主要組織相容性復合體（major histocompatibility complex,MHC）Ⅰ類分子親和力模型有助于篩選出候選短肽,為實驗確定可以與MHCⅠ類分子形成復合物從而激活細胞毒性T細胞的短肽提供幫助;抗原處理相關轉運體（transporter associated with antigen processing,TAP）分子親和力模型也可用于篩選候選短肽;如何更好利用兩類親和力模型篩選出候選短肽、這兩類親和力模型對短肽選擇性的異同以及這種選擇性異同的生物學機制尚不清楚.本文重新整理了TAP親和力測試集,使訓練樣本達到699個;使用核函數(shù)平衡矩陣算法建立的TAP親和力模型預測精度高于同類算法,5折交叉檢驗Pearson相關系數(shù)0.89;結合HLA A3分子親和力模型、TAP親和力模型顯著提高免疫原性短肽預測精度,AUC值從～0.82上升到0.87.提高的原因是兩個親和力模型對第2、9位置"最佳"氨基酸不同偏好性和這種不同偏好的互補性造成的.TAP分子與短肽模擬對接結果反映了這個結論.TAP親和力可在線預測（http://www.bilologymaths.top/mbtwo... 

【文章來源】：生物化學與生物物理進展. 2020,47(02)北大核心SCICSCD

【文章頁數(shù)】：12 頁


本文編號：3284098