目的密碼子偏愛性分析已成為多種學(xué)科研究的熱點(diǎn)問題與前沿方向。在醫(yī)學(xué)病毒學(xué)的研究領(lǐng)域里,密碼子偏愛性分析常用來了解不同病毒株間進(jìn)化關(guān)系,明確它們之間的遺傳特性,進(jìn)而為疾病的防控與疫苗的研制方面提供重要的理論基礎(chǔ)。本課題分析六種人冠狀病毒(HCoV:SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1)的密碼子偏愛性,了解它們之間的進(jìn)化關(guān)系;又分析不同宿主間高致病性冠狀病毒(SARS-CoV、MERS-CoV)的密碼子偏愛性及它們的進(jìn)化關(guān)系,以明確高致病性冠狀病毒的遺傳特性,為其防控提供重要的理論依據(jù)。同時(shí)利用分子克隆技術(shù)構(gòu)建高致病性冠狀病毒不同長(zhǎng)度的S蛋白(SARS-S、SARS-S1、SARS-RBD、MERS-S1、MERS-RBD)的真核表達(dá)重組質(zhì)粒,為進(jìn)一步S蛋白表達(dá)及功能研究奠定一定的理論基礎(chǔ)。方法本研究,從NCBI下載了所需的冠狀病毒基因編碼序列(CDS),使用Lasergene子程序EditSeq保存截取的蛋白編碼序列;使用EMBOSS子程序CUSP計(jì)算密碼子Frequency值;CodonW計(jì)算密碼子ENC、G...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
英文縮略詞及中英文對(duì)照
中文摘要
Abstract
第一章 引言
    一、冠狀病毒結(jié)構(gòu)及分類
    二、冠狀病毒感染細(xì)胞過程
    三、冠狀病毒S蛋白的結(jié)構(gòu)及其功能
    四、冠狀病毒受體識(shí)別
        (一) 血管緊張素轉(zhuǎn)化酶 2(ACE2)
        (二) 二肽基肽酶(DPP4)
        (三) 氨基肽酶(APN)
    五、密碼子偏愛性分析
        (一) 衡量密碼子偏好性指標(biāo)
        (二) 密碼子偏好性的影響因素
        (三) 密碼子偏好性的分析方法
第二章 高致病性冠狀病毒密碼子偏愛性分析
    第一節(jié) 六種人冠狀病毒密碼子偏愛性比較
        1 實(shí)驗(yàn)材料
        2 實(shí)驗(yàn)方法
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.1 有效密碼子數(shù)目分析
            3.2 相對(duì)密碼子使用度
            3.3 ENC-Plot關(guān)聯(lián)分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶規(guī)則分析
            3.6 密碼子偏愛性的聚類分析
        4 討論
        5 結(jié)論
    第二節(jié) SARS-CoV與SARSr-CoV密碼子偏愛性比較及聚類分析
        1 實(shí)驗(yàn)材料
        2 實(shí)驗(yàn)方法
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.1 有效密碼子數(shù)目分析
            3.2 相對(duì)密碼子使用度
            3.3 ENC-Plot關(guān)聯(lián)分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶規(guī)則分析
            3.6 基于密碼子偏性的聚類分析
        4 討論
        5 結(jié)論
    第三節(jié) MERS-CoV密碼子偏愛性分析及聚類分析
        1 實(shí)驗(yàn)材料
        2 實(shí)驗(yàn)方法
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.1 有效密碼子數(shù)目分析
            3.2 相對(duì)密碼子使用度
            3.3 ENC-Plot關(guān)聯(lián)分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶規(guī)則分析
            3.6 基于密碼子偏性的聚類分析
        4 討論
        5 結(jié)論
第三章 高致病性冠狀病毒S蛋白的真核表達(dá)載體的構(gòu)建
    第一節(jié) SARS-CoVS蛋白真核表達(dá)載體的構(gòu)建
        1 實(shí)驗(yàn)材料
        2 實(shí)驗(yàn)方法
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4 討論
        5 結(jié)論
    第二節(jié)MERS-CoVS蛋白真核表達(dá)載體的構(gòu)建
        1 實(shí)驗(yàn)材料
        2 實(shí)驗(yàn)方法
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4 討論
        5 結(jié)論
第四章 全文小結(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄A 六種冠狀病毒同義密碼子平均使用度(RSCU)
附錄B 真核表達(dá)重組質(zhì)粒測(cè)序比對(duì)結(jié)果圖
研究生期間發(fā)表的論文
致謝



本文編號(hào)：3833614