本文關(guān)鍵詞：補(bǔ)體蛋白C3c與抑制劑Compstatin的結(jié)合自由能計(jì)算

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【摘要】：采用分子動(dòng)力學(xué)模擬取樣,運(yùn)用MM-PBSA方法計(jì)算了人類C3c-Compstatin復(fù)合物的結(jié)合自由能。通過能量分解方法探究了人類補(bǔ)體蛋白C3c上抑制劑結(jié)合域MG4～MG5(巨球蛋白區(qū)域)上的主要?dú)埢c配體Compstatin纖維蛋白之間的相互作用和識(shí)別。結(jié)果表明:C3c與補(bǔ)體抑制劑Compstatin的理論結(jié)合自由能(-8.06 kcal/mol)與試驗(yàn)值(-6.72 kcal/mol)吻合較好,分子內(nèi)能總和(-177.24 kcal/mol)對(duì)補(bǔ)體抵制劑的結(jié)合貢獻(xiàn)最大,其次為真空靜電作用能(-108.74 kcal/mol)和范德華作用能(-68.51kcal/mol)。作為對(duì)結(jié)晶試驗(yàn)的補(bǔ)充,進(jìn)行了C3c蛋白和小分子抑制劑之間結(jié)合的動(dòng)態(tài)過程以及在兩者結(jié)合的影響下蛋白形態(tài)變化的分子動(dòng)力學(xué)模擬,結(jié)果發(fā)現(xiàn)C3c上的殘基ARG459、ASP491、MET457和Compsta-tin上的殘基TRP7、TRP4、HIS10為結(jié)合自由能作出了主要貢獻(xiàn)。該結(jié)果對(duì)進(jìn)一步研究C3補(bǔ)體抑制劑的機(jī)制提供了結(jié)構(gòu)方面的信息。
【作者單位】： 大連海洋大學(xué)農(nóng)業(yè)部北方海水增養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 分子動(dòng)力學(xué) MM-PBSA/GBSA方法 結(jié)合自由能 補(bǔ)體蛋白Cc 結(jié)合肽
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(3047132)
【分類號(hào)】：R392.1
【正文快照】： 在人體免疫通路中,補(bǔ)體蛋白C3在細(xì)菌或炎灶分解產(chǎn)物的作用下裂解出C3c,C3c是一種參與免疫激活通路中必不可少的蛋白。但是C3c多度表達(dá)會(huì)引發(fā)諸多復(fù)雜疾病或癥狀,如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、重癥肌無力、肺出血和腎炎綜合征等疾病,以及異種移植超急性排斥反應(yīng)等癥狀。目前,幾種C3補(bǔ)體

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