小鼠和其他哺乳動物經(jīng)常被用作模式生物來研究各種人類疾病的潛在分子機制。將人類疾病表型與小鼠表型進行對應來研究人類疾病分子機制是一種有效的手段,因此人類疾病表型到小鼠表型的對應在疾病機制研究中起著重要作用。目前,人類表型與小鼠表型之間的對應通�；趦煞N方法,一是根據(jù)HPO(人類表型本體)和MPO(哺乳動物表型本體)的表型語義相似性與本體結(jié)構(gòu)相似性結(jié)合打分來評價對應表型的相似性,二是基于人與小鼠同源基因來進行人與小鼠的同源表型對應。然而,考慮到小鼠表型和人類疾病表型的不同描述模式及基因的多效性,這兩種方法都存在很大的局限性。在此,文章提出了一種基于表型基因網(wǎng)絡模塊挖掘匹配的算法,結(jié)合表型模塊中潛在的分子互作機制,在13537個人類表型和8810個哺乳動物表型的基礎上構(gòu)建了7805個人類表型模塊和5447個哺乳動物表型模塊,然后基于多層網(wǎng)絡模塊之間同源基因的關系匹配得到3223個人類與小鼠的同源表型模塊。并利用人表型模塊與小鼠表型模塊之間的匹配結(jié)果,建立了一個預測疾病新基因的模型來預測人類疾病未知的致病基因。并采用統(tǒng)計學檢驗和生物學分析等方法對預測結(jié)果進行了可靠性驗證和病理學討論,從而為人類...

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-2-1：同源基因功能差異性示意圖(引自Sjolander)（Sjolanderetal.，2011）

2011）圖1-2-1中定義了不同物種中的不同結(jié)構(gòu)的同源基因的功能差異性，圖1-2-1-a中表示了四種同源domain（紅色、綠色、黃色、藍色）在六個不同物種（species1-species6）間的結(jié)構(gòu)與形成的復雜蛋白。例如，六個物種間的紅色部分是通過各種同源序列算法計....

圖1-2-2：兩種本體結(jié)構(gòu)的詞條相似性計算方法的比較（引自Wang等）（Wangetal.，2007）

種本體結(jié)構(gòu)的詞條相似性計算方法的比較（引自Wetal.，2007）示，逆向傳播算法wangS與雙向算法DSVS對于圖A’，B’分別計算了詞條相似度，可以看到DSVS能節(jié)點之間的差別從而對其結(jié)構(gòu)相似度進行區(qū)分，點都計算得到0.5575的相似度，DSVS能夠?qū)υ诮Y(jié)更....

圖1-2-3疾病表型模塊與PPI網(wǎng)絡之間的相關性（引自Han）（Han，2015）

異引起的疾病表型異常，通常情況下往往是多個基因組成模塊的異常導致了疾病表型模塊的異常[32]。這里的疾病表型模塊指的一系列基于共表達、蛋相互作用、代謝pathway、進化限制等因素聚合在一起的疾病表型模塊[33[35]。其中，基于跨物種間的同源表型模塊進行研究，可以有效的發(fā)現(xiàn)由....

圖2-1-1MeSH詞表示意圖

圖2-1-1MeSH詞表示意圖如圖2-1-1所示，按照上述方法對圖中的每個詞條的計算其本體結(jié)構(gòu)信息度得分為：1A01.378.800score,1A01.378.610score,1A01.378.100score,1A01.236.500score....

本文編號：3948206