拷貝數(shù)變異是人類(lèi)基因組遺傳多樣性的重要組成部分,是當(dāng)前的研究熱點(diǎn).然而相應(yīng)的關(guān)聯(lián)研究方法不多,尤其是個(gè)體有血緣關(guān)系時(shí).本文基于相關(guān)個(gè)體,在Cochran-Armitage趨勢(shì)檢驗(yàn)的基礎(chǔ)上,針對(duì)拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)是可基因分型和不可基因分型兩種情形,推導(dǎo)出檢驗(yàn)方法 MTT.隨機(jī)模擬結(jié)果表明:MTT方法具有良好的功效表現(xiàn),適用范圍更廣.同時(shí),本文比較了不同數(shù)據(jù)采集方案對(duì)MTT功效的影響,結(jié)果表明相關(guān)病例不相關(guān)對(duì)照具有較高的性?xún)r(jià)比.運(yùn)用MTT分析孤獨(dú)癥真實(shí)數(shù)據(jù),檢測(cè)出與疾病顯著相關(guān)的拷貝數(shù)變異位點(diǎn)和相關(guān)基因,基因功能富集分析和文獻(xiàn)檢索說(shuō)明了結(jié)果的可靠性,這為后續(xù)研究提供了指引. 

【文章來(lái)源】：復(fù)旦學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,59(06)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【部分圖文】：

家系數(shù)據(jù)和（b）相關(guān)病例不相關(guān)對(duì)照數(shù)據(jù)中，零假設(shè)下MTT的P值與均勻分布的Q-Q圖

隨機(jī)模擬3：傳統(tǒng)家系數(shù)據(jù)的研究方法聚焦于一對(duì)父母和患病小孩，例如傳遞不平衡檢驗(yàn)（Transmission Disequilibrium Test,TDT)[21],FBAT(Family-Based Association Test)[22]等．這些家系中若存在健康小孩（Sibling）的信息，則通常會(huì)忽略．而使用MTT可以利用家系中健康小孩的信息來(lái)提升檢驗(yàn)功效．為此，我們比較如下3種數(shù)據(jù)收集方案對(duì)功效的影響，方案Ⅰ：每個(gè)家庭包含一對(duì)健康父母加一個(gè)患病小孩；方案Ⅱ：每個(gè)家庭在方案Ⅰ基礎(chǔ)上加一個(gè)健康小孩；方案Ⅲ：每個(gè)家庭在方案Ⅰ基礎(chǔ)上加一個(gè)健康人群對(duì)照．家庭數(shù)量定為500個(gè)（方案Ⅰ包含1 500個(gè)個(gè)體，方案Ⅱ包含2 000個(gè)個(gè)體，方案Ⅲ包含2 000個(gè)個(gè)體）．圖3 相關(guān)病例不相關(guān)對(duì)照數(shù)據(jù)中，CATT和MTT方法在3種疾病模型下的功效

圖2 家系數(shù)據(jù)中，CATT、GE和MTT方法在3種疾病模型下的功效從模擬結(jié)果圖4中可以看出，方案Ⅲ表現(xiàn)最佳，而方案Ⅱ與方案Ⅰ相比，在功效表現(xiàn)上并沒(méi)有多少提升，這個(gè)結(jié)果有些出乎預(yù)料．其原因可能是未患病小孩的遺傳信息和兩位健康父母接近（這也是有研究方法用未患病小孩信息來(lái)估計(jì)缺失的父母信息的原因之一），因而并不能為統(tǒng)計(jì)量提供更多的額外信息．

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]新一代測(cè)序的拷貝數(shù)變異檢測(cè)算法研究與設(shè)計(jì)[J]. 李燕,李垚垚.  生物信息學(xué). 2015(03)
[2]基因組拷貝數(shù)變異及其突變機(jī)理與人類(lèi)疾病[J]. 杜仁騫,金力,張鋒.  遺傳. 2011(08)



本文編號(hào)：3531425