【摘要】：我們從青藏高原青海省玉樹地區(qū)喜馬拉雅旱獺腸道內(nèi)容物樣本中分離到形似沙門氏菌的淺粉色菌落,經(jīng)進一步的生物化學和系統(tǒng)發(fā)生學分析發(fā)現(xiàn),屬于埃希氏菌屬,和埃希氏屬已知五個種不同,將該菌株命名為旱獺埃希氏菌(Escherichiamarmotae)。共有七份樣本中分離到旱獺埃希氏菌菌株,菌株編號為 HT07316,HT080401,HT080709,HT072503,HT073105,HT080118,HT080711。旱獺埃希氏菌為革蘭氏陰性菌株,形態(tài)呈短桿菌,有菌毛,37度生長無動力,最高能耐受6%氯化鈉濃度,對所檢測的9類18種抗生素(鏈霉素,慶大霉素,阿卡米星,環(huán)丙沙星,恩諾沙星,亞胺培南,厄他培南,氨芐青霉素,頭孢唑啉,頭孢噻肟,哌拉西林/他唑巴坦,阿莫西林/克拉維酸,頭孢噻肟/克拉維酸,四環(huán)素,多粘菌素,氯霉素,氟苯尼考,甲氧芐啶/復方新諾明)均敏感。其生化特點為:賴氨酸脫羧酶試驗(LDC)陽性,分解甘油(GLY),發(fā)酵D-阿拉伯糖(DARA)、L-阿拉伯糖(LARA)、核糖(RIB)、D-木糖(DXYL)、半乳糖(LXYL)、葡萄糖(GLU)、果糖(FRU)、甘露糖(MNE)、鼠李糖(RHA)、麥芽糖(MAL)、海藻糖(TRE)、L-巖糖(LFUC),分解甘露醇(MAN)、山梨醇(SOR)、N-乙酰-葡糖胺(NAO),可利用葡萄糖酸鹽(ONT);不發(fā)酵密二糖(MEL)、L-木糖(LXYL)、山梨糖(BBE)、α-甲基-D-甘露糖苷(MDM)、α-甲基-D-葡萄糖苷(MDO)、苦杏仁甙(AMY)、熊果甙(ARB)、七葉靈(ESC)、纖維二糖(CEL)、乳糖(LAC)、蔗糖(BAC)、菊糖(INU)、松叁糖(MLZ)、棉子糖(RAF)、淀粉(AMD)、肝糖(GLYG)、龍膽二糖(GEN)、D-松二糖(TUR)、D-來蘇糖(LYX)、D-塔格糖(TAG)、D-巖糖(DFUC),不分解赤癬醇(ERY)、阿東醇(ADO)、b-甲基-D-木糖苷(MDX)、衛(wèi)矛醇(DUL)、肌醇(INO)、柳醇(SAL)、木糖醇(XLT)、D-阿拉伯糖醇(DARL)、L-阿拉伯糖醇(LARL),不利用2-酮基-葡萄糖酸鹽(2KG)、5-酮基-葡萄糖酸鹽(5KG)、枸櫞酸鹽(CIT);鄰硝基苯-半乳糖苷酶試驗(ONPG)、精氨酸雙水解酶試驗(ADH)、鳥氨酸脫羧酶試驗(ODC)、H2S、尿素酶實驗(URE)、苯丙氨酸脫氨酶實驗(TDA)、吲哚試驗(IND)、VP實驗(VP)、明膠液化實驗(GEL)反應均為陰性。生化特點與沙門氏菌比較,主要有精氨酸雙水解酶試驗(ADH)、鳥氨酸脫羧酶試驗(ODC)、檸檬酸鹽利用實驗(CIT)、H2S產(chǎn)生、吲哚試驗(INO)、蜜二糖發(fā)酵試驗(MEL)不一致,旱獺埃希氏菌以上六種反應均為陰性,沙門氏菌該六種反應為陽性。與大腸埃希氏菌比較,鄰硝基苯-半乳糖苷酶試驗(ONPG)、鳥氨酸脫羧酶試驗(ODC)、吲哚試驗(IND)、蜜二糖發(fā)酵試驗(MEL)不一致,旱獺埃希氏菌的這四種反應為陰性,大腸埃希氏菌中這四種反應為陽性。與志賀氏菌比較,鄰硝基苯-半乳糖苷酶試驗(ONPG)、賴氨酸脫羧酶試驗(LDC)、山梨醇發(fā)酵試驗(SOR)、鼠李糖發(fā)酵試驗(RHA)不一致,旱獺埃希氏菌除ONPG為陰性外,其他三種反應為陽性,宋內(nèi)志賀氏菌ONPG為陽性,其他三組志賀氏菌ONPG為陰性,其余三種反應在志賀氏菌均為陰性。通過16S rRNA序列分析,旱獺埃希氏的16S rRNA序列獨立成一個分枝,與埃希氏菌屬已知菌種標準菌株16SrRNA序列同源比值由高到低依次為:Escherichia fergusonii_ATCC35469(99.3%),Escherichia coli_ATCC1 1775(99.2%),Escherichia albertii_LMG_20976(98.9%),Escherichia hermannii_CIP_103176(98.4%),Escherichia vulneris_ATCC_33821(97.7%)�；蚪M雜交結果為:與Escherichia coli比值最高(43.1%),與其他菌種由高到低依次為:Escherichia albertii NBRC107761(38.1%);Escherichia fergusonii ATCC 35469(34.3%);Escherichia vulneris NBRC102420(21.4);Escherichia hermanii NBRC105704(20.9%)。與腸桿菌科其他菌種比值均低于70%。PFGE分析結果顯示,從哈秀鄉(xiāng)旱獺樣本分離的HT073016、HT08070和HT080711三株菌表現(xiàn)為同一種PFGE型別;從仲達鄉(xiāng)分離的HT072503表現(xiàn)為一種PFGE型別;從德卓灘分離的三株菌HT073105、HT080118與HT080401表現(xiàn)為同一種PFGE型別。對Escherichia marmotae模式菌株HT073016全基因組測序發(fā)現(xiàn),HT073016全基因組大小為4.6Mbp,GC含量為50.65%,共有4438個基因,假基因有961個,16S、23S、5SrRNA 分別為 7、7、7,tRNA 為 85 個。HT073016 攜帶有兩個質粒,pMarmota_148 和 pMarmota_76,大小分別為 148kbp、76kbp,GC 含量為44.49%、46.26%。pMarmota_148攜帶多種疑似毒力因子,包括和志賀氏菌三型分泌系統(tǒng)(type Ⅲ secretion system,T3SS)和效因子同源的基因簇,特別是和志賀氏菌侵襲性基因IpaBCD同源的基因片段。旱獺埃希氏菌質粒pMarmota_148p攜帶T3SS與志賀氏菌攜帶T3SS屬于一個家系。Marmota_76攜帶一些由pINVT3SS負責轉運的效應因子,如ospC,ipaH。與大腸埃希氏菌A、B1、B2、D、H的種群代表菌株、志賀氏菌、埃希氏菌CladeⅠ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、弗格森埃希氏菌、艾伯蒂埃希氏菌、沙門氏菌的全基因組系統(tǒng)發(fā)生分析發(fā)現(xiàn),Emarmotae可單獨形成一個分枝,包括我們分離的旱獺埃希氏菌和分離自環(huán)境的EscherichiaClade V菌株。通過與普通大腸埃希氏菌MG1655菌株基因組的比對,我們發(fā)現(xiàn)和命名了21個旱獺埃希氏菌的特異基因組島(GI1～GI21),大小為:4k～30kbp之間,GC含量為30.50%～57.49%。其中GI1～GI6基因組島主要與細菌結構和相關物質代謝相關,在環(huán)境分離旱獺埃希氏菌TW09308和旱獺分離旱獺埃希氏菌HT073016均存在。GI7～GI21為HT073016菌株特異性,其中,GI7為六型分泌系統(tǒng)相關基因組島。GI8與LPS合成相關,與痢疾志賀菌8型O抗原序列相似性比值為99%,和志賀氏菌A群8型診斷血清凝集實驗陽性;GI9、10、11、12、20、21與噬菌體相關;GI14、18與外膜蛋白相關;GI15與侵襲蛋白相關;GI16和鞭毛相關;GI17、19和糖代謝相關。
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【學位授予單位】：中國疾病預防控制中心
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R378

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1 劉莎;旱獺埃希氏菌的命名、特征、基因組和毒力基因分析[D];中國疾病預防控制中心;2015年

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本文編號：2490976