長鏈非編碼RNA lncATV參與宿主抗病毒機制的研究
發(fā)布時間：2021-08-27 17:35
天然免疫是宿主抵抗病原體入侵和清除機體內(nèi)潛在威脅的重要生物學過程,是由多個宿主分子參與的動態(tài)過程。病毒感染細胞后能夠快速刺激機體的天然免疫反應(yīng),誘導細胞產(chǎn)生包括干擾素在內(nèi)的多種細胞因子的表達。干擾素主要包括Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型三種類型,它們能夠誘導細胞內(nèi)多種干擾素調(diào)節(jié)基因（Inteferon stimulated genes,ISG）的表達,這些ISG的編碼蛋白具有抑制病毒感染、調(diào)節(jié)天然免疫等多種的功能,也有研究發(fā)現(xiàn)干擾素能夠調(diào)節(jié)細胞內(nèi)的非編碼RNA,參與細胞內(nèi)多種的生物學過程。長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA,lncRNA）,是一類長度大于200個核苷酸的非編碼RNA,lncRNA可以與DNA作用參與細胞核內(nèi)染色質(zhì)的形成,或者調(diào)節(jié)細胞內(nèi)蛋白質(zhì)或RNA的功能,但是大部分lncRNA的功能是仍然是未知的。研究細胞內(nèi)干擾素調(diào)節(jié)的lncRNA表達譜變化,并進一步篩選功能性的lncRNA,有助于更深入的理解干擾素的作用機制和探索lncRNA的作用機制。本研究以三種不同類型的干擾素處理人肝癌細胞系Huh7,采用基因芯片的方法檢測細胞內(nèi)lncRNA的表達譜變化,篩選三種類型干擾素...
【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】：100 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖１：?ＲＬＲ識別病毒ＲＮＡ并激活天然免疫反應(yīng)［Ｉ３］??ＲＬＲ家族的ＲＩＧ－Ｉ、ＭＤＡ５及ＬＧＰ２識別的ＲＮＡ種類不同，在細胞內(nèi)的調(diào)??
是從編碼基因的內(nèi)含子區(qū)域轉(zhuǎn)錄的，而ＮＡＴｓ則是由編碼基因的負鏈進行轉(zhuǎn)錄的，??ＮＡＴｓ在細胞中是普遍存在的，在小鼠的基因組中，約有７２％的基因會轉(zhuǎn)錄出??ａｎｔｉｓｅｎｓｅ?ｌｎｃＲＮＡ［ＩＣ）ＣＵＣ）１］。ＩｎｃＲＮＡ的轉(zhuǎn)錄模式以及它在人類基因的豐度如圖２，??雖然已經(jīng)有部分研究鑒定了?ＩｎｃＲＮＡ的功能，但大部分的ＩｎｃＲＮＡ功能是未知的。??ＩｎｃＲＮＡ在細胞內(nèi)的功能與ＩｎｃＲＮＡ的結(jié)構(gòu)和在基因組上的位置有很大的相??關(guān)性，根據(jù)己有的研究，可以將ＩｎｃＲＮＡ的功能分為以下４類：參與調(diào)解染色質(zhì)??的作用、影響ＲＮＡ的功能、與蛋白質(zhì)之間的相互作用影響蛋白的功能以及作為??很多疾病診斷的標志物等。??（１）?ＩｎｃＲＮＡ可以順式作用（Ｉｎ－ｃｉｓ）的方式調(diào)節(jié)染色質(zhì)的形成。例如ＰＲＣ２??與?ＩｎｃＲＮＡ?ＨＯＴＡＩＲ?的?５’端結(jié)合，促使?Ｈ３Ｋ２７?的甲基化；ＬＳＤｌ／ＣｏＲＥＳＴ／ＲＥＳＴ??與ＨＯＴＡＩＲ的５’端結(jié)合，促使Ｈ３Ｋ４的去甲基化，ＨＯＴＡＩＲ通過這種作用對ＤＮＡ??２１??
８小時和２４小時的細胞樣本，ＭＸＡ是干擾素處理后顯著上調(diào)的ＩＳＧ，采用??ｑＲＴ－ＰＣＲ的方法檢測細胞內(nèi)ＭＸＡ基因的表達水平，用以確定干擾素的處理效??果，結(jié)果如圖４。如圖４Ａ所示，將Ｈｕｈ７細胞用ＩＦＮ－ａ２ｂ處理８小時和２４小時??時，細胞內(nèi)ＭｘＡ基因的轉(zhuǎn)錄水平均明顯上升，并且處理８小時的細胞中，ＭｘＡ??轉(zhuǎn)錄水平高于處理２４小時的細胞樣本；如圖４Ｂ、４Ｃ所示，ＩＦＮ－ｙ或ＩＦＮ４１處??理Ｈｕｈ７細胞后，ＭＸＡ的轉(zhuǎn)錄水平隨著處理時間的延長，表達水平也逐漸升高，??并且干擾素處理８小時，對ＭＸＡ的誘導水平已經(jīng)有２００倍以上。綜上可知，??在Ｈｕｈ７細胞中，三種不同類型的干擾素處理細胞８小時均能顯著誘導ＭＸＡ基??因轉(zhuǎn)錄水平升高，因此最終選擇以即ＩＦＮ－ａ２ｂ?（ｌｎｇ／ｍｌ），ＩＦＮ－ｙ?（１５ｎｇ／ｍｌ）和??ＩＦＮ－Ｘ１?（２５ｎｇ／ｍｌ）的處理濃度，處理Ｈｕｈ７細胞８小時，收集的細胞樣本，利??用基因芯片的方法對ｍＲＮＡ和ＩｎｃＲＮＡ表達譜進行分析。??Ａ?３００－
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Emerging complexity and new roles for the RIG-I-like receptors in innate antiviral immunity[J]. John S.Errett,Michael Gale Jr.. Virologica Sinica. 2015(03)
本文編號：3366792
【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】：100 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖１：?ＲＬＲ識別病毒ＲＮＡ并激活天然免疫反應(yīng)［Ｉ３］??ＲＬＲ家族的ＲＩＧ－Ｉ、ＭＤＡ５及ＬＧＰ２識別的ＲＮＡ種類不同，在細胞內(nèi)的調(diào)??
是從編碼基因的內(nèi)含子區(qū)域轉(zhuǎn)錄的，而ＮＡＴｓ則是由編碼基因的負鏈進行轉(zhuǎn)錄的，??ＮＡＴｓ在細胞中是普遍存在的，在小鼠的基因組中，約有７２％的基因會轉(zhuǎn)錄出??ａｎｔｉｓｅｎｓｅ?ｌｎｃＲＮＡ［ＩＣ）ＣＵＣ）１］。ＩｎｃＲＮＡ的轉(zhuǎn)錄模式以及它在人類基因的豐度如圖２，??雖然已經(jīng)有部分研究鑒定了?ＩｎｃＲＮＡ的功能，但大部分的ＩｎｃＲＮＡ功能是未知的。??ＩｎｃＲＮＡ在細胞內(nèi)的功能與ＩｎｃＲＮＡ的結(jié)構(gòu)和在基因組上的位置有很大的相??關(guān)性，根據(jù)己有的研究，可以將ＩｎｃＲＮＡ的功能分為以下４類：參與調(diào)解染色質(zhì)??的作用、影響ＲＮＡ的功能、與蛋白質(zhì)之間的相互作用影響蛋白的功能以及作為??很多疾病診斷的標志物等。??（１）?ＩｎｃＲＮＡ可以順式作用（Ｉｎ－ｃｉｓ）的方式調(diào)節(jié)染色質(zhì)的形成。例如ＰＲＣ２??與?ＩｎｃＲＮＡ?ＨＯＴＡＩＲ?的?５’端結(jié)合，促使?Ｈ３Ｋ２７?的甲基化；ＬＳＤｌ／ＣｏＲＥＳＴ／ＲＥＳＴ??與ＨＯＴＡＩＲ的５’端結(jié)合，促使Ｈ３Ｋ４的去甲基化，ＨＯＴＡＩＲ通過這種作用對ＤＮＡ??２１??
８小時和２４小時的細胞樣本，ＭＸＡ是干擾素處理后顯著上調(diào)的ＩＳＧ，采用??ｑＲＴ－ＰＣＲ的方法檢測細胞內(nèi)ＭＸＡ基因的表達水平，用以確定干擾素的處理效??果，結(jié)果如圖４。如圖４Ａ所示，將Ｈｕｈ７細胞用ＩＦＮ－ａ２ｂ處理８小時和２４小時??時，細胞內(nèi)ＭｘＡ基因的轉(zhuǎn)錄水平均明顯上升，并且處理８小時的細胞中，ＭｘＡ??轉(zhuǎn)錄水平高于處理２４小時的細胞樣本；如圖４Ｂ、４Ｃ所示，ＩＦＮ－ｙ或ＩＦＮ４１處??理Ｈｕｈ７細胞后，ＭＸＡ的轉(zhuǎn)錄水平隨著處理時間的延長，表達水平也逐漸升高，??并且干擾素處理８小時，對ＭＸＡ的誘導水平已經(jīng)有２００倍以上。綜上可知，??在Ｈｕｈ７細胞中，三種不同類型的干擾素處理細胞８小時均能顯著誘導ＭＸＡ基??因轉(zhuǎn)錄水平升高，因此最終選擇以即ＩＦＮ－ａ２ｂ?（ｌｎｇ／ｍｌ），ＩＦＮ－ｙ?（１５ｎｇ／ｍｌ）和??ＩＦＮ－Ｘ１?（２５ｎｇ／ｍｌ）的處理濃度，處理Ｈｕｈ７細胞８小時，收集的細胞樣本，利??用基因芯片的方法對ｍＲＮＡ和ＩｎｃＲＮＡ表達譜進行分析。??Ａ?３００－
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Emerging complexity and new roles for the RIG-I-like receptors in innate antiviral immunity[J]. John S.Errett,Michael Gale Jr.. Virologica Sinica. 2015(03)
本文編號：3366792
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