目的應(yīng)用生物學(xué)軟件預(yù)測幽門螺桿菌（Helicobacter pylori,Hp）ompP1基因編碼蛋白（OmpP1）的結(jié)構(gòu)與功能。方法從NCBI數(shù)據(jù)庫中獲取ompP1基因的相關(guān)信息,應(yīng)用軟件MEGAX 10.0.5構(gòu)建Hp進(jìn)化樹,應(yīng)用生物信息學(xué)軟件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性質(zhì)、跨膜區(qū)、信號肽、糖基化和磷酸化位點(diǎn)、空間結(jié)構(gòu)以及抗原表位。結(jié)果 ompP1基因核苷酸序列編碼區(qū)長1 764 bp,編碼587個氨基酸;生物信息學(xué)分析顯示ompP1基因在不同菌株間的同源性為96.2%～97.17%,其編碼的OmpP1蛋白是一種性質(zhì)穩(wěn)定、偏堿性的親水蛋白;該蛋白無跨膜區(qū)和信號肽,含有糖基化和磷酸化位點(diǎn);OmpP1二級結(jié)構(gòu)中含α-螺旋178個,延長鏈162個,β轉(zhuǎn)角37個,無規(guī)則卷曲210個,分別占30.32%、27.60%、6.30%和35.78%;三級結(jié)構(gòu)分析顯示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性結(jié)構(gòu)域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9預(yù)測該蛋白含有22個B淋巴細(xì)胞和28個CTL淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原表位。結(jié)論 Hp OmpP1為堿性親水性蛋白... 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

OmpP1蛋白磷酸化預(yù)測

OmpP1蛋白的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測

使用BepiPred 1.0 Server對OmpP1蛋白進(jìn)行B細(xì)胞抗原表位預(yù)測�？乖砦坏暮Y選閾值設(shè)置為0.51。結(jié)果顯示,OmpP1可能含有22個B細(xì)胞抗原表位,如135-140,200-206,307-316,519-537等。7 T細(xì)胞抗原表位

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]幽門螺桿菌CagA基因編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 阿孜爾古麗·阿布都克日木,阿布都哈巴爾·阿布都克日木,劉玉梅,許海峰,孜拜旦·吐爾遜,熱比亞·努力,孜來古麗·米吉提,德力夏提·依米提,于濤.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(03)
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本文編號：3326955