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基于RNA-Seq技術(shù)分析藻藍(lán)蛋白對(duì)自然衰老小鼠卵巢功能恢復(fù)的機(jī)理研究

發(fā)布時(shí)間:2021-09-23 14:13
  對(duì)于成年女性而言,其生育力隨年齡增長(zhǎng)而下降。其中卵巢衰老,包括卵泡在數(shù)量上的減少和功能上的衰退等,成為生育力下降的重要原因。挽救衰老的卵巢,是提高女性生殖力的一個(gè)重要策略。藻藍(lán)蛋白(C-Phycocyanin,PC)是一種具有抗氧化、抗炎癥、增強(qiáng)免疫力的鈍頂螺旋藻類蛋白質(zhì),在醫(yī)學(xué)和生物領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用價(jià)值。我們的前期研究利用D-半乳糖(D-Galactose,D-gal)致衰小鼠模型,表明PC可通過(guò)抑制活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)途徑改善致衰小鼠卵巢功能;進(jìn)一步又通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Sequencing,RNA-Seq)技術(shù)篩選到致衰組和致衰改善組差異表達(dá)基因提高生殖力的富集通路。但在自然衰老小鼠模型中,PC能否改善雌性生殖力,以及PC的作用功效和機(jī)制尚未得知。本研究取6周齡小鼠為年輕組(Young),8.5月齡小鼠為自然衰老組(Aged),灌胃PC的8.5月齡小鼠為處理組(Aged+PC),小鼠品系均為ICR。經(jīng)45天灌胃處理后,利用RNA-Seq技術(shù),分析卵巢在轉(zhuǎn)錄組水平表達(dá)變化,得到以下結(jié)論:(1)高通量二代測(cè)序獲得Young組、Aged組... 

【文章來(lái)源】:內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】:67 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

基于RNA-Seq技術(shù)分析藻藍(lán)蛋白對(duì)自然衰老小鼠卵巢功能恢復(fù)的機(jī)理研究


實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線圖

流程圖,文庫(kù)構(gòu)建,測(cè)序,流程圖


杜志鋒 基于 RNA-Seq 技術(shù)分析藻藍(lán)蛋白對(duì)自然衰老小鼠卵巢功能恢復(fù)的機(jī)理研究技有限公司)。其實(shí)驗(yàn)流程如下(圖 2.2):首先用帶有 Oligo(dT)的磁珠富集小鼠卵巢 mRNA,用試劑盒去除其 rRNA的。加入 Fragmentation Buffer 使其片斷成為 200-700 nt 的短片段。以片斷后的 mRNA 為模板,用六堿基隨機(jī)引物(Random hexamers)合成 cD入緩沖液, dNTPs, RNaseH 和 DNAPolymerase I 合成 cDNA 第二鏈。經(jīng)過(guò) QIAQuick PCR 試劑盒純化并加 EB 緩沖液洗脫。洗脫純化后的雙鏈 cDNA 再進(jìn)行末端修復(fù)、加堿基 A、加測(cè)序接頭處理。經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳回收目的大小片段并進(jìn)行PCR擴(kuò)增,從而完成整個(gè)文庫(kù)制構(gòu)建好的文庫(kù)用 Illumina HiSeqXTen 測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序,其策略為 PE150。

序列,轉(zhuǎn)錄組,生物信息,分析流程


內(nèi)蒙古大學(xué) 碩士學(xué)位論文)數(shù)據(jù)比對(duì)分析:主要是針對(duì)比對(duì)到基因組中的序列,根據(jù)不同的基因組注分類和特征分析,并計(jì)算相應(yīng)的表達(dá)量。)轉(zhuǎn)錄組深層分析:包括進(jìn)行差異表達(dá)分析,常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析中還有可變剪本預(yù)測(cè)和變異分析深層分析及其他個(gè)性化分析。息分析流程圖如下:


本文編號(hào):3405852

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