本文關(guān)鍵詞：基于互信息研究的乳腺癌與阿爾茨海默癥的免疫系統(tǒng)發(fā)病機(jī)理探尋　出處：《中國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào)》2016年03期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 乳腺癌 阿爾茨海默癥 互信息 快速網(wǎng)絡(luò)成分分析 機(jī)體免疫

【摘要】：近年來,越來越多的流行病學(xué)研究顯示多種癌癥與阿爾茨海默癥(AD)呈現(xiàn)負(fù)相關(guān),但分子生物學(xué)機(jī)制尚不明確。從基因信號(hào)傳導(dǎo)及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方面研究這種負(fù)相關(guān),將對(duì)兩種疾病致病機(jī)理的探尋起重要作用。選取乳腺癌(BC)與AD進(jìn)行對(duì)比研究�？紤]到傳統(tǒng)特征基因提取方法注重單個(gè)基因在不同樣本中的表達(dá)差異而忽視基因之間的關(guān)聯(lián)性,從基因之間的關(guān)聯(lián)性出發(fā),利用互信息(MI)首先提取兩種疾病中共有的差異表達(dá)基因作為特征基因。在此基礎(chǔ)上,鑒于網(wǎng)絡(luò)成分分析(NCA)約束條件較強(qiáng)、運(yùn)行時(shí)間過長(zhǎng)等局限性,采用快速網(wǎng)絡(luò)成分分析算法(Fast NCA),推演出特征基因中轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)活性及其對(duì)靶基因的調(diào)控強(qiáng)度,并分別構(gòu)建兩種疾病的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,轉(zhuǎn)錄因子POLR2E、RFC5、THOC4、FBXO22、KPNA1、MYST3、PTBP1等在兩種疾病中表達(dá)活性及調(diào)控作用相反,如轉(zhuǎn)錄因子RFC5的表達(dá)活性從健康到BC患病過程中由0.269降低至0.077,而從健康到AD患病過程中則由-0.430升高至0.307。通過分子生物學(xué)分析可知,它們所影響的調(diào)控關(guān)系及生物過程對(duì)BC及AD的致病起著關(guān)鍵作用,對(duì)兩種疾病之間呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)性機(jī)制的探尋具有重要意義。
[Abstract]:In recent years, more and more epidemiological studies have shown that multiple cancers have a negative correlation with Alzheimer's disease (AD), but the molecular biological mechanism is not yet clear. The study of this negative correlation from genetic signal transduction and regulatory network will play an important role in the exploration of the pathogenesis of the two diseases. Breast cancer (BC) was compared with AD. Considering the traditional feature extraction method of gene expression between individual genes in different samples and ignore the correlation between genes, starting from the relationship between genes, the use of mutual information (MI) extracted from two kinds of diseases are common differentially expressed genes as the characteristic gene. On this basis, in view of the network component analysis (NCA) constraint conditions of strong and long operation time limitations, using fast network component analysis algorithm (Fast NCA), the expression of transcription factor activity to deduce the feature genes and the intensity of regulation of target genes, transcriptional regulatory networks were constructed and two kinds of diseases. The experimental results show that the transcription factor POLR2E, RFC5, THOC4, FBXO22, KPNA1, MYST3 and PTBP1 in two kinds of disease activity and expression of opposite regulation, such as the expression of the transcription factor RFC5 from healthy to the prevalence of BC process decreased from 0.269 to 0.077, and from health to AD in the course of illness is increased from -0.430 to 0.307. Through molecular biological analysis, we can know that their regulatory relationships and biological processes play a key role in the pathogenesis of BC and AD. It is important to explore the mechanism of negative correlation between the two diseases.
【作者單位】： 上海海事大學(xué)信息工程學(xué)院;美國(guó)羅文大學(xué)生物化學(xué)系;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(61271466) 上海市教委科研創(chuàng)新項(xiàng)目(15ZZ079)
【分類號(hào)】：R737.9;R749.16
【正文快照】： 2(美國(guó)羅文大學(xué)生物化學(xué)系,美國(guó)新澤西08028)引言近年來,越來越多的流行病學(xué)統(tǒng)計(jì)顯示癌癥與老年癡呆癥特別是阿爾茨海默癥(Alzheimer'sdisease,AD)之間呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)即癌癥患者患AD的可能性較其他人大幅降低,反之亦然[1]。為了更清楚地了解癌癥和AD之間負(fù)相關(guān)關(guān)系,很多學(xué)者就癌癥

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1 朱e，

本文編號(hào)：1338114