隨著第二代測(cè)序技術(shù)（基因組高通量測(cè)序）的不斷發(fā)展,越來越多的非編碼RNA（ncRNA）分子被發(fā)現(xiàn),這些ncRNA被相關(guān)研究證明在各種生物過程中起著重要的作用,其突變或者失調(diào)可能是人類多種疾病的誘因。因此,系統(tǒng)的研究ncRNA與疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系意義重大,然而,通過傳統(tǒng)的生物實(shí)驗(yàn)方法去挖掘致病ncRNA的信息,不僅時(shí)間周期長,而且費(fèi)用高。因此,開發(fā)高效的方法來發(fā)現(xiàn)致病ncRNA的相關(guān)信息是當(dāng)前生物信息學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)內(nèi)容之一。在本文中,我們首先提出兩種模型推斷疾病-lncRNA潛在關(guān)系。即基于網(wǎng)絡(luò)模型提出了LDLMD預(yù)測(cè)疾病與lncRNA的關(guān)聯(lián)關(guān)系;基于推薦系統(tǒng)提出PMFILDA預(yù)測(cè)疾病與lncRNA的關(guān)聯(lián)關(guān)系。然后在LDLMD模型的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步提出新的預(yù)測(cè)模型PADLMP研究疾病與lncRNA-miRNA關(guān)聯(lián)對(duì)的關(guān)聯(lián)關(guān)系。在LDLMD模型中,通過已知的lncRNA-miRNA,miRNA-disease關(guān)聯(lián)關(guān)系來構(gòu)建lncRNA-miRNA-disease相互作用網(wǎng)絡(luò),并開發(fā)了一種新的相似性計(jì)算方法;最后利用鏈路預(yù)測(cè)的方法鑒定潛在的疾病-lncRNA關(guān)聯(lián)關(guān)系。在PMFILDA中,我們... 

【文章來源】：湘潭大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

全局流程圖

圖 3.2 lncRNA-miRNA-疾病網(wǎng)絡(luò)，lncRNA-miRNA 網(wǎng)絡(luò)，miRNA-疾病網(wǎng)絡(luò)和鄰接矩陣 MDT和 LM 的構(gòu)建過程。3.1.5 lncRNA 和疾病的相似性計(jì)算在 lncRNA-miRNA-疾病網(wǎng)絡(luò) ( , )中 = ∪ ∪ , ∈ ,令 ( ) =

圖 3.3 lncRNA 與疾病的超級(jí)表達(dá)譜構(gòu)造示意圖接下來，根據(jù)上面獲得的超級(jí)表達(dá)譜矩陣，我們提出了一種基于徑向基神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的 lncRNA，疾病相似性方法。在 RBF 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中，存在三層：輸入層，具有非線性 RBF 激活函數(shù)的隱藏層和輸出層。因此，對(duì)于任何兩個(gè)給定節(jié)點(diǎn) ∈和 ∈ ，令 表示 ( )中的行數(shù)， 表示 ( )的第 行向量，其中 ∈ [1， ]，

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]lncRNA與miRNA相互作用對(duì)疾病的影響[J]. 易紅,張政.  基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床. 2016(02)
[2]長鏈非編碼RNA-HOTAIR對(duì)前列腺癌細(xì)胞周期和侵襲影響的實(shí)驗(yàn)研究[J]. 朱意,虞日考,紀(jì)阿林,姚曉霖,方家杰,金曉東.  中華男科學(xué)雜志. 2015(09)



本文編號(hào)：3435567