目的應(yīng)用生物學(xué)軟件預(yù)測(cè)幽門螺桿菌（Helicobacter pylori,Hp）ompP1基因編碼蛋白（OmpP1）的結(jié)構(gòu)與功能。方法從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取ompP1基因的相關(guān)信息,應(yīng)用軟件MEGAX 10.0.5構(gòu)建Hp進(jìn)化樹(shù),應(yīng)用生物信息學(xué)軟件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性質(zhì)、跨膜區(qū)、信號(hào)肽、糖基化和磷酸化位點(diǎn)、空間結(jié)構(gòu)以及抗原表位。結(jié)果 ompP1基因核苷酸序列編碼區(qū)長(zhǎng)1 764 bp,編碼587個(gè)氨基酸;生物信息學(xué)分析顯示ompP1基因在不同菌株間的同源性為96.2%～97.17%,其編碼的OmpP1蛋白是一種性質(zhì)穩(wěn)定、偏堿性的親水蛋白;該蛋白無(wú)跨膜區(qū)和信號(hào)肽,含有糖基化和磷酸化位點(diǎn);OmpP1二級(jí)結(jié)構(gòu)中含α-螺旋178個(gè),延長(zhǎng)鏈162個(gè),β轉(zhuǎn)角37個(gè),無(wú)規(guī)則卷曲210個(gè),分別占30.32%、27.60%、6.30%和35.78%;三級(jí)結(jié)構(gòu)分析顯示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性結(jié)構(gòu)域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9預(yù)測(cè)該蛋白含有22個(gè)B淋巴細(xì)胞和28個(gè)CTL淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原表位。結(jié)論 Hp OmpP1為堿性親水性蛋白... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)病原生物學(xué)雜志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【部分圖文】：

OmpP1蛋白磷酸化預(yù)測(cè)

OmpP1蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

使用BepiPred 1.0 Server對(duì)OmpP1蛋白進(jìn)行B細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè)�？乖砦坏暮Y選閾值設(shè)置為0.51。結(jié)果顯示,OmpP1可能含有22個(gè)B細(xì)胞抗原表位,如135-140,200-206,307-316,519-537等。7 T細(xì)胞抗原表位

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3326955