目的應(yīng)用多位點(diǎn)可變串聯(lián)重復(fù)序列分析技術(shù)（MLVA）對貴州省結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型分析,為貴州省結(jié)核病防控提供科學(xué)依據(jù)。方法選取貴州省150株臨床分離株結(jié)核分枝桿菌,采用水煮法提取基因組DNA,PCR擴(kuò)增15個VNTR位點(diǎn),統(tǒng)計(jì)菌株各VNTR位點(diǎn)的重復(fù)數(shù)目,通過遺傳差異值（h）及Hunter-Gaston指數(shù)對VNTR位點(diǎn)進(jìn)行遺傳多態(tài)性及分辨力評價,采用BioNumerics 5.0軟件對各菌株進(jìn)行聚類關(guān)系和最小間距圖（minimum spanning tree,MST）分析。結(jié)果 PCR檢測結(jié)核菌株VNTR各位點(diǎn)呈明顯多態(tài)性,以Mtub21和MIRU26多態(tài)性尤為顯著,以h值分別為0.559和0.505;MIRU10和ETRB顯示較低基因多態(tài)性,h值分別為0.052和0.090。聚類分析顯示,150株菌株分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4個基因群,其中Ⅰ群占10.67%（16/150）,Ⅱ群占30.67%（46/150）,Ⅲ群占40.00%（60/150）,Ⅳ群占18.67%（28/150）。4個基因群呈現(xiàn)明顯地域分布,畢節(jié)市以Ⅰ、Ⅱ群為主要流行菌株,安順市以Ⅲ群菌株為主要流行菌株,遵義市以Ⅳ群菌... 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

部分標(biāo)本VNTR位點(diǎn)PCR產(chǎn)物電泳圖

按照15個VNTR位點(diǎn)重復(fù)數(shù)完全相同定義為一個MLVA 基因型劃分,150株結(jié)核分枝桿菌被分為125個MLVA型別,菌株間無明顯的優(yōu)勢MLVA型。聚類分析顯示150株結(jié)核分枝桿菌被分為4個基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ群),其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv與Ⅱ群關(guān)系較近(圖2)。4個基因群呈現(xiàn)明顯地域分布,貴州省畢節(jié)市以Ⅰ、Ⅱ群菌株為主要流行菌株,安順市以Ⅲ群菌株為主要流行菌株,遵義市以Ⅳ群菌株為主要流行菌株。北京型菌株與非北京型菌株無明顯聚類關(guān)系。對150株菌株進(jìn)行MLVA最小間距圖(Minimum spanning tree)分析,結(jié)果見圖3。150株菌株形成3個克隆群(Clonal complexes, CCs)和59個單體(singleton),其中遵義菌株主要分布于CC-1, 安順菌株主要分布于CC-2,畢節(jié)菌株主要分布于CC-3,菌株的遺傳關(guān)系呈現(xiàn)明顯的地域分布特點(diǎn)。圖3 150株結(jié)核分枝桿菌最小間距圖

150株結(jié)核分枝桿菌最小間距圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[4]安徽省391株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株MLVA基因分型研究[J]. 王慶,董海燕,包訓(xùn)迪,趙秀芹,徐東芳,萬康林.  中國防癆雜志. 2013(01)



本文編號：3429202