【摘要】：目的:煙草使用是當今世界上可預防的致死性疾病發(fā)病的主要誘因之一。煙草使用的盛行不僅對人類健康造成危害,同時也給社會造成了嚴重的經濟負擔。尼古丁是煙草中的主要有害物質,最大危害就在于其成癮性。吸煙者會持續(xù)不斷的吸煙,從而產生尼古丁依賴。尼古丁依賴是一種復雜的多維表型,受到遺傳和環(huán)境因素等的共同影響。遺傳度是用來衡量遺傳因素對表型作用的大小,大量的家系和雙胞胎研究已經確定了遺傳因素對尼古丁依賴的顯著影響,但往往存在環(huán)境混雜因素等問題。高通量測序技術的出現,使人們能夠直接估計與SNPs有關的遺傳度。GWAS已經發(fā)現了許多與尼古丁依賴相關的SNPs,但GWAS確定的SNPs只能解釋遺傳度的很小一部分。本研究使用全基因組的SNPs,更準確地估計遺傳因素對尼古丁依賴的影響,為找到更多引起尼古丁依賴的SNP位點提供依據。方法:研究資料是來自明尼蘇達雙胞胎和家庭研究測序樣本中的681個家庭的1405個個體的全基因組測序數據和表型值。本研究用到的模型為線性混合模型(LMM),共擬合4個混合線性模型。第一個模型,使用全基因組所有SNPs和親緣關系作為隨機效應,加入性別這個協變量作為固定效應,方差組份數T=2;第二個模型是根據染色體劃分全基因組SNPs,使用每對染色體SNPs的親緣關系作為隨機效應,性別作為固定效應,方差組份T=23;第三個模型是按照MAF大小劃分全基因組SNPs,使用每個MAF組的SNPs和親緣關系作為隨機效應,性別作為固定效應,方差組份數T=8;第四個模型是根據基因的功能類別劃分全基因組SNPs,使用每個類別的SNPs和親緣關系作為隨機效應,性別作為固定效應,方差組份數T=7。所有模型的各個組份的方差,均使用多組分限制性極大似然估計(REML-MC)來進行估計,從而得出每個組份的遺傳度。模型擬合和遺傳度的估計,均在GCTA軟件中完成。結果:經過分析,全基因組所有SNPs解釋了尼古丁依賴變異的44%。根據染色體劃分全基因組SNPs時,得出每條染色體的遺傳度。其中,8號染色體的遺傳度最高,可解釋尼古丁依賴變異的12%,其次是10號染色體,解釋了尼古丁依賴變異的10.6%。按照MAF大小劃分全基因組SNPs,得出每組MAF的遺傳度。其中,最小等位基因頻率在0.001-0.01之間時遺傳度最高,解釋了尼古丁依賴變異的24.8%。根據基因的功能類別劃分全基因組SNPs,得出每個功能類別的SNPs的遺傳度。其中,啟動子(promoter)中的SNPs解釋尼古丁依賴變異的38.1%。結論:全基因組SNPs估計的遺傳度,能更準確地反映遺傳因素對尼古丁依賴的影響。與尼古丁依賴有關的遺傳信息,在8號染色體、10號染色體、啟動子位置上相對較多,且可能存在效應較大的罕見變異。今后,在尋找與尼古丁依賴相關的位點時,可將研究重點放在8號染色體、10號染色體、啟動子(promoter)上。且不能只研究常見變異的作用,罕見變異對尼古丁依賴的變異也有一定的影響。
【學位授予單位】：山西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：R394
【圖文】：

似性矩陣（GRM）。用GCTA估計個MAF和隨機效應（ T =8），擬合線性混合模型（REML-MC）計算每個MAF區(qū)域所解釋，其中包括了7個MAF組的GRM和現。1.2.7 估計劃分功能類別的遺傳度我們將所有 SNPs 用 6 個基本的功能URT，3）promoter，4）DHS，5）introni附錄表 1-4。其中，注釋文件來源于 EN（https://www.encodeproject.org/）。為了使6）的順序，進行注釋。如圖 1-1 所示，第第一部分后，再進行第二部分的注釋，以Genome

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本文編號：2733032