金黃色葡萄球菌CRISPR結(jié)構(gòu)及耐藥毒力分子特征
發(fā)布時(shí)間：2021-01-23 02:01
目的1.通過(guò)生物信息學(xué)的方法分析葡萄球菌中的CRISPR-Cas系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)特征,比較CRISPR陽(yáng)性菌與CRISPR陰性菌之間耐藥、毒力基因的攜帶情況。2.比較MRSA與MSSA菌株耐藥、毒力基因的攜帶情況,分析SCCmec分型及不同型別攜帶耐藥、毒力基因的差異。3.了解金葡菌MLST和spa分型,比較不同型別攜帶耐藥、毒力基因的差異。方法1.從GenBank上下載基因組完成圖的金葡菌序列,利用CRISPRs finder和CRISPRCas Finder進(jìn)行CRISPR位點(diǎn)和cas基因的識(shí)別。根據(jù)cas基因的序列使用BLAST搜索同源序列。RNAfold web server對(duì)重復(fù)序列進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)。CRISPR Target為間隔序列匹配前間隔序列,并查看其所在基因編碼產(chǎn)物。使用MEGA-X為cas基因繪制進(jìn)化樹(shù)。2.在Center for Genomic Epidemiology中檢測(cè)金葡菌的耐藥、毒力基因,預(yù)測(cè)金葡菌的SCCmec、MLST和spa型別。3.使用SPSS 21.0進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,比較CRISPR陽(yáng)性菌與CRISPR陰性菌、MRSA與MSSA菌株之間耐藥、...
【文章來(lái)源】：鄭州大學(xué)河南省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】：90 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
6組CDRs的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和最小自由能注：黑色表示該組CDR來(lái)自孤立CRISPR陣列的菌株，紅色表示該組CDR來(lái)自攜帶
圖 3.2 15 株葡萄球菌Ⅲ-A 型 CRISPR-Cas 系統(tǒng)中間隔序列的分布注：兩個(gè)間隔序列 DNA 的差異低于 5%，即被視為同一間隔序列。每個(gè)間隔序列由一個(gè)塊、數(shù)字（在每株細(xì)菌中連續(xù)編號(hào)）和特定的顏色組成。不同的 CRISPR 陣列被黑色方塊開(kāi)。左側(cè)的菌株名稱(chēng)被標(biāo)記為最初出現(xiàn)在其 CRISPR 陣列中的間隔序列的顏色。黑色的菌名稱(chēng)表示沒(méi)有新的間隔序列。3.1.4 PAM除探索前間隔序列外，CRISPRTarget 還可以快速識(shí)別潛在的 PAM 序列。 基于 CDRs 的二級(jí)結(jié)構(gòu)推測(cè)由重復(fù)序列組成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的長(zhǎng)度集中在 2-12nt，間隔序列的長(zhǎng)度范圍為 29-43nt，crRNA 長(zhǎng)度為 40-62nt�；� cRNA5'端的核苷酸數(shù)量，提取前間隔序列 3'端的核苷酸。通過(guò)去除冗余，總共 18組PAM被納入堿基配對(duì)分析。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)crRNA和PAM之間完全匹配的堿基對(duì)。保守基序 5'-ACGAGAA-3'廣泛分布于 crRNA 5'端中。在路鄧葡萄球菌 N92014和馬胃葡萄球菌 KS1039 中，分別位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7、-8 的5 對(duì)堿基對(duì)是 crRNA 和 PAM 之間堿基配對(duì)最多的基序。（見(jiàn)圖 3.3、表 3.4）
個(gè)間隔序列 DNA 的差異低于 5%，即被視為同一間隔序列。每個(gè)間隔序列由字（在每株細(xì)菌中連續(xù)編號(hào)）和特定的顏色組成。不同的 CRISPR 陣列被黑色側(cè)的菌株名稱(chēng)被標(biāo)記為最初出現(xiàn)在其 CRISPR 陣列中的間隔序列的顏色。黑色示沒(méi)有新的間隔序列。4 PAM探索前間隔序列外，CRISPRTarget 還可以快速識(shí)別潛在的 PAM 序Rs 的二級(jí)結(jié)構(gòu)推測(cè)由重復(fù)序列組成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的2-12nt，間隔序列的長(zhǎng)度范圍為 29-43nt，crRNA 長(zhǎng)度為 40-62nt�；�5'端的核苷酸數(shù)量，提取前間隔序列 3'端的核苷酸。通過(guò)去除冗余，總M被納入堿基配對(duì)分析。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)crRNA和PAM之間完全匹配的堿序 5'-ACGAGAA-3'廣泛分布于 crRNA 5'端中。在路鄧葡萄球菌 N葡萄球菌 KS1039 中，分別位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7基對(duì)是 crRNA 和 PAM 之間堿基配對(duì)最多的基序。（見(jiàn)圖 3.3、表 3
本文編號(hào)：2994324
【文章來(lái)源】：鄭州大學(xué)河南省 211工程院校
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【部分圖文】：
6組CDRs的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和最小自由能注：黑色表示該組CDR來(lái)自孤立CRISPR陣列的菌株，紅色表示該組CDR來(lái)自攜帶
圖 3.2 15 株葡萄球菌Ⅲ-A 型 CRISPR-Cas 系統(tǒng)中間隔序列的分布注：兩個(gè)間隔序列 DNA 的差異低于 5%，即被視為同一間隔序列。每個(gè)間隔序列由一個(gè)塊、數(shù)字（在每株細(xì)菌中連續(xù)編號(hào)）和特定的顏色組成。不同的 CRISPR 陣列被黑色方塊開(kāi)。左側(cè)的菌株名稱(chēng)被標(biāo)記為最初出現(xiàn)在其 CRISPR 陣列中的間隔序列的顏色。黑色的菌名稱(chēng)表示沒(méi)有新的間隔序列。3.1.4 PAM除探索前間隔序列外，CRISPRTarget 還可以快速識(shí)別潛在的 PAM 序列。 基于 CDRs 的二級(jí)結(jié)構(gòu)推測(cè)由重復(fù)序列組成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的長(zhǎng)度集中在 2-12nt，間隔序列的長(zhǎng)度范圍為 29-43nt，crRNA 長(zhǎng)度為 40-62nt�；� cRNA5'端的核苷酸數(shù)量，提取前間隔序列 3'端的核苷酸。通過(guò)去除冗余，總共 18組PAM被納入堿基配對(duì)分析。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)crRNA和PAM之間完全匹配的堿基對(duì)。保守基序 5'-ACGAGAA-3'廣泛分布于 crRNA 5'端中。在路鄧葡萄球菌 N92014和馬胃葡萄球菌 KS1039 中，分別位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7、-8 的5 對(duì)堿基對(duì)是 crRNA 和 PAM 之間堿基配對(duì)最多的基序。（見(jiàn)圖 3.3、表 3.4）
個(gè)間隔序列 DNA 的差異低于 5%，即被視為同一間隔序列。每個(gè)間隔序列由字（在每株細(xì)菌中連續(xù)編號(hào)）和特定的顏色組成。不同的 CRISPR 陣列被黑色側(cè)的菌株名稱(chēng)被標(biāo)記為最初出現(xiàn)在其 CRISPR 陣列中的間隔序列的顏色。黑色示沒(méi)有新的間隔序列。4 PAM探索前間隔序列外，CRISPRTarget 還可以快速識(shí)別潛在的 PAM 序Rs 的二級(jí)結(jié)構(gòu)推測(cè)由重復(fù)序列組成的 crRNA 部分。crRNA 5'端的2-12nt，間隔序列的長(zhǎng)度范圍為 29-43nt，crRNA 長(zhǎng)度為 40-62nt�；�5'端的核苷酸數(shù)量，提取前間隔序列 3'端的核苷酸。通過(guò)去除冗余，總M被納入堿基配對(duì)分析。沒(méi)有發(fā)現(xiàn)crRNA和PAM之間完全匹配的堿序 5'-ACGAGAA-3'廣泛分布于 crRNA 5'端中。在路鄧葡萄球菌 N葡萄球菌 KS1039 中，分別位于-8、-4、-3、-2、-1 和-2、-3、-4、-7基對(duì)是 crRNA 和 PAM 之間堿基配對(duì)最多的基序。（見(jiàn)圖 3.3、表 3
本文編號(hào)：2994324
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