本文關(guān)鍵詞：吉林省水痘—帶狀皰疹病毒基因型別鑒定及疫苗株全基因組測(cè)定分析

  更多相關(guān)文章： 水痘-帶狀皰疹病毒 基因型 單核苷酸多態(tài)性 Oka疫苗株 野毒株 基因組

【摘要】：目的分析吉林省水痘-帶狀皰疹病毒(VZV)流行株的基因型別,區(qū)分疫苗株與野毒株以及對(duì)VZV疫苗株進(jìn)行全基因測(cè)序分析。方法選擇2014年1—12月在吉林省收集的13份疑似水痘患者的皰疹液或咽拭子樣本。提取樣本DNA,采用DNA聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增病毒基因組的15個(gè)開放閱讀框(ORFs),結(jié)合單核苷酸多態(tài)性(SNP)方法確定病毒株的基因型別；用聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(PCR-RFLP)方法區(qū)分野毒株與Oka-V疫苗株。整理序列資料,從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)下載VZV各基因型參考株的序列資料,采用MEGA5軟件進(jìn)行基因序列對(duì)比分析。水痘減毒活疫苗Oka-BK的全基因測(cè)序采用PCR分段擴(kuò)增片段,進(jìn)行測(cè)序及序列分析,并與野毒株進(jìn)行比較,繪制種系發(fā)育樹,分析其與其他株VZV的同源性。結(jié)果13份疑似水痘患者的皰疹液或咽拭子樣本中,男性5份,女性8份,年齡11～27歲,平均為(16.69±5.48)歲,出疹后采樣日期為0～3 d。13份疑似樣本中,8份為VZV陽性。SNP分析顯示,8份陽性樣本均為Clade 2遺傳支：與Oka-V疫苗株相比,8份樣本在SNP18082位點(diǎn)上均發(fā)生了T→C的同義突變。PCR-RFLP方法區(qū)分野毒株與疫苗株結(jié)果顯示,8份臨床樣本均為野毒株(PstI+BglI+SmaI-),無疫苗相關(guān)病例。VZV疫苗Oka-BK基因組全長(zhǎng)125095 bp, G+ C含量為46.1%。基因組各區(qū)段長(zhǎng)度分別為：TRL長(zhǎng)88bp；UL長(zhǎng)104826bp; IRL長(zhǎng)89 bp; IRS長(zhǎng)7435bp; US長(zhǎng)5232 bp; TRS長(zhǎng)7422bp。Oka-BK株共有74個(gè)開放閱讀框,位于IRS的ORF 69、70、71與位于TRS的ORF 62、63、64的序列完全一致。與Dumas株相比,共有327個(gè)核苷酸位置存在差異,其中226處為5株Oka株共有的差異,101處為5株Oka株(Oka-P、Oka-V/Oka-VGSK/Oka-VMerck/Oka-BK)各自分別與Dumas的差異。有19處為插入或缺失性突變(19%),其它大部分突變?yōu)閱蝹�(gè)核苷酸替換,其中堿基轉(zhuǎn)換比堿基顛換更常見,發(fā)生率分別為75%和6%。Oka-BK與Oka-P/Oka-V/Oka-VGSK/Oka-VMerck分別存在67、44、62、69處差異。分析Oka-BK與其它VZV的轉(zhuǎn)錄激活因子以及糖蛋白的氨基酸,共發(fā)現(xiàn)13個(gè)位點(diǎn)的氨基酸疫苗株與野毒株存在差異。種系發(fā)育分析結(jié)果顯示,Oka-BK株與Oka-VGSK最為接近。結(jié)論吉林省流行的水痘-帶狀皰疹病毒均屬Clade 2遺傳支,且均為野毒株。Oka-BK株與VZV疫苗株具有高度同源性。
【關(guān)鍵詞】：水痘-帶狀皰疹病毒 基因型 單核苷酸多態(tài)性 Oka疫苗株 野毒株 基因組
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R373
【目錄】：

• 縮略詞6-7
• 摘要7-8
• Abstract8-9
• 前言9-15
• 第一部分 吉林省水痘-帶狀皰疹病毒基因型鑒定15-29
• 材料與方法15-23
• 1 材料15-18
• 1.1 樣本本來源15-17
• 1.2 主要試劑與儀器17-18
• 2 引物18-20
• 3 方法20-23
• 3.1 VZV核酸的提取20
• 3.2 PCR產(chǎn)物切膠回收純化20-21
• 3.3 VZV陽性樣本鑒定21
• 3.4 VZV基因分型的方法21
• 3.5 PCR-RFLP鑒別VZV野毒株/疫苗株21-22
• 3.6 序列測(cè)定22-23
• 3.7 序列整理和分子生物學(xué)信息分析23
• 結(jié)果23-27
• 1. 序列測(cè)定結(jié)果23
• 2. VZV基因分型結(jié)果23-24
• 3. ORF38(PstI)的PCR-RFLP結(jié)果24-25
• 4. ORF54(BglI)的PCR-RFLP結(jié)果25
• 5. ORF62(SmaI)的PCR-RFLP結(jié)果25-26
• 6. 核苷酸序列系統(tǒng)進(jìn)化樹分析26-27
• 討論27-28
• 結(jié)論28-29
• 第二部分 疫苗株全基因組測(cè)定分析29-62
• 材料與方法29-37
• 1 材料29-33
• 1.1 樣本本來源29-31
• 1.2 主要試劑與儀器31-33
• 2 引物33-34
• 3 方法34-37
• 3.1 核酸的提取34-35
• 3.2 PCR產(chǎn)物切膠回收純化35
• 3.3 目的片段的擴(kuò)增35-36
• 3.4 PCR產(chǎn)物的檢測(cè)和鑒定36-37
• 3.5 序列整理和分子生物學(xué)信息分析37
• 結(jié)果37-58
• 1. 序列測(cè)定結(jié)果37
• 2. VZV-BK全基因組序列信息37-41
• 3. Oka-BK與其它VZV全基因序列的比較41-57
• 3.1 Oka-BK與Dumas的比較41-53
• 3.2 Oka-BK與Oka-P/Oka-V/Oka-V_(GSK)/Oka-V_(Merck)的比較53-56
• 3.3 Oka-BK與其它VZV的反式激活因子、糖蛋白氨基酸的比較56-57
• 4. Oka-BK與其它VZV種系發(fā)育分析57-58
• 4.1 Oka-BK與其它VZV核苷酸親緣關(guān)系樹分析57-58
• 4.2 Oka-BK與其它VZV核苷酸遺傳距離分析58
• 討論58-61
• 結(jié)論61-62
• 參考文獻(xiàn)62-67
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文情況67-68
• 致謝68

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 陳利梅;萬壽菊黃色素的提取及性質(zhì)研究[D];華南熱帶農(nóng)業(yè)大學(xué);2004年

2 石嘉懌;天然紅心鴨蛋的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值及對(duì)血脂水平影響的研究[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2004年

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本文編號(hào)：879544