目的對從我國臨床患者血液中新發(fā)現(xiàn)和分離出的日本斑點熱立克次體安徽120株ompB基因及其編碼蛋白進(jìn)行系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測,為深入了解其在立克次體致病機(jī)制中的作用、研發(fā)斑點熱臨床診斷試劑和疫苗提供理論基礎(chǔ)。方法基于日本斑點熱立克次體安徽120株ompB基因及其編碼的氨基酸序列,應(yīng)用生物信息學(xué)方法預(yù)測其信號肽、跨膜區(qū)、疏水性等性質(zhì)和可能的B細(xì)胞抗原表位。結(jié)果日本斑點熱立克次體安徽120株ompB基因在3 297～3 311處存在連續(xù)15個堿基的缺失,除此之外,該分離株還有4個堿基突變。該基因編碼的氨基酸數(shù)目為1 651個,蛋白質(zhì)分子量為167.69 ku,共由20種氨基酸組成,其中含量較多的氨基酸是Gly;理論等電點pI為5.15,消光系數(shù)為58 805或58 680,蛋白不穩(wěn)定指數(shù)為7.15,脂肪指數(shù)為88.86,總平均親水性（GRAVY）為0.06,為疏水性蛋白;Signal peptide （Sec/SPI） Likelihood為0.567 7,有信號肽序列;存在一個Pfam區(qū)域和自轉(zhuǎn)運體區(qū),分別與細(xì)菌黏附宿主和蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運有關(guān);蛋白二級結(jié)構(gòu)中以無規(guī)卷曲為主,其次為β-折疊和α-螺旋... 

【文章來源】：安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2020年06期 北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

圖1 日本斑點熱安徽120分離株ompB基因序列各核苷酸摩爾分?jǐn)?shù)分布

利用Geneva大學(xué)的ExPASy服務(wù)器(https://web.expasy.org/protparam/)中的ProtParam tool對ompB編碼蛋白的理化參數(shù)進(jìn)行了預(yù)測。該蛋白的原子組成為C7312 H11658 N2056 O2424 S17,總原子數(shù)目為23 467個。理論等電點pI為5.15,在組成ompB編碼蛋白的20種氨基酸中,Gly所占的比例最高,達(dá)到12.84%,而Cys和Trp)的比例最低,均為0.12%。這些預(yù)測結(jié)果與Bioedit軟件分析結(jié)果相一致。此外,課題組還得到ompB編碼蛋白的消光系數(shù)為58 805(假設(shè)所有成對的半胱氨酸殘基形成胱氨酸)或58 680(假設(shè)所有的半胱氨酸殘基被還原),且蛋白不穩(wěn)定指數(shù)為7.15,脂肪指數(shù)為88.86,總平均親水性(grand average of hydropathicity,GRAVY)為0.06,根據(jù)Guruprased方法表明ompB編碼蛋白較為穩(wěn)定(蛋白質(zhì)的不穩(wěn)定系數(shù)>40,表明蛋白質(zhì)在溶液中性質(zhì)不穩(wěn)定),且有疏水性(GRAVY值在2與-2之間,正值說明蛋白為疏水蛋白,反之為親水蛋白)。2.4 ompB編碼蛋白疏水性分析

使用SignalP 5.0 server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)的結(jié)合了深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、條件隨機(jī)分類和遷移學(xué)習(xí)方法,能對信號肽進(jìn)行更準(zhǔn)確的預(yù)測。ompB編碼蛋白經(jīng)分析后,可以看出Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood為0.567 7,存在信號肽序列,見圖4。2.6 ompB編碼蛋白跨膜區(qū)分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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