目的:運(yùn)用16SrRNA基因了解云南大理地區(qū)常見致病性非結(jié)核分枝桿菌(non-tuberculosismycobacteria,NTM)的流行狀況;探討運(yùn)用基因多位點(diǎn)數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列(Multiple locus variable-number Tandem-repeat,MLVA)基因分型法在云南大理地區(qū)非結(jié)核分枝桿菌中的運(yùn)用。方法:1.收集云南大理地區(qū)經(jīng)對(duì)硝基苯甲酸(P-Nitrobenzoic acid,PNB)和噻吩-2-羧酸肼(2-Thiophenecarboxylic acidhydrazide TCH)初步鑒定的致病性非結(jié)核分枝桿菌臨床分離株,設(shè)計(jì)16SrRNA和hsp65雙靶基因引物,以初步鑒定為NTM的臨床分離株的DNA為模板進(jìn)行聚合酶鏈反應(yīng)(Polymerase chain reaction,PCR),PCR產(chǎn)物經(jīng)測序后經(jīng)Blast比對(duì)進(jìn)行菌種鑒定。2.對(duì)經(jīng)過菌種鑒定的、培養(yǎng)良好的非結(jié)核分枝桿菌菌株利用MLVA法進(jìn)行基因分型研究,運(yùn)用BioNumerics(6.6)軟件對(duì)其進(jìn)行數(shù)字化處理和聚類分析。結(jié)果:1.通過16SrRNA和hsp65兩對(duì)引物進(jìn)行分子菌種鑒定后,結(jié)果顯示有10株非結(jié)核分枝桿菌,其中鳥分枝桿菌8株,其次是膿腫分枝桿菌2株。由此可以看出,鳥分枝桿菌為大理地區(qū)的優(yōu)勢菌株。2.經(jīng)聚類分析結(jié)果顯示鳥分枝桿菌分為共4群(A、B、C、D),7個(gè)基因型。A群有2個(gè)基因型,有2株,占總菌株數(shù)的25%;B群有3個(gè)基因型,有4株,占總菌株數(shù)的50%;C群有1個(gè)基因型,有1株,占總菌株數(shù)的12.5%;D群有1個(gè)基因型,有1株,占總菌株數(shù)的12.5%。在8株鳥分枝桿菌中,B群中有一簇,有2株菌株,成簇率為25%(2/8),6株未成簇,占75%(6/8)。A、C、D群中沒有成簇菌株。結(jié)論:1.在非結(jié)核分枝桿菌菌種鑒定中,運(yùn)用16SrRNA基因,被更精確的鑒定為NTM不同菌種。大理地區(qū)主要以鳥分枝桿菌為主要的優(yōu)勢菌群。2.大理地區(qū)非結(jié)核分枝桿菌有較高的DNA基因多態(tài)性,從該聚類分析圖可得出MLVA基因分型分為4個(gè)基因群,主要的流行菌群為B群。
【學(xué)位單位】：大理大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R378.911
【部分圖文】：

第一部分 10 株非結(jié)核分枝桿菌的菌種鑒定結(jié)果1 部分 NTM 菌落生長情況NTM 菌株在中性羅氏培養(yǎng)基上生長情況見圖 1-1，可明顯看到培養(yǎng)基上良好的非結(jié)核分枝桿菌。

圖 1-1 非結(jié)核分枝桿菌在中性羅氏培養(yǎng)基中生長情況Fig.1-1 Growth of non-tuberculosis Mycobacterium in neutral Roche medium酸染色鏡檢結(jié)果隨機(jī)取一 NTM 菌株進(jìn)行齊-尼氏抗酸染色，見圖 1-2。鏡下可見大量紅色狀的細(xì)菌。

表 1-5 非結(jié)核分枝桿菌傳統(tǒng)法鑒定結(jié)果Table.1-5 Traditional identification results of non-tuberculous mycobacteria菌種 培養(yǎng)基PNB TCH L-J 菌株數(shù)非結(jié)核分枝桿菌 + + + 10結(jié)核分枝桿菌 — + + 4牛型結(jié)核分枝桿菌 — — + 34 16SrRNA 和 hsp65 基因的 PCR 擴(kuò)增結(jié)果各菌株在引物 16srRNA、hsp65 的 PCR 擴(kuò)增結(jié)果，分別見圖 1-4、圖 1-5。由圖 1-4 可以明顯的看出，第 1 孔是標(biāo)準(zhǔn)減毒株 H37Rv 和第 2-11 孔為各 NTM 菌株在引物 16srRNA 基因擴(kuò)增下，同時(shí)在大約 570bp 大小處擴(kuò)增產(chǎn)生一條清晰的電泳條帶。由圖 1-5 可以明顯的看出，1 孔標(biāo)準(zhǔn)減毒株 H37Rv 和 2-11 孔為各 NTM 菌株在引物 hsp65 基因擴(kuò)增下，同時(shí)在大約 644bp 大小處擴(kuò)增產(chǎn)生一條清晰的電泳條帶。
【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 鄭惠文;常見致病性非結(jié)核分枝桿菌表型與基因型相關(guān)性研究[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2017年

本文編號(hào)：2874823