本文關(guān)鍵詞：基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：近年來,B細(xì)胞表位預(yù)測作為一個(gè)核心問題被深入討論,在免疫學(xué)領(lǐng)域中占據(jù)著十分重要的位置。B細(xì)胞表位是指這樣的一組氨基酸殘基,它位于抗原表面上,并且能夠被B細(xì)胞表面受體識別并與抗體特異性結(jié)合。能夠準(zhǔn)確定位到該區(qū)域?qū)χ苽涓咄康目贵w、免疫干預(yù)以及人工疫苗的設(shè)計(jì)具有非常重要的意義。定位B細(xì)胞表位最可靠的方法是通過生物實(shí)驗(yàn)技術(shù),如X-Ray、NMR等技術(shù)對抗原抗體復(fù)合物的空間構(gòu)象進(jìn)行解析從而準(zhǔn)確定位B細(xì)胞表位,這類方法不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)力,而且成本很高,更是目前的實(shí)驗(yàn)條件所無法承受的。隨著已知的B細(xì)胞表位數(shù)目的增加,首先使用計(jì)算預(yù)測的方法對抗原表面的區(qū)域進(jìn)行預(yù)測,然后再通過生物實(shí)驗(yàn)技術(shù)進(jìn)行鑒別和證實(shí)。這類方法目前已經(jīng)得到廣泛應(yīng)用,并且極大地提高了定位B細(xì)胞表位的速度。構(gòu)象性B細(xì)胞表位預(yù)測的方法或是基于抗原結(jié)構(gòu)特征的或是基于模擬表位信息的,這兩類方法的預(yù)測性能似乎都達(dá)到了一個(gè)性能瓶頸。本文將常用的抗原3D結(jié)構(gòu)特征信息、mimotope信息以及抗原和抗體相互作用信息相融合,利用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法,建立預(yù)測模型和算法,進(jìn)行多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測。本文選取Mimotope benchmark 2.0中一個(gè)復(fù)合體結(jié)構(gòu)對應(yīng)一組模擬表位集合的18條數(shù)據(jù)作為本文的測試集,大量的實(shí)驗(yàn)證明RF算法在I=5,K=0,S=1的參數(shù)條件下,預(yù)測結(jié)果達(dá)到了最優(yōu),敏感性為0.60、特異性為0.81、PPV為0.35、MCC為0.15、ACC為0.80、F值為0.44。將本文算法分別與Pep-3D-Search、Epi Search、Pepsurf和Mimopro進(jìn)行了比較,本算法在PPV、MCC、ACC和F值四個(gè)評價(jià)指標(biāo)的平均值均高于其他四個(gè)方法,充分證明本文算法是正確的、有效的。
【關(guān)鍵詞】：B細(xì)胞表位預(yù)測 多信息融合 機(jī)器學(xué)習(xí) 模擬表位
【學(xué)位授予單位】：東北師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：TP202;R392
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-8
• 引言8-10
• 第一章 緒論10-13
• 1.1 B細(xì)胞表位預(yù)測研究背景10-11
• 1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀11
• 1.3 本文主要研究內(nèi)容及組織結(jié)構(gòu)11-13
• 第二章 B細(xì)胞表位預(yù)測方法研究現(xiàn)狀13-17
• 2.1 基于抗原結(jié)構(gòu)的B細(xì)胞表位預(yù)測13-14
• 2.1.1 基于抗原序列結(jié)構(gòu)的B細(xì)胞表位預(yù)測13-14
• 2.1.2 基于抗原 3D結(jié)構(gòu)的B細(xì)胞表位預(yù)測14
• 2.2 基于抗原-抗體結(jié)合特異性的B細(xì)胞表位預(yù)測方法14-15
• 2.3 基于噬菌體組合肽庫篩選的B細(xì)胞表位預(yù)測方法15-16
• 2.4 本章小結(jié)16-17
• 第三章 基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測17-25
• 3.1 基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法思想及流程圖17
• 3.2 基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法描述17-25
• 3.2.1 基于抗原結(jié)構(gòu)特征的提取18-22
• 3.2.2 基于抗原-抗體結(jié)合特異性特征的提取22-23
• 3.2.3 基于mimotope特征的提取及處理23-24
• 3.2.4 確定候選表位氨基酸24-25
• 第四章 基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法結(jié)果評價(jià)分析25-33
• 4.1 數(shù)據(jù)集的選取25-26
• 4.2 評價(jià)參數(shù)的確定26-27
• 4.3 算法預(yù)測結(jié)果分析27-29
• 4.3.1 算法預(yù)測結(jié)果27-28
• 4.3.2 算法中參數(shù)的選取28-29
• 4.4 與其他算法的比較29-33
• 第五章 總結(jié)與展望33-35
• 5.1 總結(jié)33
• 5.2 展望33-35
• 參考文獻(xiàn)35-38
• 致謝38-39
• 在學(xué)期間公開發(fā)表論文及著作情況39

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 姜篤銀;陳璧;;免疫組化方法檢測豬和人皮膚通用抗原標(biāo)志[J];感染.炎癥.修復(fù);2002年01期

2 姜篤銀,付小兵,周兵,張迎春;免疫組化方法檢測豬和人皮膚通用抗原標(biāo)志[J];實(shí)驗(yàn)動物科學(xué)與管理;2003年03期

3 張立新,萬年新,支云沖;南通市崇川區(qū)居民430例乙型肝炎抗原抗體系統(tǒng)檢測[J];南通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2005年04期

4 劉大軍;王紅;;乙肝病毒抗原抗體系統(tǒng)檢測結(jié)果的模式分析[J];實(shí)用醫(yī)藥雜志;2006年06期

5 王紅;;提取性核抗原抗體蛋白芯片技術(shù)檢測結(jié)果分析[J];實(shí)用醫(yī)藥雜志;2007年02期

6 王鳴;張莉;陳慧;周建平;雷文蘭;王漢中;;咸寧市5081例高中生血清HBV抗原抗體及基因型檢驗(yàn)結(jié)果分析[J];職業(yè)與健康;2007年22期

7 陳紅;何逸文;盧新;;乙型肝炎抗原抗體定量測定在阻斷母嬰宮內(nèi)傳播中的意義[J];中國新生兒科雜志;2008年05期

8 黃衛(wèi)彤;黃緯;黃愛民;張良;鄧巧云;曾憲生;覃羽華;韋紅衛(wèi);;陰道分泌物檢測人類免疫缺陷病毒抗原抗體篩查艾滋病的實(shí)驗(yàn)研究[J];檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)與臨床;2009年24期

9 陳道明;;病毒性肝炎抗原抗體系統(tǒng)的流行病學(xué)意義[J];人民軍醫(yī);1982年04期

10 ;補(bǔ)體[J];醫(yī)藥科技資料;1977年S1期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 杜華;潘靜坤;趙田;李新蕊;賀柳楊;余俊;;抗原抗體結(jié)合:可逆、平衡的反應(yīng)[A];第6次全國微生物學(xué)與免疫學(xué)大會論文摘要匯編[C];2004年

2 楊顯志;;微波在ELISA中的應(yīng)用[A];“第十四屆全國微波能應(yīng)用學(xué)術(shù)會議”暨“2009年微波創(chuàng)造美的生活高峰論壇”論文集[C];2009年

3 王鳴;余育勝;周建平;雷文蘭;張莉;;咸寧煙廠工人乙型肝炎抗原抗體系統(tǒng)檢測結(jié)果分析[A];生命科學(xué)與微生物專輯[C];2004年

4 陳紅;盧新;;乙型肝炎抗原抗體定量測定在阻斷母嬰宮內(nèi)傳播中意義的研究[A];全國圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)專題學(xué)術(shù)研討會論文匯編[C];2007年

5 王鳴;張莉;陳慧;周建平;雷文蘭;王漢中;;5081例高中生乙型肝炎病毒抗原抗體系統(tǒng)及基因型分析[A];“環(huán)境與健康”學(xué)術(shù)研討會論文摘要集[C];2007年

6 安中平;;抗細(xì)胞內(nèi)抗原抗體相關(guān)腦炎[A];山東省2013年神經(jīng)內(nèi)科學(xué)學(xué)術(shù)會議暨中國神經(jīng)免疫大會2013論文匯編[C];2013年

7 劉效輝;杜怡峰;;神經(jīng)元抗原研究進(jìn)展[A];山東省2013年神經(jīng)內(nèi)科學(xué)學(xué)術(shù)會議暨中國神經(jīng)免疫大會2013論文匯編[C];2013年

8 陳帥;韋超;韓三陽;姚建林;沈理明;顧仁敖;;免疫磁性納米粒子的循環(huán)利用[A];第十六屆全國光散射學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2011年

9 夏君;陳孝煊;吳志新;;用兩種ELISA方法快速檢測柱狀噬纖維菌[A];中國魚類學(xué)會2008學(xué)術(shù)研討會論文摘要匯編[C];2008年

10 劉雪峰;張長;;拉米夫定治療e抗原陰性慢性乙型肝炎93例療效觀察[A];2005年浙江省感染病、肝病學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2005年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 甘勃;給賽馬核發(fā)“健康證”僅需六小時(shí)[N];大眾科技報(bào);2008年

2 實(shí)習(xí)生 易立;獻(xiàn)血,為何一些人群被限制？[N];科技日報(bào);2010年

3 武訊;新一代HIV—1p24抗原抗體檢測試劑盒研制取得重要進(jìn)展[N];中國醫(yī)藥報(bào);2010年

4 北京煤炭總醫(yī)院泌尿外科主任醫(yī)師　鐘偉;走出腎炎的誤區(qū)[N];健康時(shí)報(bào);2003年

5 滕小春;乙肝疫苗接種后 不產(chǎn)生抗體怎么辦？[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2002年

6 特約記者 李霽;乙肝治療將更科學(xué)準(zhǔn)確[N];家庭醫(yī)生報(bào);2003年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 張曉敏;熱休克蛋白60抗原、抗體和70抗體在冠心病發(fā)病中的作用[D];華中科技大學(xué);2008年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 王燕春;旋毛蟲與Hela細(xì)胞相關(guān)抗原抗體抗腫瘤作用的研究[D];吉林大學(xué);2011年

2 廖云霞;丙型肝炎病毒抗原抗體聯(lián)合檢測試劑盒的研究[D];南華大學(xué);2011年

3 陳平;重組人精子特異性乳酸脫氫酶抗原的制備及其在不育癥自身抗體檢測中的應(yīng)用[D];福建醫(yī)科大學(xué);2006年

4 陳如敬;小瓜蟲重組抑動抗原的親和純化及免疫學(xué)特性分析[D];福建農(nóng)林大學(xué);2008年

5 閆俊;化學(xué)酶法合成氟代Thomsen-Friedenreich（T）抗原及其唾液酸化衍生物[D];山東大學(xué);2013年

6 陳軍;模式識別技術(shù)在篩選溶脲脲原體和人精子交叉抗原中的應(yīng)用研究[D];上海交通大學(xué);2007年

7 鞠海旭;基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法研究[D];東北師范大學(xué);2015年

  本文關(guān)鍵詞：基于多信息融合的B細(xì)胞表位預(yù)測算法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

，

本文編號：301989