|≥1和Corrected P-value0.05),共確定了194個(gè)差異顯著基因,其中66個(gè)基因明顯下調(diào),128個(gè)基因明顯上調(diào)。差異表達(dá)基因的GO和KEGG功能注釋分析共確定了與OSCC密切相關(guān)的120條生物學(xué)過(guò)程和8條信號(hào)通路,主要富集的GO生物過(guò)程有細(xì)胞趨化、細(xì)胞遷移、細(xì)胞運(yùn)動(dòng)和細(xì)胞定位等,在OSCC中明顯激活的信號(hào)通路主要有腫瘤壞死因子信號(hào)通路、趨化因子信號(hào)通路、細(xì)胞因子間相互作用、細(xì)胞外基質(zhì)受體相互作用。候選基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9 m RNA表達(dá)水平在OSCC中顯著上調(diào),利用RT-q PCR得到了驗(yàn)證。結(jié)論:本研究首次利用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)中國(guó)地鼠OSCC組織和正常組織進(jìn)行了全面的生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)從正常到OSCC的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中共有194個(gè)基因的表達(dá)出現(xiàn)異常,從而導(dǎo)致腫瘤壞死因子信號(hào)通路、趨化因子信號(hào)通路、細(xì)胞因子間相互作用、細(xì)胞外基質(zhì)受體相互作用等8個(gè)關(guān)鍵信號(hào)通路的活化,其中差異表達(dá)基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9在腫瘤壞死因子信號(hào)通路、趨化因子信號(hào)通路中顯著富集,可能成為OSCC診斷和治療的靶基因,但其在OSCC發(fā)生發(fā)展中的機(jī)制仍需進(jìn)一步研究。
【關(guān)鍵詞】：口腔鱗狀細(xì)胞癌 高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 差異表達(dá)基因 基因本體論 KEGG通路
【學(xué)位授予單位】：山西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R739.8
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-10
• 常用縮寫(xiě)詞中英文對(duì)照表10-11
• 前言11-14
• 第一部分 DMBA誘導(dǎo)中國(guó)地鼠口腔頰囊黏膜鱗癌動(dòng)物模型的建立14-24
• 1 材料與方法14-17
• 1.1 材料14-15
• 1.2 方法15-17
• 2 結(jié)果17-21
• 2.1 肉眼觀察17-18
• 2.2 光鏡觀察18-21
• 3 討論21-23
• 4 結(jié)論23-24
• 第二部分 基于高通量轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的中國(guó)地鼠口腔頰囊黏膜鱗癌差異表達(dá)基因的初步篩選24-44
• 1 材料與方法24-31
• 1.1 材料24-25
• 1.2 方法25-31
• 2 結(jié)果31-40
• 2.1 mRNA轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的構(gòu)建31
• 2.2 RNA-seq數(shù)據(jù)處理31-33
• 2.3 差異表達(dá)分析33-35
• 2.4 差異表達(dá)GO分析35-38
• 2.5 差異表達(dá)KEGG分析38-40
• 3 討論40-43
• 4 結(jié)論43-44
• 第三部分 候選基因在口腔頰囊黏膜鱗癌的RT-qPCR驗(yàn)證44-56
• 1 材料與方法44-49
• 1.1 材料44-45
• 1.2 實(shí)驗(yàn)方法45-49
• 2 結(jié)果49-53
• 3 討論53-55
• 4 結(jié)論55-56
• 參考文獻(xiàn)56-65
• 綜述65-78
• 參考文獻(xiàn)72-78
• 致謝78-79
• 在學(xué)期間承擔(dān)/參與的科研課題與研究成果79-80
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷80

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