本文關(guān)鍵詞：阿爾茲海默病外周血轉(zhuǎn)錄組擾動(dòng)分析和基因組罕見變異關(guān)聯(lián)分析　出處：《中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所》2014年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：血液作為一種易于獲取的生物組織,在阿爾茲海默病(AD)相關(guān)的生物標(biāo)識(shí)物研究中被廣泛應(yīng)用。但是利用外周血轉(zhuǎn)錄組作為疾病早期診斷的一種方法,仍然需要更加廣泛的實(shí)踐和論證。本研究廣泛利用公共數(shù)據(jù)作為知識(shí)學(xué)習(xí)和發(fā)現(xiàn)手段,整理收集現(xiàn)有公共數(shù)據(jù),對(duì)每組數(shù)據(jù)分別進(jìn)行常規(guī)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析,并對(duì)AD外周血轉(zhuǎn)錄組擾動(dòng)基因相關(guān)的細(xì)胞生物學(xué)功能進(jìn)行綜合的研究,這種分析方式能夠最大限度地利用現(xiàn)有數(shù)據(jù)并且最大程度地避免轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)異質(zhì)性的影響。我們?cè)诙嘟M公共數(shù)據(jù)分析的基礎(chǔ)上得出了較為綜合的結(jié)論：AD相關(guān)的外周血轉(zhuǎn)錄組擾動(dòng)主要體現(xiàn)在環(huán)境應(yīng)答通路相關(guān)基因的上調(diào)表達(dá)；核心代謝通路相關(guān)基因的下調(diào)表達(dá)。通過對(duì)比其他類型的復(fù)雜疾病,發(fā)現(xiàn)上述擾動(dòng)特征是AD特異性的。CI(mild cognitive impairment,輕度認(rèn)知障礙)組的基因表達(dá)擾動(dòng)也表現(xiàn)出類似的趨勢(shì)。我們利用一組小樣本量的獨(dú)立實(shí)驗(yàn)對(duì)AD外周血轉(zhuǎn)錄組特征性的擾動(dòng)進(jìn)行了驗(yàn)證。最后,我們探討了血液轉(zhuǎn)錄組出現(xiàn)這種擾動(dòng)的原因以及血液轉(zhuǎn)錄組擾動(dòng)在AD疾病進(jìn)程中可能的作用。 AD相關(guān)的基因組變異分析一直是研究熱點(diǎn)。然而,多基因復(fù)雜疾病相關(guān)的基因組變異分析是一個(gè)難題�，F(xiàn)在普遍認(rèn)為,個(gè)體中存在的多個(gè)重要的功能基因組變異會(huì)共同作用引起疾病。在全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)(GWAS)出現(xiàn)之前,主要依靠連鎖分析對(duì)AD相關(guān)的染色體區(qū)域進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。GWAS技術(shù)出現(xiàn)之后,AD相關(guān)的基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)研究使得我們對(duì)AD相關(guān)的基因組常見變異(common SNP)的認(rèn)識(shí)在短短幾年的時(shí)間內(nèi)有了很大的進(jìn)步,Lambert等利用meta方法分析并確定了21個(gè)AD相關(guān)的常見變異,這是目前樣本數(shù)目最大的一組AD全基因組關(guān)聯(lián)分析研究。需要指出的是,GWAS研究的理論依據(jù)是常見疾病-常見變異假說(common disease-common variant, CDCV),即認(rèn)為常見疾病的基因組原因應(yīng)從常見變異當(dāng)中尋找。從現(xiàn)在的GWAS研究結(jié)果來看,已發(fā)現(xiàn)的關(guān)聯(lián)SNP無法完全解釋AD的遺傳性,所以常見疾病-罕見變異的假說(common disease-rare variant, CDRV)越來越受重視。本研究主要利用ADNI(Alzheimer Disease Neuron Imaging)項(xiàng)目發(fā)布的全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行AD相關(guān)的罕見變異(rare variant)分析。研究使用了三種已有的罕見變異分析方法,初步得到137個(gè)AD相關(guān)的罕見變異相關(guān)基因,為了系統(tǒng)性的篩選和解釋我們所發(fā)現(xiàn)的罕見變異相關(guān)基因,我們嘗試構(gòu)建了一個(gè)基于貝葉斯理論的疾病打分網(wǎng)絡(luò),試圖對(duì)發(fā)現(xiàn)的罕見變異進(jìn)行排名和篩選,得到了排名前20的相關(guān)基因。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R749.16

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 陸惠明;;基于MATLAB的液壓鉆機(jī)減速器多目標(biāo)優(yōu)化設(shè)計(jì)[J];探礦工程(巖土鉆掘工程);2012年03期

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本文編號(hào)：1316302