發(fā)布時(shí)間：2020-12-22 04:45

　　精神疾病在全球范圍是主要的公共衛(wèi)生問題之一,其涉及人群之廣,年齡層次之多,經(jīng)濟(jì)損失之大,都使得研究人員不得不重視其致病機(jī)制與治療方法。精神疾病存在大量的伴發(fā)癥,為了充分利用精神疾病的伴發(fā)癥信息,本文充分利用電子病歷數(shù)據(jù)對(duì)精神疾病的共病疾病進(jìn)行了提取,找到了臨床上與精神疾病存在顯著共病關(guān)系的疾病。共病現(xiàn)象對(duì)于疾病分子機(jī)制分析、遺傳因研究及疾病的治理與預(yù)防有非常關(guān)鍵的作用,但目前利用大規(guī)模臨床疾病共病信息去發(fā)現(xiàn)疾病潛在的分子機(jī)制研究很少,這對(duì)于精神疾病大量的伴發(fā)癥信息無疑是一種浪費(fèi)。本文通過收集臨床上的共病數(shù)據(jù),最終得到了825對(duì)“精神疾病-伴發(fā)癥”共病對(duì),并仔細(xì)整合了涉及疾病的基因、蛋白質(zhì)復(fù)合物、生物通路等多層次的疾病分子機(jī)制信息�；谏鲜鰯�(shù)據(jù),本文根據(jù)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)在局部最優(yōu)的原則下利用網(wǎng)絡(luò)分解算法對(duì)基因關(guān)系進(jìn)行了評(píng)估,并開發(fā)了基于多特征融合的貝葉斯模型方法對(duì)精神疾病的基因進(jìn)行重新打分。該方法可以綜合利用疾病-基因關(guān)系、疾病的共病信息、基因相互作用信息與疾病通路信息對(duì)疾病基因關(guān)系進(jìn)行評(píng)估,并對(duì)精神疾病相關(guān)基因與基因型信息進(jìn)行了種族差異分析與性別差異分析。 

【文章來源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1分子網(wǎng)絡(luò)中的擾動(dòng)擾亂了生物學(xué)途徑并導(dǎo)致人類疾病[12]

2.2.2 疾病與基因關(guān)系數(shù)據(jù)(1) OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)OMIM 由專業(yè)科研團(tuán)隊(duì)根據(jù)已發(fā)表的生物類、醫(yī)學(xué)類文獻(xiàn)對(duì)遺傳性疾病的分子機(jī)制相關(guān)信息或者表型與基因相關(guān)信息進(jìn)行人工核查與校正整理出的綜合性數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫每日更新，其中有著大量表型-基因、疾病-基因信息，側(cè)重遺傳疾病基因信息的收集，是人類基因和遺傳疾病的在線目錄[23]。我們下載到其截止 2018-12-14 的記錄，通過 UMLS（一體化醫(yī)學(xué)語言系統(tǒng)）整合，共提取到了 19,321 種疾病-基因信息，其中涉及到 84 種精神疾病與 271 對(duì)精神疾病-基因?qū)�。圖 2-1 MIMIC II 臨床信息處理流程圖

本文下載了 gnomAD（version2.0.2）基因組 VCF 文件，并對(duì)每個(gè) SNP 在同性別與種族中的等位基因發(fā)生頻率（Allele frequency）信息進(jìn)行了收集。2.2.5 精神疾病生物通路信息收集1） WikiPathwaysWikiPathways（http://www.wikipathways.org）是一個(gè)開放的協(xié)作平臺(tái)，用生物通路數(shù)據(jù)可視化以及分析生物途徑模型。WikiPathways 通過流行的獨(dú)立工圖 2-2 gnomAD 數(shù)據(jù)庫與其他 SNP 相關(guān)數(shù)據(jù)庫中關(guān)于種族信息量的對(duì)比[27]

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基因預(yù)測方法的研究進(jìn)展[J]. 張恩民,海榮,俞東征.  中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2009(03)



本文編號(hào)：2931155