目的初步了解申克孢子絲菌Sec14基因DNA、m RNA、蛋白的生物學(xué)特征及功能位點。方法生物信息學(xué)方法分析申克孢子絲菌Sec14基因DNA、m RNA、蛋白的生物學(xué)特征。結(jié)果申克孢子絲菌Sec14基因啟動子可能位于其基因編碼區(qū)起始位點前224～274 bp處,包含轉(zhuǎn)錄起始位點-265 bp,該基因無內(nèi)含子;Sec14 mRNA含有豐富轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)元件,并含有microRNA結(jié)合位點;Sec14p樣蛋白由351個氨基酸殘基構(gòu)成,分子量為39×103Mr,理論等電點為5.25,二級結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋和無規(guī)卷曲構(gòu)成,Sec14p樣蛋白的三級結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)典型的球狀結(jié)構(gòu),包裹一個疏水性口袋,該區(qū)域含有磷脂分子結(jié)合區(qū)域,蛋白還分布著豐富的磷酸化位點及2個二分裂核定位信號。吡啶酰胺小分子化合物在磷脂分子結(jié)合區(qū)域與蛋白相作用,結(jié)合能為-6.5 kcal/mol,蛋白還具有豐富的抗原表位。Sec14p樣蛋白序列在大部分真菌中一致性較好,同源性高。結(jié)論申克孢子絲菌Sec14基因具有典型真菌基因組基因特征,mRNA可變性高,其編碼蛋白的磷脂分子結(jié)合位點可作為新型小分子的藥物靶點。 

【文章來源】：熱帶醫(yī)學(xué)雜志. 2020年04期

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

申克孢子絲菌Sec14基因結(jié)構(gòu)圖

以申克孢子絲菌Sec14p樣蛋白為Query序列，BLAST顯示短尾負(fù)鼠、蚊、靈芝、瘧原蟲缺乏同源蛋白，在人、黑猩猩、恒河猴、小鼠、大鼠、牛、雞、非洲爪蛙、斑馬魚、線蟲、果蠅、釀酒酵母、白念珠菌、馬爾尼菲藍(lán)狀菌、組織胞漿菌、黑曲霉、新型隱球菌、擬南芥、玉米的同源蛋白分別為（NCBI Reference Sequence):NP＿055507.1、XP＿016815004.1、NP＿001181045.2、NP＿001159979.1、NP＿001102560.1、NP＿001095445.1、NP＿001019865.1、NP＿001007910.1、NP＿957392.1、NP＿001040875.1、NP＿612042.3、NP＿013796.1、KGQ91927.1、QGA16320.1、EGC42265.1、EHA21967.1、AEF13176.1、NP＿001031389.1、NP＿001141937.1。將以上物種的蛋白質(zhì)序列輸入MEGA 6.06中，用ClustalW方法比對，以步展值1 000構(gòu)建分子進(jìn)化樹，見圖5。結(jié)果顯示，在釀酒酵母、申克孢子絲菌序列與擬南芥和玉米序列的親緣關(guān)系較近，而與哺乳動物親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。然而，Sec14p樣蛋白并不表達(dá)于所有生物，且其同源性與物種進(jìn)化不相一致，故不適用于衡量物種進(jìn)化。3 討論

申克孢子絲菌Sec14基因DNA具有典型的真菌基因組基因特征，mRNA可變性高，存在特殊功能位點；蛋白具有疏水口袋，可與磷脂分子相結(jié)合，為吡啶酰胺小分子化合物篩選提供靶點，且吡啶酰胺小分子對哺乳動物細(xì)胞具有良好安全性，是抗真菌藥物新藥開發(fā)的理想靶標(biāo)。圖3 申克孢子絲菌Sec14p樣蛋白與吡啶酰胺小分子的分子對接模型

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：2940675