目的本研究以目前國(guó)際病毒分類(lèi)委員會(huì)（ICTV）所接受的腸道病毒分界標(biāo)準(zhǔn)為基礎(chǔ),通過(guò)客觀地比較全基因組/多聚蛋白兩兩相似值,試圖尋找一種簡(jiǎn)單可靠的方法來(lái)對(duì)新的腸道病毒進(jìn)行的分類(lèi)。方法分析960株腸道病毒在全基因組水平上的兩兩比對(duì)相似值（pairwise identity scores,PIS）的頻率分布圖,觀察在不同腸道病毒型別、不同種及不同屬之間是否存在明顯的分類(lèi)界限,結(jié)合病毒聚類(lèi)和系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的結(jié)果尋找能夠區(qū)分腸道病毒不同種/屬的標(biāo)準(zhǔn)。結(jié)果腸道病毒不同種間及與相近病毒屬之間在全基因水平上存在比較好的PIS分類(lèi)界限。多聚蛋白核苷酸PIS為0.657和0.536時(shí)可對(duì)腸道病毒進(jìn)行可靠、穩(wěn)定的種和屬的分類(lèi)。結(jié)論腸道病毒多聚蛋白核苷酸序列間PIS在種和屬水平上具備明顯的遺傳邊界,并能夠簡(jiǎn)單、可靠地用于腸道病毒監(jiān)測(cè)實(shí)驗(yàn)室新種屬的初步鑒定。 

【文章來(lái)源】：國(guó)際病毒學(xué)雜志. 2020,27(03)

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)


本文編號(hào)：3386704